| 中文摘要 | 第6-8页 |
| SUMMARY | 第8-10页 |
| 第一章 前言 | 第11-20页 |
| 1.1 地方猪种 | 第12-13页 |
| 1.1.1 从江香猪 | 第12页 |
| 1.1.2 柯乐猪 | 第12页 |
| 1.1.3 糯谷猪 | 第12页 |
| 1.1.4 大白猪 | 第12-13页 |
| 1.2 拷贝数变异的研究进展 | 第13-19页 |
| 1.2.1 CNV的形成机理 | 第13-15页 |
| 1.2.2 CNV的作用机制 | 第15-16页 |
| 1.2.3 CNV的检测方法 | 第16-18页 |
| 1.2.4 猪全基因组CNV的研究进展 | 第18-19页 |
| 1.3 研究目的和意义 | 第19-20页 |
| 第二章 拷贝数变异的验证及多态性研究 | 第20-58页 |
| 2.1 材料与方法 | 第20-25页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第20-21页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第21-22页 |
| 2.1.3 主要实验仪器 | 第22页 |
| 2.1.4 主要溶液的配制 | 第22-24页 |
| 2.1.5 引物设计 | 第24-25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-32页 |
| 2.2.1 血液基因组DNA的提取 | 第25-26页 |
| 2.2.2 DNA浓度和纯度的检测 | 第26-27页 |
| 2.2.3 PCR扩增 | 第27页 |
| 2.2.4 荧光定量PCR | 第27-28页 |
| 2.2.5 琼脂糖凝胶电泳 | 第28页 |
| 2.2.6 目的DNA片段的回收与纯化 | 第28-29页 |
| 2.2.7 DNA的连接反应 | 第29-30页 |
| 2.2.8 大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第30页 |
| 2.2.9 重组质粒的转化 | 第30-31页 |
| 2.2.10 菌落PCR鉴定 | 第31页 |
| 2.2.11 质粒DNA的提取 | 第31-32页 |
| 2.2.12 目的DNA测序 | 第32页 |
| 2.3 全基因组CNV的研究 | 第32-35页 |
| 2.3.1 SNP基因型的判定 | 第32-33页 |
| 2.3.2 利用penn CNV推测拷贝数 | 第33-35页 |
| 2.3.3 数据的质量控制 | 第35页 |
| 2.3.4 CNVR的合并 | 第35页 |
| 2.4 SNP芯片结果的验证 | 第35-39页 |
| 2.4.1 标准曲线的制备 | 第36-38页 |
| 2.4.2 CNV的验证 | 第38-39页 |
| 2.5 数据的分析 | 第39-40页 |
| 2.5.1 q PCR结果的处理 | 第39页 |
| 2.5.2 香猪全基因组关联分析 | 第39页 |
| 2.5.3 CNV包括的基因及基因功能分析 | 第39-40页 |
| 2.6 结果 | 第40-53页 |
| 2.6.1 全基因组DNA的检测 | 第40页 |
| 2.6.2 PCR扩增及测序 | 第40-41页 |
| 2.6.3 荧光定量PCR扩增曲线 | 第41页 |
| 2.6.4 不同CNV香猪拷贝数测定 | 第41-43页 |
| 2.6.5 香猪不同CNV与三个猪品种的对比及与繁殖、体尺的相关性分析 | 第43-53页 |
| 2.7 讨论 | 第53-58页 |
| 2.7.1 CNV36多态性研究与功能分析 | 第53-54页 |
| 2.7.2 CNV74多态性研究与功能分析 | 第54-55页 |
| 2.7.3 CNV154多态性研究与功能分析 | 第55-56页 |
| 2.7.4 CNV86/101/139 多态性研究与功能分析 | 第56-58页 |
| 第三章 香猪卵巢中PHB和MTHFSD基因m RNA的表达 | 第58-67页 |
| 3.1 材料与方法 | 第58页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第58页 |
| 3.2 实验方法 | 第58-61页 |
| 3.2.1 采样前准备 | 第58页 |
| 3.2.2 总RNA提取 | 第58-59页 |
| 3.2.3 总RNA检测 | 第59页 |
| 3.2.4 CDNA第一条链合成 | 第59-60页 |
| 3.2.5 引物设计与合成 | 第60-61页 |
| 3.2.6 RT-PCR反应 | 第61页 |
| 3.2.7 克隆测序及q PCR的检测分析（同第二章） | 第61页 |
| 3.3 结果 | 第61-66页 |
| 3.3.1 总RNA提取与质量检测 | 第61-62页 |
| 3.3.2 PCR扩增及测序 | 第62-63页 |
| 3.3.3 q PCR的扩增曲线 | 第63-65页 |
| 3.3.4 香猪卵巢组织中PHB和MTHFSD基因m RNA表达检测 | 第65-66页 |
| 3.4 讨论 | 第66-67页 |
| 第四章 小结 | 第67-68页 |
| 缩略语 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-76页 |
| 附录一 | 第76-77页 |
| 附录二 | 第77-78页 |
| 图版一 | 第78-81页 |
| 图版二 | 第81-83页 |
