| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第一章 前言 | 第13-28页 |
| 1.1 DNA在自然土壤中的水平基因转移 | 第13-22页 |
| 1.1.1 DNA在土壤环境中的释放 | 第14-16页 |
| 1.1.2 DNA在土壤中的降解 | 第16-18页 |
| 1.1.2.1 DNA在土壤中的残留 | 第16-17页 |
| 1.1.2.2 DNA的抗降解机制 | 第17-18页 |
| 1.1.3 DNA与土壤组分的相互作用 | 第18-20页 |
| 1.1.3.1 DNA与土壤组分的作用机制 | 第18-19页 |
| 1.1.3.2 DNA与土壤组分的作用位点 | 第19-20页 |
| 1.1.4 DNA的自然转化研究 | 第20-22页 |
| 1.1.4.1 土壤环境中发生自然转化的限制性因素 | 第21-22页 |
| 1.1.4.2 水平基因转移的检测 | 第22页 |
| 1.2 DNA在自然土壤中的水平基因转移研究技术 | 第22-27页 |
| 1.2.1 等温滴定微量热技术 | 第23-24页 |
| 1.2.2 实时荧光定量PCR | 第24-25页 |
| 1.2.3 流式细胞术 | 第25-27页 |
| 1.3 研究目的和内容 | 第27-28页 |
| 第二章 DNA与细菌-矿物复合物的吸附 | 第28-47页 |
| 2.1 引言 | 第28页 |
| 2.2 材料与方法 | 第28-33页 |
| 2.2.1 DNA | 第28-29页 |
| 2.2.2 菌株 | 第29页 |
| 2.2.3 培养基和培养条件 | 第29页 |
| 2.2.4 菌悬液制备 | 第29页 |
| 2.2.5 缓冲液 | 第29页 |
| 2.2.6 矿物悬液的制备 | 第29-31页 |
| 2.2.7 等温吸附及解吸实验 | 第31-32页 |
| 2.2.8 衰减全反射傅里叶变换红外光谱分析 | 第32页 |
| 2.2.9 等温滴定微量热实验 | 第32-33页 |
| 2.3 结果与分析 | 第33-44页 |
| 2.3.1 DNA在细菌和矿物上的等温吸附 | 第33-35页 |
| 2.3.2 DNA在细菌-矿物复合物上的等温吸附 | 第35-37页 |
| 2.3.3 细菌、矿物及二者复合物上DNA的解吸 | 第37页 |
| 2.3.4 衰减全反射红外光谱技术分析 | 第37-42页 |
| 2.3.5 等温滴定微量热分析 | 第42-44页 |
| 2.4 讨论 | 第44-46页 |
| 2.5 结论 | 第46-47页 |
| 第三章 游离及固定态降解质粒在实验室水平的转化 | 第47-66页 |
| 3.1 引言 | 第47-48页 |
| 3.2 材料与方法 | 第48-59页 |
| 3.2.1 菌株和质粒 | 第48-49页 |
| 3.2.2 培养基及培养条件 | 第49-51页 |
| 3.2.3 常用贮存液和缓冲液配方 | 第51-52页 |
| 3.2.4 分子生物学试剂 | 第52页 |
| 3.2.5 Kmr及egfp双重标记降解质粒构建 | 第52-57页 |
| 3.2.6 固定态DNA的制备 | 第57-58页 |
| 3.2.7 降解质粒平板转化实验 | 第58-59页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第59-64页 |
| 3.3.1 Kmr及egfp双重标记降解质粒构建 | 第59-61页 |
| 3.3.2 降解质粒平板转化实验 | 第61-64页 |
| 3.4 结论 | 第64-66页 |
| 第四章 降解质粒在土壤中的稳定性及生物可利用性 | 第66-75页 |
| 4.1 引言 | 第66-67页 |
| 4.2 材料和方法 | 第67-69页 |
| 4.2.1 DNA及矿物 | 第67页 |
| 4.2.2 土壤 | 第67页 |
| 4.2.3 DNA向土壤中的投放 | 第67页 |
| 4.2.4 土壤DNA的提取 | 第67-68页 |
| 4.2.5 回收DNA的荧光定量PCR检测 | 第68-69页 |
| 4.2.6 回收DNA的转化效率测定 | 第69页 |
| 4.3 结果与分析 | 第69-72页 |
| 4.3.1 回收DNA的荧光定量PCR检测 | 第69-71页 |
| 4.3.2 回收DNA的转化效率测定 | 第71-72页 |
| 4.4 讨论 | 第72-74页 |
| 4.5 结论 | 第74-75页 |
| 第五章 降解质粒在自然土壤中的转化 | 第75-96页 |
| 5.1 引言 | 第75页 |
| 5.2 材料与方法 | 第75-79页 |
| 5.2.1 DNA、矿物及培养条件 | 第75-76页 |
| 5.2.2 土壤与处理 | 第76页 |
| 5.2.3 土壤自然转化实验 | 第76页 |
| 5.2.4 土壤自然转化样品中细菌的分离 | 第76-77页 |
| 5.2.5 土壤自然转化样品分离细菌的检测 | 第77-78页 |
| 5.2.6 土壤自然转化子富集培养后的流式细胞分析分选 | 第78页 |
| 5.2.7 阳性转化子鉴定 | 第78-79页 |
| 5.2.8 阳性转化子 16S r RNA基因测序与进化树构建 | 第79页 |
| 5.3 结果与分析 | 第79-93页 |
| 5.3.1 土壤自然转化样品直接分离细菌的检测 | 第79-83页 |
| 5.3.2 土壤自然转化子富集培养后的流式细胞分析分选 | 第83-90页 |
| 5.3.3 阳性转化子鉴定 | 第90-92页 |
| 5.3.4 阳性转化子 16S r RNA基因测序与进化树构建 | 第92-93页 |
| 5.4 讨论 | 第93-95页 |
| 5.5 结论 | 第95-96页 |
| 第六章 全文总结与展望 | 第96-99页 |
| 6.1 研究结论 | 第96-97页 |
| 6.2 创新点 | 第97-98页 |
| 6.3 研究展望 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-122页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第122-123页 |
| 致谢 | 第123-124页 |
