| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第10-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-34页 |
| ·研究背景 | 第14-19页 |
| ·肉苁蓉形态特征与生活习性 | 第14-16页 |
| ·肉苁蓉的药用价值及主要药用成分 | 第16-17页 |
| ·肉苁蓉的资源价值、经济价值与发展前景 | 第17-18页 |
| ·肉苁蓉的研究现状 | 第18-19页 |
| ·研究方法 | 第19-32页 |
| ·高效液相色谱(HPLC) | 第20-22页 |
| ·下一代测序技术 | 第22-25页 |
| ·转录组测序技术(RNA-seq) | 第25-26页 |
| ·转录组从头拼接 | 第26-30页 |
| ·实时荧光定量PCR技术 | 第30-32页 |
| ·研究目的与意义 | 第32-34页 |
| 第二章 材料与方法 | 第34-50页 |
| ·实验样品 | 第34页 |
| ·实验试剂与耗材 | 第34-36页 |
| ·常用溶液与培养基 | 第34-35页 |
| ·实验试剂与仪器 | 第35-36页 |
| ·实验方法 | 第36-45页 |
| ·肉苁蓉糖苷含量的定量检测 | 第36-37页 |
| ·RNA提取 | 第37页 |
| ·RNA-seq测序文库制备与Illumina测序 | 第37-43页 |
| ·引物设计与实时荧光定量PCR | 第43-45页 |
| ·生物信息分析方法 | 第45-50页 |
| ·RNA-seq数据分析 | 第45页 |
| ·基因表达的定量 | 第45-46页 |
| ·基因表达模式聚类 | 第46-47页 |
| ·预测转录本的功能 | 第47页 |
| ·GO与KEGG注释 | 第47-48页 |
| ·SSR鉴定 | 第48-50页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第50-84页 |
| ·肉苁蓉肉质茎转录组从头拼接与主要药用成分相关基因的挖掘 | 第50-64页 |
| ·基于高通量测序数据的肉苁蓉肉质茎转录组从头拼接 | 第50-52页 |
| ·转录本的表达定量及功能注释 | 第52-55页 |
| ·表达转录本的GO与KEGG注释 | 第55-56页 |
| ·木质素生物合成基因的挖掘 | 第56-58页 |
| ·PhGs生物合成相关基因的挖掘 | 第58-59页 |
| ·小结 | 第59-64页 |
| ·两个主要种植地的肉苁蓉转录组的比较分析 | 第64-82页 |
| ·两个主要种植地的肉苁蓉主要药用成分的定量检测 | 第64-66页 |
| ·转录本从头拼接与功能注释 | 第66-70页 |
| ·表达转录本与差异表达转录本的鉴定分析 | 第70-76页 |
| ·与药用成分协同变化的分子标记的挖掘 | 第76-79页 |
| ·SSR的鉴定分析 | 第79-81页 |
| ·肉苁蓉数据库的构建 | 第81-82页 |
| ·小结 | 第82页 |
| ·讨论 | 第82-84页 |
| ·新一代测序技术在转录组中的应用 | 第82-83页 |
| ·不同种质肉苁蓉的性状差异与基因表达差异 | 第83页 |
| ·后续工作展望 | 第83-84页 |
| 第四章 结论 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-98页 |
| 附录 | 第98-100页 |
| 附图 | 第98-100页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第100页 |