| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4页 |
| 第1章 前言 | 第9-32页 |
| 1.1 问题的提出 | 第9页 |
| 1.2 选题背景及意义 | 第9-10页 |
| 1.3 文献综述 | 第10-30页 |
| 1.3.1 哺乳动物的早期胚胎发育 | 第10-19页 |
| 1.3.2 染色质动态变化在发育中的调控作用 | 第19-25页 |
| 1.3.3 通过开放染色质区域研究染色质动态变化 | 第25-30页 |
| 1.4 论文研究方法 | 第30-31页 |
| 1.5 论文结构 | 第31-32页 |
| 第2章 实验材料与方法 | 第32-45页 |
| 2.1 实验材料 | 第32-33页 |
| 2.1.1 小鼠品系 | 第32页 |
| 2.1.2 细胞培养试剂 | 第32页 |
| 2.1.3 胚胎收集试剂 | 第32页 |
| 2.1.4 分子实验试剂 | 第32-33页 |
| 2.2 实验仪器 | 第33-34页 |
| 2.3 实验方法 | 第34-45页 |
| 2.3.1 胚胎收集 | 第34页 |
| 2.3.2 细胞培养 | 第34页 |
| 2.3.3 建库 | 第34-36页 |
| 2.3.4 基于CRISPR的线粒体去除方法 | 第36-39页 |
| 2.3.7 实时荧光定量PCR(qPT-PCR) | 第39页 |
| 2.3.8 小鼠胚胎的基因敲低技术 | 第39-40页 |
| 2.3.9 ATAC-seq的数据分析 | 第40页 |
| 2.3.10 RNA-seq的数据分析 | 第40页 |
| 2.3.11 测序数据的父母本拆分 | 第40-41页 |
| 2.3.12 ATAC-seq样品重复的比较 | 第41页 |
| 2.3.13 启动子和非启动子的ATAC-seq峰的鉴定 | 第41页 |
| 2.3.14 ATAC-seq峰和已知的调控元件以及H3K27ac的ChIP-seq的比较 | 第41页 |
| 2.3.15 发育时期特异性的基因的鉴定 | 第41-42页 |
| 2.3.16 ICM和小鼠ESC的特异基因的鉴定 | 第42页 |
| 2.3.17 启动子ATAC-seq信号的分析 | 第42页 |
| 2.3.18 具有父母本偏好性的开放染色质区域的鉴定 | 第42页 |
| 2.3.19 具有父母本偏好性的基因和ATAC-seq峰的鉴定 | 第42-43页 |
| 2.3.20 ATAC-seq峰上的DNA甲基化分析 | 第43页 |
| 2.3.21 ATAC-seq峰和重复序列的分析 | 第43页 |
| 2.3.22 启动子和远端ATAC-seq峰之间的时期特异性的比较 | 第43页 |
| 2.3.23 敲低实验下调基因的选择 | 第43页 |
| 2.3.24 总RNA-seq的数据分析 | 第43-44页 |
| 2.3.25 基因富集功能分析 | 第44页 |
| 2.3.26 发育时期特异性的非启动子ATAC-seq峰的鉴定 | 第44页 |
| 2.3.27 非启动子ATAC-seq峰和体细胞组织增强子之间的比较 | 第44页 |
| 2.3.28 非启动子ATAC-seq峰中转录因子结合序列的鉴定 | 第44-45页 |
| 第3章 小鼠胚胎不同发育时期的ATAC-seq文库制备与检测 | 第45-60页 |
| 3.1 利用CRISPR技术去除小鼠ATAC-seq文库中的线粒体DNA | 第45-50页 |
| 3.1.1 单一线粒体片段的剪切实验体系建立 | 第46-47页 |
| 3.1.2 混合线粒体片段的剪切实验体系建立 | 第47-48页 |
| 3.1.3 ATAC-seq文库的线粒体去除体系和检测方法 | 第48-50页 |
| 3.2 小鼠胚胎不同发育时期的ATAC-seq文库制备和质量控制 | 第50-53页 |
| 3.2.1 小鼠胚胎干细胞的ATAC-seq文库制备和质量控制 | 第50-52页 |
| 3.2.2 小鼠胚胎的ATAC-seq文库制备和质量控制 | 第52-53页 |
| 3.3 小鼠胚胎不同发育时期的ATAC-seq数据的质量控制 | 第53-58页 |
| 3.3.1 小鼠胚胎的ATAC-seq文库制备和质量控制 | 第53-54页 |
| 3.3.2 小鼠胚胎的ATAC-seq数据与转录数据的相互验证 | 第54-56页 |
| 3.3.3 小鼠胚胎的ATAC-seq数据与小鼠ESC的DHS数据的相互验证 | 第56-57页 |
| 3.3.4 小鼠胚胎的ATAC-seq数据与组蛋白免疫共沉淀数据的相互验证 | 第57-58页 |
| 3.4 小结 | 第58-60页 |
| 第4章 小鼠胚胎发育早期的开放染色质区域的调控特征 | 第60-73页 |
| 4.1 小鼠胚胎发育早期的开放染色质区域与DNA甲基化的关系 | 第60-66页 |
| 4.1.1 小鼠胚胎发育早期的开放染色质区域数据的父母本拆分 | 第60页 |
| 4.1.2 全基因组父母本特异开放染色质区域的鉴定 | 第60-62页 |
| 4.1.3 全基因组父母本特异开放染色质区域的与父母本特异转录的关系 | 第62-64页 |
| 4.1.4 小鼠胚胎发育早期的开放染色质区域的甲基化分布 | 第64-66页 |
| 4.2 小鼠胚胎发育早期的开放染色质区域与体细胞开放染色质区域的差异 | 第66-71页 |
| 4.2.1 小鼠胚胎特异的转录终止位点的开放染色质区域 | 第67-69页 |
| 4.2.2 小鼠胚胎特异的重复序列上的开放染色质区域 | 第69-71页 |
| 4.3 小结 | 第71-73页 |
| 第5章 小鼠胚胎发育过程中重要的转录调控因子 | 第73-81页 |
| 5.1 小鼠胚胎发育过程中重要转录调控因子的鉴定 | 第73-76页 |
| 5.2 小鼠胚胎发育过程中重要转录调控因子的验证 | 第76-79页 |
| 5.2.1 小鼠胚胎发育过程中GATA4的功能研究 | 第76-77页 |
| 5.2.2 小鼠胚胎发育过程中Nr5a2的功能研究 | 第77-79页 |
| 5.3 小结 | 第79-81页 |
| 第6章 小鼠胚胎合子基因组激活前的开放染色质状态 | 第81-85页 |
| 6.1 小鼠胚胎合子基因组激活前开放染色质信号峰的减少 | 第81-82页 |
| 6.2 小鼠胚胎发育早期的大范围开放染色质状态 | 第82-83页 |
| 6.3 大范围开放染色质状态与MERVL的转录关系 | 第83-84页 |
| 6.4 小结 | 第84-85页 |
| 第7章 总结与展望 | 第85-93页 |
| 7.1 论文总结 | 第85-86页 |
| 7.2 论文展望 | 第86-93页 |
| 7.2.1 表观遗传修饰和开放染色质在胚胎早期发育中的关系 | 第86-90页 |
| 7.2.2 胚胎早期发育中的转录因子调控网络 | 第90-91页 |
| 7.2.3 合子基因组激活前的独特的染色质状态 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-111页 |
| 致谢 | 第111-113页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第113页 |
