| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 图表目录 | 第12-15页 |
| 1 第一章 绪论 | 第15-39页 |
| ·海洋环境概况及海洋微生物的研究意义 | 第15-17页 |
| ·DNA测序技术发展概述 | 第17-26页 |
| ·第一代测序技术 | 第17-19页 |
| ·第二代测序技术 | 第19-22页 |
| ·第三代测序技术 | 第22-26页 |
| ·测序技术在微生物研究中的应用 | 第26页 |
| ·海洋可培养微生物基因组学研究 | 第26-31页 |
| ·海洋MGI类群氨氧化古菌的基因组学研究 | 第27-29页 |
| ·海洋浮游细菌Roseobacter类群的基因组学研究 | 第29-31页 |
| ·海洋未培养微生物基因组学研究——宏基因组学 | 第31-39页 |
| ·宏基因组定义及其研究方法概述 | 第31-32页 |
| ·海洋微生物宏基因组学研究的大事件——全球海洋取样考察GOS | 第32-34页 |
| ·海洋微生物宏基因组学研究的其他最新进展 | 第34-39页 |
| 2 第二章 东海来源细菌的多相分类学研究 | 第39-87页 |
| ·材料和方法 | 第40-54页 |
| ·样品及菌株 | 第40-42页 |
| ·试剂与培养基 | 第42-44页 |
| ·表型特征 | 第44-49页 |
| ·化学分类特征 | 第49-50页 |
| ·遗传特征 | 第50-54页 |
| ·结果与讨论 | 第54-86页 |
| ·Marinobacter属菌株的多相分类学研究 | 第54-59页 |
| ·Marinobacterium属菌株的多相分类学研究 | 第59-67页 |
| ·Ruegeria属菌株的多相分类学研究 | 第67-73页 |
| ·Hyphomicrobiaceae科菌株的多相分类学研究 | 第73-86页 |
| ·本章小结 | 第86-87页 |
| 3 第三章Pelagibacterium halotolerans B2T的基因组研究 | 第87-113页 |
| ·材料和方法 | 第87-90页 |
| ·菌株 | 第87-88页 |
| ·主要试剂 | 第88页 |
| ·菌株基因组DNA的提取和检测 | 第88页 |
| ·基因组测序及分析 | 第88-90页 |
| ·结果与讨论 | 第90-110页 |
| ·菌株Pelagibacterium halotolerans B2~T的基因组基本特征 | 第90-91页 |
| ·基因的功能分类 | 第91-95页 |
| ·氨基酸和碳水化合物代谢 | 第95-96页 |
| ·TRAP转运体系统 | 第96-100页 |
| ·PQQ依赖的醇脱氢酶 | 第100-101页 |
| ·芳香族化合物降解 | 第101-103页 |
| ·鞭毛组装 | 第103-105页 |
| ·渗透压胁迫耐受 | 第105-108页 |
| ·重金属胁迫耐受 | 第108-110页 |
| ·本章小结 | 第110-113页 |
| 4 第四章太平洋海山区深海沉积物的宏基因组研究 | 第113-167页 |
| ·材料和方法 | 第113-122页 |
| ·样品 | 第113-114页 |
| ·试剂与培养基 | 第114-115页 |
| ·样品化学元素测定 | 第115页 |
| ·宏基因组文库构建 | 第115-116页 |
| ·宏基因组文库保存 | 第116页 |
| ·菌株培养 | 第116页 |
| ·Fosmid提取 | 第116页 |
| ·Fosmid末端测序及分析 | 第116-118页 |
| ·16SrRNA基因筛选及分析 | 第118-121页 |
| ·基因组片段测序及分析 | 第121-122页 |
| ·实验结果 | 第122-162页 |
| ·样品化学成分 | 第122-123页 |
| ·Fosmid末端序列分析 | 第123-134页 |
| ·古菌16SrRNA基因的多样性 | 第134-135页 |
| ·细菌16SrRNA基因的多样性 | 第135-139页 |
| ·基因组片段分析 | 第139-162页 |
| ·讨论 | 第162-165页 |
| ·本章小结 | 第165-167页 |
| 结论 | 第167-169页 |
| 参考文献 | 第169-185页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文(含待发表) | 第185-187页 |
| 致谢 | 第187页 |
