| 摘要 | 第10-13页 |
| 英文摘要 | 第13-15页 |
| 1 前言 | 第16-42页 |
| 1.1 水稻种质资源概况 | 第16页 |
| 1.2 水稻蛋白质研究概况 | 第16-24页 |
| 1.2.1 水稻籽粒不同部位蛋白质含量之间的差异 | 第17-18页 |
| 1.2.2 不同基因型的水稻籽粒之间蛋白质含量的差异 | 第18页 |
| 1.2.3 水稻中蛋白质含量受外部环境的影响 | 第18-19页 |
| 1.2.4 水稻中蛋白质含量的遗传研究进展 | 第19-21页 |
| 1.2.5 水稻蛋白质含量的分子机理研究 | 第21-24页 |
| 1.3 全基因组关联分析 | 第24-29页 |
| 1.3.1 全基因组关联分析的原理及优势 | 第24页 |
| 1.3.2 连锁不平衡的计算 | 第24-25页 |
| 1.3.3 影响连锁不平衡的因素及连锁不平衡的衰减 | 第25-26页 |
| 1.3.4 全基因组关联分析的基本方法和设计 | 第26-27页 |
| 1.3.5 影响全基因组关联分析的因素 | 第27-28页 |
| 1.3.6 全基因组关联分析在作物中的应用 | 第28-29页 |
| 1.4 候选基因关联分析 | 第29-39页 |
| 1.4.1 自然选择的方向性 | 第29-31页 |
| 1.4.2 核酸的多态性 | 第31页 |
| 1.4.3 正向选择的检验 | 第31-32页 |
| 1.4.4 水稻的核酸多态性及进化研究 | 第32-36页 |
| 1.4.5 候选基因关联分析在水稻中的应用 | 第36-38页 |
| 1.4.6 水稻谷蛋白合成相关基因GluA,GluB1简介 | 第38-39页 |
| 1.4.7 高分辨率溶解曲线 | 第39页 |
| 1.5 关联分析的展望 | 第39-40页 |
| 1.6 本研究的目的与意义 | 第40-42页 |
| 2 材料与方法 | 第42-49页 |
| 2.1 试验材料 | 第42页 |
| 2.2 试验方法 | 第42-45页 |
| 2.2.1 水稻蛋白质表型的考察 | 第42-43页 |
| 2.2.2 基因型分析 | 第43-45页 |
| 2.3 数据的统计分析 | 第45-49页 |
| 2.3.1 表型数据分析 | 第45页 |
| 2.3.2 分子数据分析 | 第45-46页 |
| 2.3.3 关联分析 | 第46-47页 |
| 2.3.4 优异等位变异的发掘 | 第47页 |
| 2.3.5 高分辨率溶解曲线(high-resolution melting curve,HRM) | 第47-49页 |
| 3 结果与分析 | 第49-85页 |
| 3.1 水稻四种蛋白组分与SSR标记位点的全基因组关联分析 | 第49-59页 |
| 3.1.1 水稻四种蛋白性状的测定 | 第49-51页 |
| 3.1.2 遗传多样性及亲缘关系分析 | 第51页 |
| 3.1.3 群体结构及连锁不平衡分析 | 第51-54页 |
| 3.1.4 四种蛋白成分性状与SSR位点的关联分析 | 第54页 |
| 3.1.5 优异等位变异及载体材料 | 第54-59页 |
| 3.2 水稻谷蛋白含量与基因GluA,GluB1的关联分析 | 第59-85页 |
| 3.2.1 水稻谷蛋白的表型变异 | 第59页 |
| 3.2.2 GluA和GluB1的核酸多态性及中性选择分析 | 第59-68页 |
| 3.2.3 GluA和GluB1的群体结构及连锁不平衡分析 | 第68页 |
| 3.2.4 GluA和GluB1的单倍型及蛋白型 | 第68-75页 |
| 3.2.5 GluA和GluB1中变异位点导致的氨基酸多样性 | 第75页 |
| 3.2.6 谷蛋白表型与SNP位点之间的关联分析 | 第75-80页 |
| 3.2.7 高分辨率溶解曲线对突变位点的验证 | 第80-85页 |
| 4 讨论 | 第85-93页 |
| 4.1 水稻蛋白组分与SSR的全基因组关联分析 | 第85-89页 |
| 4.1.1 试验群体材料的选择 | 第85页 |
| 4.1.2 试验群体的群体结构 | 第85-86页 |
| 4.1.3 连锁不平衡衰减的评估 | 第86-87页 |
| 4.1.4 与不同研究中水稻蛋白QTL之间的比较 | 第87页 |
| 4.1.5 聚合优异等位变异以改良水稻四种蛋白成分 | 第87-88页 |
| 4.1.6 全基因组关联分析存在的问题 | 第88-89页 |
| 4.2 水稻谷蛋白含量与GluA,GluB1的候选基因关联分析 | 第89-93页 |
| 4.2.1 GluA和GluB1的核酸多态性及单倍型分析 | 第89-90页 |
| 4.2.2 GluA和GluB1与谷蛋白表型的关联位点 | 第90-91页 |
| 4.2.3 HRM验证SNP及InDel突变 | 第91-93页 |
| 5 结论 | 第93-94页 |
| 6 创新点 | 第94-95页 |
| 致谢 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-108页 |
| 附录 | 第108-124页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第124页 |
