| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-15页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第10-11页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第11-12页 |
| 1.3 本文主要工作 | 第12-13页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第13-14页 |
| 1.5 本章小结 | 第14-15页 |
| 第二章 串行序列比对算法的分布式实现方法 | 第15-27页 |
| 2.1 引言 | 第15页 |
| 2.2 序列比对算法概述 | 第15-18页 |
| 2.2.1 后缀数组 | 第16页 |
| 2.2.2 BWT | 第16-18页 |
| 2.3 消息传递接口MPI | 第18-20页 |
| 2.4 基于BWT的序列比对算法 | 第20页 |
| 2.5 D-Mapping系统结构 | 第20-21页 |
| 2.6 D-Mapping方法详细设计 | 第21-24页 |
| 2.6.1 数据预处理 | 第21-22页 |
| 2.6.2 参考序和reads序列分发 | 第22页 |
| 2.6.3 序列比对阶段 | 第22-23页 |
| 2.6.4 结果汇总阶段 | 第23-24页 |
| 2.7 结果与讨论 | 第24-26页 |
| 2.7.1 测试数据和环境 | 第24页 |
| 2.7.2 测试结果与分析 | 第24-26页 |
| 2.8 结束语 | 第26-27页 |
| 第三章 基于MPI的分布式序列比对中的动态负载均衡算法研究 | 第27-33页 |
| 3.1 引言 | 第27页 |
| 3.2 负载均衡的调度策略 | 第27页 |
| 3.3 动态负载均衡算法的相关影响因子 | 第27-28页 |
| 3.4 动态负载均衡算法 | 第28-30页 |
| 3.4.1 负载状态的描述 | 第28-29页 |
| 3.4.2 本文提出的任务调度算法 | 第29-30页 |
| 3.5 结果与讨论 | 第30-31页 |
| 3.5.1 测试数据和环境 | 第30页 |
| 3.5.2 测试结果与分析 | 第30-31页 |
| 3.6 结束语 | 第31-33页 |
| 第四章 基于MPI的分布式序列比对系统的容错方法研究 | 第33-40页 |
| 4.1 引言 | 第33页 |
| 4.2 MPI容错技术介绍 | 第33-34页 |
| 4.2.1 MPI标准的容错 | 第33-34页 |
| 4.2.2 容错MPI实现 | 第34页 |
| 4.3 检查点技术 | 第34-35页 |
| 4.4 组间通信域 | 第35-36页 |
| 4.5 本文提出的MPI容错方法 | 第36-38页 |
| 4.6 结果与讨论 | 第38-39页 |
| 4.6.1 测试数据和环境 | 第38页 |
| 4.6.2 测试结果与分析 | 第38-39页 |
| 4.7 结束语 | 第39-40页 |
| 第五章 总结与展望 | 第40-42页 |
| 5.1 总结 | 第40-41页 |
| 5.2 下一步工作展望 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-46页 |
| 致谢 | 第46页 |