| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第12-16页 |
| 1.1 背景及意义 | 第12页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第12-14页 |
| 1.3 本文的主要工作 | 第14-15页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第15-16页 |
| 第2章 分子动力学和并行计算基础 | 第16-30页 |
| 2.1 引言 | 第16-17页 |
| 2.2 分子动力学基本原理 | 第17-18页 |
| 2.3 分子动力学初始条件及计算流程 | 第18-20页 |
| 2.3.1 初始位置与初始速度 | 第18-19页 |
| 2.3.2 消除整体动量与计算流程 | 第19-20页 |
| 2.4 运动积分方程 | 第20-21页 |
| 2.5 周性性边界条件 | 第21页 |
| 2.6 积分步长与约化单位 | 第21-22页 |
| 2.7 并行算法设计 | 第22-23页 |
| 2.8 并行分解算法 | 第23-26页 |
| 2.9 MPI消息通信 | 第26-27页 |
| 2.10 OpenMP计算模型 | 第27-28页 |
| 2.11 并行程序的性能评估方法 | 第28-29页 |
| 2.12 小结 | 第29-30页 |
| 第3章 分子动力学并行算法的设计与性能分析 | 第30-44页 |
| 3.1 引言 | 第30页 |
| 3.2 PVM并行算法 | 第30-32页 |
| 3.3 基于MPI+OpenMP的并行算法设计与分析 | 第32-37页 |
| 3.4 编译环境 | 第37页 |
| 3.5 性能分析 | 第37-43页 |
| 3.6 小结 | 第43-44页 |
| 第4章 数值模拟分析 | 第44-51页 |
| 4.1 引言 | 第44页 |
| 4.2 数值模拟环境 | 第44-46页 |
| 4.3 双体分布函数分析 | 第46页 |
| 4.4 键对类型指数分析 | 第46-47页 |
| 4.5 原子集群分析 | 第47页 |
| 4.6 可视化分析 | 第47-50页 |
| 4.7 小结 | 第50-51页 |
| 总结与展望 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-58页 |
| 致谢 | 第58-59页 |
| 附录A (攻读硕士学位期间所发表的学术论文目录) | 第59-60页 |
| 附录B (攻读硕士学位期间所参与的学术科研活动) | 第60页 |