| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 研究背景 | 第11-25页 |
| 1.1 测序技术研究发展 | 第11-15页 |
| 1.1.1 新一代测序技术 | 第11-13页 |
| 1.1.2 第三代测序技术 | 第13-15页 |
| 1.2 转录组学研究现状 | 第15-18页 |
| 1.2.1 转录组学的研究意义 | 第15-16页 |
| 1.2.2 转录组的研究方法 | 第16页 |
| 1.2.3 转录组测序研究发展和挑战 | 第16-18页 |
| 1.3 本研究的意义 | 第18-25页 |
| 1.3.1 测序平台选择 | 第18页 |
| 1.3.2 测序平台升级带来的建库技术挑战 | 第18-23页 |
| 1.3.3 解决问题的方法 | 第23-25页 |
| 第二章 材料与方法 | 第25-48页 |
| 2.1 实验材料 | 第25-27页 |
| 2.1.1 样品 | 第25页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第25-27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-48页 |
| 2.2.1 样品保存及运输 | 第27-28页 |
| 2.2.2 样品Agilent 2100 bioanalyzer检测 | 第28-31页 |
| 2.2.3 Hiseq平台旧转录组文库构建 | 第31-35页 |
| 2.2.4 Hiseq平台长插入片段转录组文库构建 | 第35-40页 |
| 2.2.5 转录组文库测序数据的质量评估 | 第40-44页 |
| 2.2.6 三个文库的转录组分析比较 | 第44-48页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第48-69页 |
| 3.1 RNA标准品质量评估 | 第48-49页 |
| 3.2 两种转录组文库测序前的质量评估 | 第49页 |
| 3.3 比较两个转录组文库数据的质量评估结果 | 第49-59页 |
| 3.3.1 两个转录组文库测序质量评估 | 第49-51页 |
| 3.3.2 两个转录组文库的测序数据过滤、修剪和产量统计 | 第51-52页 |
| 3.3.3 三个转录组文库Clean数据碱基组成和质量分布图 | 第52-53页 |
| 3.3.4 三个文库测序数据与参考基因和基因组比对结果概述 | 第53-55页 |
| 3.3.5 评价测序随机性 | 第55-59页 |
| 3.4 三个文库的转录组分析 | 第59-69页 |
| 3.4.1 鉴定基因的可变剪切 | 第59-60页 |
| 3.4.2 比较三个文库的junction的发现数量 | 第60-62页 |
| 3.4.3 比较三个文库的基因融合分析 | 第62-65页 |
| 3.4.4 三个文库基于基因定量的一致性比较和差异基因统计 | 第65-66页 |
| 3.4.5 三个文库的基因定量结果与QPCR结果的一致性分析 | 第66-69页 |
| 第四章 结论 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-76页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77-78页 |
| 附件 | 第78页 |
