| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第12-28页 |
| 1.1 线粒体及其基因组DNA | 第12-15页 |
| 1.1.1 线粒体的结构特征 | 第12-13页 |
| 1.1.2 线粒体的半自主性与进化 | 第13-14页 |
| 1.1.3 高等植物的线粒体基因组 | 第14-15页 |
| 1.2 细胞质雄性不育 | 第15-17页 |
| 1.2.1 细胞质雄性不育的发现与发生 | 第15-16页 |
| 1.2.2 细胞质雄性不育的相关研究 | 第16-17页 |
| 1.3 细菌人工染色体(BAC)文库的构建及应用 | 第17-21页 |
| 1.3.1 DNA大片段插入文库的研究进展 | 第17-18页 |
| 1.3.2 BAC文库的构建和保存 | 第18-20页 |
| 1.3.3 BAC文库的应用 | 第20-21页 |
| 1.4 线粒体基因组的研究 | 第21-26页 |
| 1.4.1 全基因组测序的策略 | 第21-22页 |
| 1.4.2 高等植物的线粒体基因组测序 | 第22页 |
| 1.4.3 基因组序列的分析 | 第22-26页 |
| 1.5 本课题的内容及研究意义 | 第26-28页 |
| 第2章 高纯度大豆线粒体DNA的提取 | 第28-33页 |
| 2.1 试验材料 | 第28-29页 |
| 2.1.1 植物材料与培养方法 | 第28页 |
| 2.1.2 酶及主要试剂配方 | 第28页 |
| 2.1.3 PCR引物清单 | 第28-29页 |
| 2.2 试验方法 | 第29-31页 |
| 2.2.1 差速离心粗提线粒体 | 第29页 |
| 2.2.2 密度梯度离心纯化线粒体 | 第29-30页 |
| 2.2.3 抽提线粒体DNA | 第30页 |
| 2.2.4 线粒体DNA纯度检测 | 第30-31页 |
| 2.3 结果与分析 | 第31-33页 |
| 第3章 大豆线粒体基因组SHOTGUN测序 | 第33-45页 |
| 3.1 试验材料 | 第33-34页 |
| 3.1.1 菌株和质粒 | 第33页 |
| 3.1.2 酶和主要试剂 | 第33页 |
| 3.1.3 培养基和主要试剂配方 | 第33-34页 |
| 3.2 试验方法 | 第34-39页 |
| 3.2.1 大肠杆菌高效感受态细胞的制备与热击转化 | 第34-35页 |
| 3.2.2 Shotgun文库的构建 | 第35-36页 |
| 3.2.3 SDS碱裂解法小量制备质粒DNA | 第36-37页 |
| 3.2.4 Shotgun文库质粒的大规模提取 | 第37页 |
| 3.2.5 通量测序 | 第37-38页 |
| 3.2.6 序列的拼接 | 第38页 |
| 3.2.7 TA克隆 | 第38-39页 |
| 3.2.8 菌落PCR | 第39页 |
| 3.3 结果与分析 | 第39-45页 |
| 3.3.1 Shotgun文库的构建 | 第39-41页 |
| 3.3.2 Shotgun文库的鉴定 | 第41-42页 |
| 3.3.3 序列的拼接和补"测序沟" | 第42-45页 |
| 第4章 保持系线粒体BAC文库的构建与"物理沟"的填补 | 第45-56页 |
| 4.1 试验材料 | 第45页 |
| 4.1.1 菌株和质粒 | 第45页 |
| 4.1.2 酶及主要试剂配方 | 第45页 |
| 4.2 试验方法 | 第45-49页 |
| 4.2.1 BAC文库的构建 | 第45-47页 |
| 4.2.2 大量抽提BAC质粒DNA | 第47-49页 |
| 4.2.3 物理沟的填补 | 第49页 |
| 4.3 结果与分析 | 第49-56页 |
| 4.3.1 BAC文库的构建和鉴定 | 第49-53页 |
| 4.3.2 保持系的线粒体基因组 | 第53-56页 |
| 第5章 序列的生物信息学分析 | 第56-64页 |
| 5.1 序列的分析 | 第56页 |
| 5.2 序列分析结果 | 第56-64页 |
| 5.2.1 GC含量分析 | 第56-57页 |
| 5.2.2 重复序列分析 | 第57-60页 |
| 5.2.3 大片段重复序列分析 | 第60-61页 |
| 5.2.4 进化树的构建 | 第61-62页 |
| 5.2.5 基因预测 | 第62-64页 |
| 第6章 结论 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-74页 |
| 作者简介及在学期间所获得的科研成果 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75页 |