| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第12-25页 |
| 1.1 蛋白质变构效应的研究意义和进展 | 第13-16页 |
| 1.1.1 研究的背景和意义 | 第13-14页 |
| 1.1.2 研究的进展 | 第14-16页 |
| 1.2 丙氨酸脱氢酶研究的意义和进展 | 第16-19页 |
| 1.2.1 丙氨酸脱氢酶研究的意义 | 第16-17页 |
| 1.2.2 丙氨酸脱氢酶研究的进展 | 第17-19页 |
| 1.3 离子通道的研究意义及进展 | 第19-24页 |
| 1.3.1 离子通道研究的意义 | 第19-22页 |
| 1.3.2 离子通道研究进展 | 第22-24页 |
| 1.4 论文具体研究内容 | 第24-25页 |
| 第2章 理论与方法 | 第25-38页 |
| 2.1 引言 | 第25页 |
| 2.2 分子动力学模拟 | 第25-31页 |
| 2.2.1 分子动力学模拟的基本原理和基本步骤 | 第26-30页 |
| 2.2.2 本征动力学与主成分动力学 | 第30页 |
| 2.2.3 常见的分子动力学模拟的软件介绍 | 第30-31页 |
| 2.3 正则模分析 | 第31-33页 |
| 2.4 弹性网络模型 | 第33-38页 |
| 2.4.1 高斯网络模型 | 第33-35页 |
| 2.4.2 各向异性网络模型 | 第35-36页 |
| 2.4.3 高斯网络模型和各向异性网络模型在蛋白质功能性运动和关键残基识别上的应用 | 第36-38页 |
| 第3章 基于弹性网络模型的L-丙氨酸脱氢酶的域运动和功能性关键残基的研究 | 第38-56页 |
| 3.1 引言 | 第38-40页 |
| 3.2 研究方法 | 第40-45页 |
| 3.2.1 高斯网络模型和各向异型网络模型 | 第40-42页 |
| 3.2.2 相关系数 | 第42页 |
| 3.2.3 正则模分析 | 第42-43页 |
| 3.2.4 基于弹性网络模型的微扰分析方法 | 第43-45页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第45-55页 |
| 3.3.1 均方涨落和温度因子的对比 | 第45-46页 |
| 3.3.2 慢运动模式 | 第46-51页 |
| 3.3.3 正则模分析结果 | 第51页 |
| 3.3.4 运动的相关性分析 | 第51-52页 |
| 3.3.5 快运动模式 | 第52页 |
| 3.3.6 功能性关键残基的识别 | 第52-55页 |
| 3.4 本章小结 | 第55-56页 |
| 第4章 基于弹性网络模型的GLIC功能性关键残基与麻醉调节的变构路径关系的研究 | 第56-69页 |
| 4.1 引言 | 第56-57页 |
| 4.2 方法和步骤 | 第57-59页 |
| 4.2.1 基于弹性网络模型的热力学循环的方法 | 第57页 |
| 4.2.2 识别功能性关键残基的步骤 | 第57-59页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第59-68页 |
| 4.3.1 功能性关键残基在蛋白质上分布情况 | 第62-66页 |
| 4.3.2 变构路径识别与Markovian传导方法优缺点的比较 | 第66页 |
| 4.3.3 多配体结合情况下的关键残基的识别 | 第66-68页 |
| 4.3.4 关键残基识别的局限性 | 第68页 |
| 4.4 本章小结 | 第68-69页 |
| 结论 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-84页 |
| 攻读博士学位期间承担的科研任务与主要成果 | 第84-85页 |
| 致谢 | 第85页 |
