| 摘要 | 第10-13页 |
| Abstract | 第13-17页 |
| 第一章 绪论 | 第18-48页 |
| 1.1 引言 | 第18-20页 |
| 1.2 基因表达及调控过程 | 第20-25页 |
| 1.3 转录因子及其调控作用 | 第25-33页 |
| 1.3.1 碱性螺旋-环-螺旋和碱性亮氨酸拉链家族 | 第25-27页 |
| 1.3.2 螺旋翼Winged-Helix转录因子家族 | 第27-28页 |
| 1.3.3 同源框Homeobox家族 | 第28页 |
| 1.3.4 锌指结构域家族 | 第28-29页 |
| 1.3.5 转录因子控制基因表达和细胞类型 | 第29-30页 |
| 1.3.6 转录因子与疾病 | 第30-33页 |
| 1.4 蛋白质组学概述 | 第33-42页 |
| 1.4.1 基于质谱的蛋白质组学 | 第34-35页 |
| 1.4.2 Bottom-up蛋白质组学策略 | 第35-39页 |
| 1.4.3 对于修饰和细胞信号转导的应用 | 第39-40页 |
| 1.4.4 其他方面应用 | 第40-42页 |
| 1.5 转录因子研究方法概述 | 第42-47页 |
| 1.5.1 DNA酶I足迹法(DNaseIfootprinting) | 第42页 |
| 1.5.2 电泳速率漂移实验(electrophoresismobilityshiftassay,EMSA) | 第42-43页 |
| 1.5.3 酵母单杂交(yeastone-hybridassay,Y1H) | 第43页 |
| 1.5.4 染色质免疫沉淀-测序(ChIP-Seq) | 第43-44页 |
| 1.5.5 基于质谱的蛋白质组学方法 | 第44-47页 |
| 1.6 本文研究工作与安排 | 第47-48页 |
| 第二章 小鼠32种组织器官转录因子DNA结合活性谱构建 | 第48-66页 |
| 2.1 材料与方法 | 第48-54页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第48页 |
| 2.1.2 细胞培养 | 第48-49页 |
| 2.1.3 catTFREDNA的制备 | 第49页 |
| 2.1.4 组织核蛋白提取 | 第49-50页 |
| 2.1.5 TFREpulldown | 第50页 |
| 2.1.6 胶内酶解 | 第50-51页 |
| 2.1.7 质谱检测 | 第51-52页 |
| 2.1.8 TFRE数据分析 | 第52-53页 |
| 2.1.9 其他数据收集 | 第53-54页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第54-64页 |
| 2.2.1 TFRE数据评估 | 第54-57页 |
| 2.2.2 TFRE数据转录因子鉴定情况 | 第57-58页 |
| 2.2.3 转录因子富集效率 | 第58-63页 |
| 2.2.4 转录共调控因子鉴定情况 | 第63-64页 |
| 2.3 小结 | 第64-66页 |
| 第三章 小鼠转录因子分类与转录因子家族分析 | 第66-80页 |
| 3.1 材料与方法 | 第66-69页 |
| 3.1.1 RNA提取 | 第66页 |
| 3.1.2 RNA逆转录 | 第66-67页 |
| 3.1.3 实时定量PCR | 第67-69页 |
| 3.1.4 数据收集 | 第69页 |
| 3.1.5 生物信息学分析 | 第69页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第69-79页 |
| 3.2.1 普遍性转录因子与组织限制性转录因子 | 第69-73页 |
| 3.2.2 核受体家族转录因子分析 | 第73-78页 |
| 3.2.3 其他代表性转录因子家族分析 | 第78-79页 |
| 3.3 小结 | 第79-80页 |
| 第四章 利用共表达预测未知转录因子功能和构建转录因子相互作用网络 | 第80-96页 |
| 4.1 材料与方法 | 第80-81页 |
| 4.1.1 数据收集 | 第80页 |
| 4.1.2 生物信息学分析 | 第80-81页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第81-95页 |
| 4.2.1 转录因子共表达预测未知转录因子功能 | 第81-87页 |
| 4.2.2 转录因子相互作用图谱 | 第87-95页 |
| 4.3 小结 | 第95-96页 |
| 第五章 维持组织基本功能的转录因子 | 第96-104页 |
| 5.1 材料与方法 | 第96页 |
| 5.1.1 数据收集 | 第96页 |
| 5.1.2 生物信息学分析 | 第96页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第96-103页 |
| 5.3 小结 | 第103-104页 |
| 第六章 以肝再生模型研究组织扰动下转录因子动态变化 | 第104-114页 |
| 6.1 研究背景 | 第104-105页 |
| 6.2 材料与方法 | 第105-107页 |
| 6.2.1 实验动物 | 第105页 |
| 6.2.2 小鼠肝脏切除再生模型构建 | 第105页 |
| 6.2.3 小鼠肝脏全蛋白质组提取 | 第105-106页 |
| 6.2.4 肝组织核蛋白提取和TFREpulldown | 第106页 |
| 6.2.5 质谱检测 | 第106-107页 |
| 6.2.6 其他数据收集(参考范围) | 第107页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第107-112页 |
| 6.3.1 肝再生模型的构建评估 | 第107-108页 |
| 6.3.2 肝再生时序过程中差异转录因子 | 第108-110页 |
| 6.3.3 组织维持性转录因子的变化情况 | 第110-112页 |
| 6.4 小结 | 第112-114页 |
| 第七章 NCI60癌细胞系转录因子DNA结合活性谱构建 | 第114-124页 |
| 7.1 研究背景 | 第114页 |
| 7.2 材料与方法 | 第114-116页 |
| 7.2.1 NCI60细胞系核蛋白 | 第114-115页 |
| 7.2.2 转录因子富集及胶内酶解 | 第115页 |
| 7.2.3 质谱检测 | 第115页 |
| 7.2.4 其他数据收集 | 第115-116页 |
| 7.3 结果与讨论 | 第116-124页 |
| 7.3.1 TFRE数据转录因子鉴定情况 | 第116-124页 |
| 第八章 药物抗性相关的转录因子特征 | 第124-134页 |
| 8.1 研究背景 | 第124页 |
| 8.2 材料与方法 | 第124-125页 |
| 8.2.1 数据搜集 | 第124页 |
| 8.2.2 生物信息学分析 | 第124-125页 |
| 8.3 结果与讨论 | 第125-134页 |
| 8.3.1 单一转录因子对于药物敏感性/耐药性的关联 | 第125-129页 |
| 8.3.2 鉴定与药物敏感性和耐药性的转录因子特征 | 第129-134页 |
| 第九章 总结与展望 | 第134-138页 |
| 参考文献 | 第138-154页 |
| 附录 | 第154-157页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第157-158页 |
| 个人简历 | 第158-159页 |
| 致谢 | 第159-160页 |
