| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-35页 |
| 1.1 引言 | 第13-15页 |
| 1.2 微生物降解偶氮染料的研究进展 | 第15-22页 |
| 1.2.1 偶氮染料简介 | 第15-16页 |
| 1.2.2 细菌降解偶氮染料的研究进展 | 第16-19页 |
| 1.2.3 真菌降解偶氮染料的研究进展 | 第19-22页 |
| 1.2.4 藻类降解偶氮染料的研究 | 第22页 |
| 1.3 代谢组学简介 | 第22-28页 |
| 1.3.1 代谢组学的概念 | 第22页 |
| 1.3.2 基于核磁共振技术的代谢组学简介 | 第22-26页 |
| 1.3.3 代谢组学的应用 | 第26-28页 |
| 1.4 转录组学简介 | 第28-32页 |
| 1.4.1 转录组和转录组学 | 第28页 |
| 1.4.2 转录组学分析技术的发展 | 第28-31页 |
| 1.4.3 基于RNA测序技术的转录组学应用 | 第31-32页 |
| 1.5 计算机模拟蛋白质与小分子配体结构的研究 | 第32-33页 |
| 1.5.1 蛋白质—配体分析技术简介 | 第32-33页 |
| 1.5.2 AutoDock简介及应用 | 第33页 |
| 1.6 研究背景、目的及意义 | 第33-35页 |
| 第二章 S. oneidensis MR-1在不同氧条件下降解甲基橙的代谢组分析 | 第35-49页 |
| 2.1 材料与方法 | 第35-38页 |
| 2.1.1 材料与试剂 | 第35页 |
| 2.1.2 实验所用溶液配制方法 | 第35-36页 |
| 2.1.3 不同氧含量条件下细菌的生长曲线 | 第36页 |
| 2.1.4 不同氧含量条件下细菌对甲基橙的降解率 | 第36-37页 |
| 2.1.5 代谢组样品处理与测定 | 第37页 |
| 2.1.6 代谢组数据分析方法 | 第37-38页 |
| 2.2 结果与分析 | 第38-48页 |
| 2.2.1 细菌在不同培养条件下的生长曲线 | 第38-39页 |
| 2.2.2 不同氧含量条件下细菌对甲基橙的降解率 | 第39-40页 |
| 2.2.3 S. oneidensis MR-1在三种培养条件下的代谢物归属 | 第40-43页 |
| 2.2.4 多变量数据分析 | 第43-48页 |
| 2.3 小结 | 第48-49页 |
| 第三章 S. oneidensis MR-1在不同氧条件下降解甲基橙的转录组分析 | 第49-71页 |
| 3.1 材料与方法 | 第49-53页 |
| 3.1.1 材料与试剂 | 第49页 |
| 3.1.2 RNA提取与cDNA合成 | 第49-50页 |
| 3.1.3 RNA-Seq与数据分析 | 第50-51页 |
| 3.1.4 RT-qPCR检验转录组数据 | 第51-53页 |
| 3.2 结果与分析 | 第53-69页 |
| 3.2.1 转录组样品相关性及测序结果验证 | 第53-54页 |
| 3.2.2 甲基橙诱导的S.oneidensis MR-1转录水平上的差异表达基因 | 第54-60页 |
| 3.2.3 高浓度溶解氧诱导的S.oneidensis MR-1转录水平上的差异表达基因 | 第60-65页 |
| 3.2.4 代谢过程的相互影响以及氧抑制甲基橙还原的假设机制 | 第65-67页 |
| 3.2.5 荧光定量PCR技术验证转录组数据 | 第67-69页 |
| 3.3 小结 | 第69-71页 |
| 第四章 偶氮还原酶与配体分子结合位点预测 | 第71-83页 |
| 4.1 实验材料与方法 | 第71-72页 |
| 4.1.1 软件及配体分子结构来源 | 第71页 |
| 4.1.2 同源建摸 | 第71页 |
| 4.1.3 分子对接 | 第71-72页 |
| 4.2 结果与分析 | 第72-82页 |
| 4.2.1 S.oneidensis MR-1偶氮还原酶的结构 | 第72-75页 |
| 4.2.2 FMN与S.oneidensis MR-1偶氮还原酶的对接 | 第75-77页 |
| 4.2.3 NADH与soAzoR-FMN复合体的对接 | 第77-79页 |
| 4.2.4 甲基红与soAzoR-FMN复合体的对接 | 第79-82页 |
| 4.3 小结 | 第82-83页 |
| 第五章 偶氮还原酶活性中心残基作用分析 | 第83-101页 |
| 5.1 材料与方法 | 第83-93页 |
| 5.1.1 材料与试剂 | 第83页 |
| 5.1.2 实验所用溶液配制方法 | 第83-85页 |
| 5.1.3 S.oneidensis MR-1基因组提取 | 第85-86页 |
| 5.1.4 偶氮还原酶基因的克隆与转化 | 第86-89页 |
| 5.1.5 定点突变偶氮还原酶基因 | 第89-91页 |
| 5.1.6 野生型和突变型偶氮还原酶的表达与纯化 | 第91-92页 |
| 5.1.7 野生型和突变型偶氮还原酶酶促动力学分析 | 第92-93页 |
| 5.2 结果与分析 | 第93-99页 |
| 5.2.1 野生型与突变型重组质粒构建 | 第93-96页 |
| 5.2.2 野生型与突变型偶氮还原酶酶促动力学分析 | 第96-99页 |
| 5.3 小结 | 第99-101页 |
| 第六章 结论与展望 | 第101-103页 |
| 6.1 结论 | 第101-102页 |
| 6.2 创新点与展望 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-115页 |
| 附录 偶氮还原酶突变体测序结果 | 第115-125页 |
| 致谢 | 第125-127页 |
| 作者简介及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第127页 |
