| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 符号说明 | 第12-13页 |
| 第一章 研究背景综述 | 第13-25页 |
| 1.1 生物冶金介绍 | 第13-14页 |
| 1.2 嗜酸性氧化亚铁硫杆菌简介 | 第14页 |
| 1.3 嗜酸性氧化亚铁硫杆菌的代谢系统 | 第14-21页 |
| 1.3.1 嗜酸性氧化亚铁硫杆菌的硫氧化代谢系统 | 第15-17页 |
| 1.3.2 嗜酸性氧化亚铁硫杆菌的亚铁氧化代谢系统 | 第17-21页 |
| 1.4 启动子 | 第21-22页 |
| 1.4.1 启动子活性报告基因 | 第21-22页 |
| 1.4.2 高效启动子的筛选 | 第22页 |
| 1.5 本文的研究目的和研究内容 | 第22-25页 |
| 第二章 嗜酸性氧化亚铁硫杆菌高效启动子的预测与验证 | 第25-49页 |
| 2.1 方法和材料 | 第25-39页 |
| 2.1.1 生物信息学软件 | 第25-26页 |
| 2.1.2 菌株和质粒 | 第26-28页 |
| 2.1.3 培养基和培养条件 | 第28-30页 |
| 2.1.4 试剂和仪器 | 第30-32页 |
| 2.1.5 本章实验所用引物 | 第32-33页 |
| 2.1.6 常用的PCR扩增反应体系 | 第33-34页 |
| 2.1.7 限制性核酸内切酶反应体系 | 第34页 |
| 2.1.8 常用的连接反应体系 | 第34页 |
| 2.1.9 常规分子生物学实验操作 | 第34-38页 |
| 2.1.10 GusA酶活的测定 | 第38-39页 |
| 2.2 实验结果与讨论 | 第39-47页 |
| 2.2.1 A.ferrooxidans ATCC 23270基因组高效启动子预测及序列分析 | 第39-40页 |
| 2.2.2 A.ferrooxidans ATCC 23270基因组高效启动子序列的特征分析 | 第40-41页 |
| 2.2.3 启动子的验证 | 第41-47页 |
| 2.3 本章小结 | 第47-49页 |
| 第三章 嗜酸性氧化亚铁硫杆菌亚铁氧化相关基因敲除突变菌株的转录组测序 | 第49-61页 |
| 3.1 方法与材料 | 第49-53页 |
| 3.1.1 菌株 | 第49-50页 |
| 3.1.2 培养基和培养条件 | 第50页 |
| 3.1.3 试剂和仪器 | 第50页 |
| 3.1.4 本章实验所用引物 | 第50页 |
| 3.1.5 实验操作 | 第50-52页 |
| 3.1.6 转录组测序样品准备 | 第52-53页 |
| 3.1.7 转录组测序 | 第53页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第53-59页 |
| 3.2.1 A.ferrooxidans敲除株△cyc2、△AFE_1428和△cyc2-△AFE _1428的检测 | 第53-55页 |
| 3.2.2 以亚铁为能源时A.ferrooxidans生长曲线的测定 | 第55-56页 |
| 3.2.3 转录组测序质量检测 | 第56-57页 |
| 3.2.4 以亚铁为能源时A.ferrooxidans亚铁氧化曲线的测定 | 第57-58页 |
| 3.2.5 以硫粉为能源时A.ferrooxidans生长曲线的测定 | 第58-59页 |
| 3.3 本章小结 | 第59-61页 |
| 第四章 嗜酸性氧化亚铁硫杆菌亚铁氧化相关基因敲除突变菌株的转录组学分析 | 第61-79页 |
| 4.1 方法与材料 | 第61-67页 |
| 4.1.1 菌株 | 第61页 |
| 4.1.2 培养基和培养条件 | 第61页 |
| 4.1.3 试剂和仪器 | 第61-62页 |
| 4.1.4 本章实验所用引物 | 第62-63页 |
| 4.1.5 实验操作 | 第63-67页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第67-77页 |
| 4.2.1 转录组测序结果的基因表达水平分析 | 第67-68页 |
| 4.2.2 转录组测序结果的差异表达基因分析 | 第68-69页 |
| 4.2.3 转录组测序结果的显著差异表达基因Pathway分析 | 第69-71页 |
| 4.2.4 转录组测序结果的显著差异表达基因GO功能分析 | 第71-73页 |
| 4.2.5 转录组测序结果的qPCR检测及分析 | 第73-77页 |
| 4.3 本章小结 | 第77-79页 |
| 总结与展望 | 第79-81页 |
| 参考文献 | 第81-89页 |
| 致谢 | 第89-90页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第90页 |
