| 摘要 | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-18页 |
| 1.1 研究背景 | 第9-10页 |
| 1.2 高浓度CO_2对植物的影响 | 第10-11页 |
| 1.2.1 高浓度CO_2对植物生长的影响 | 第10页 |
| 1.2.2 高浓度CO_2对植物光合作用的影响 | 第10-11页 |
| 1.2.3 CO_2浓度升高对植物呼吸作用的影响 | 第11页 |
| 1.3 高浓度CO_2对植物与病原物互作的影响 | 第11-14页 |
| 1.3.1 高浓度CO_2对植物病原物的影响 | 第12页 |
| 1.3.2 植物的抗病机制 | 第12-13页 |
| 1.3.3 病原菌的致病机制 | 第13页 |
| 1.3.4 植物与病原物互作 | 第13-14页 |
| 1.4 转录组高通量测序技术研究进展 | 第14-16页 |
| 1.4.1 转录组测序概况 | 第14-15页 |
| 1.4.2 测序分析 | 第15-16页 |
| 1.4.2.1 基因表达分析 | 第15页 |
| 1.4.2.2 单核苷酸多态性 | 第15页 |
| 1.4.2.3 差异表达基因 | 第15页 |
| 1.4.2.4 差异表达基因GO分类 | 第15页 |
| 1.4.2.5 差异表达基因KEGG注释 | 第15-16页 |
| 1.4.3 转录组测序在植物与病原互作中的应用 | 第16页 |
| 1.5 研究目的与意义 | 第16-17页 |
| 1.6 本研究的技术路线 | 第17-18页 |
| 第二章 高浓度CO_2环境条件下番茄病害调查 | 第18-24页 |
| 2.1 供试材料 | 第18页 |
| 2.1.1 供试植株和处理设计 | 第18页 |
| 2.1.2 供试病原物 | 第18页 |
| 2.2 试验方法 | 第18-21页 |
| 2.2.1 病原菌接种 | 第18-19页 |
| 2.2.1.1 TMV接种 | 第18页 |
| 2.2.1.2 番茄叶部病害接种 | 第18-19页 |
| 2.2.1.3 番茄根部病害接种 | 第19页 |
| 2.2.2 病害调查方法 | 第19-21页 |
| 2.3 结果与分析 | 第21-23页 |
| 2.3.1 普通环境和高浓度CO_2环境下植株表观变化 | 第21页 |
| 2.3.2 普通环境和高浓度CO_2环境下病害调查 | 第21-23页 |
| 2.4 结论与讨论 | 第23-24页 |
| 2.4.1 结论 | 第23页 |
| 2.4.2 讨论 | 第23-24页 |
| 第三章 高浓度CO_2对番茄响应TMV影响的转录组分析 | 第24-53页 |
| 3.1 供试材料 | 第24页 |
| 3.1.1 供试植株 | 第24页 |
| 3.1.2 供试毒源 | 第24页 |
| 3.1.3 试验所用软件及数据库 | 第24页 |
| 3.2 试验方法 | 第24-28页 |
| 3.2.1 实验流程 | 第24-26页 |
| 3.2.1.1 样品的准备 | 第24-25页 |
| 3.2.1.2 RNA检测 | 第25页 |
| 3.2.1.3 链特异性文库构建 | 第25-26页 |
| 3.2.1.4 上机测序 | 第26页 |
| 3.2.2 数据分析流程 | 第26-28页 |
| 3.2.2.1 测序数据过滤 | 第26页 |
| 3.2.2.2 与参考基因组比对 | 第26页 |
| 3.2.2.3 测序文库整体质量评估 | 第26-27页 |
| 3.2.2.4 新转录本预测及功能注释 | 第27页 |
| 3.2.2.5 SNP和Indel分析 | 第27页 |
| 3.2.2.6 基因表达定量 | 第27-28页 |
| 3.2.2.7 基因差异表达分析 | 第28页 |
| 3.2.2.8 差异表达基因KEGG注释 | 第28页 |
| 3.2.2.9 差异表达基因蛋白互作网络 | 第28页 |
| 3.3 结果与分析 | 第28-51页 |
| 3.3.1 样品总RNA提取质量分析 | 第28-31页 |
| 3.3.2 原始序列数据 | 第31页 |
| 3.3.3 测序数据质量评估 | 第31-32页 |
| 3.3.4 与参考基因组比对结果 | 第32-35页 |
| 3.3.5 基因结构分析 | 第35-38页 |
| 3.3.5.1 可变剪接分析 | 第35页 |
| 3.3.5.2 SNP、Indel分析 | 第35-38页 |
| 3.3.6 基因表达分析 | 第38-40页 |
| 3.3.6.1 基因表达定量 | 第38页 |
| 3.3.6.2 样品基因表达量总体分布 | 第38-40页 |
| 3.3.7 基因差异表达分析 | 第40-44页 |
| 3.3.7.1 差异表达基因筛选 | 第40-42页 |
| 3.3.7.2 差异表达基因数目统计 | 第42-43页 |
| 3.3.7.3 差异表达基因聚类分析 | 第43-44页 |
| 3.3.8 差异表达基因功能注释及富集分析 | 第44-51页 |
| 3.3.8.1 差异表达基因KEGG注释及富集分析 | 第45-48页 |
| 3.3.8.2 差异表达基因GO注释及富集分析 | 第48-51页 |
| 3.4 结论与讨论 | 第51-53页 |
| 3.4.1 结论 | 第51页 |
| 3.4.2 讨论 | 第51-53页 |
| 第四章 结论 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-60页 |
| Abstract | 第60页 |
| 致谢 | 第62页 |
