| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-27页 |
| ·研究背景与意义 | 第15-21页 |
| ·研究背景 | 第15-17页 |
| ·研究意义 | 第17-18页 |
| ·研究现状 | 第18-21页 |
| ·蛋白质结构描述 | 第21-26页 |
| ·氨基酸侧链形态与功能 | 第22-23页 |
| ·常见二级结构 | 第23-25页 |
| ·蛋白质结构域 | 第25-26页 |
| ·本文研究内容 | 第26-27页 |
| ·研究内容 | 第26页 |
| ·组织结构 | 第26-27页 |
| 第二章 相关研究综述 | 第27-48页 |
| ·引言 | 第27-28页 |
| ·自由态对接中骨架构象变化 | 第28-30页 |
| ·小范围骨架原子运动 | 第28页 |
| ·环的显著骨架运动 | 第28-29页 |
| ·结构域运动 | 第29页 |
| ·非结构无序运动 | 第29-30页 |
| ·蛋白质-蛋白质对接分类 | 第30-34页 |
| ·刚性对接 | 第30-31页 |
| ·半柔性对接 | 第31-32页 |
| ·柔性对接 | 第32-34页 |
| ·蛋白质对接优化搜索算法 | 第34-37页 |
| ·蒙特卡洛方法(Monte Carlo,MC) | 第34-35页 |
| ·模拟退火(Simulated Annealing,SA) | 第35-36页 |
| ·遗传算法(Genetic Algorithm,GA) | 第36页 |
| ·蚁群优化(Ant Colony Optimization,ACO) | 第36-37页 |
| ·Rosetta Dock对接计算平台 | 第37-45页 |
| ·对接折叠树 | 第37页 |
| ·初始化对接 | 第37-39页 |
| ·低分辨率对接 | 第39-40页 |
| ·高分辨率对接 | 第40-41页 |
| ·打分函数 | 第41-42页 |
| ·骨架扰动 | 第42-45页 |
| ·本章小结 | 第45-48页 |
| 第三章 柔性区域识别及模型选择 | 第48-59页 |
| ·引言 | 第48-50页 |
| ·相关工作 | 第50页 |
| ·柔性区域中的关键残基 | 第50-51页 |
| ·柔性环的识别 | 第51-52页 |
| ·算法描述 | 第51-52页 |
| ·算法分析 | 第52页 |
| ·柔性铰链的识别 | 第52-57页 |
| ·残基作用网络 | 第53页 |
| ·残基组合作用 | 第53-54页 |
| ·特征抽取 | 第54-55页 |
| ·算法描述 | 第55页 |
| ·算法分析 | 第55-57页 |
| ·模型选择 | 第57-58页 |
| ·界面能量(interface energy) | 第57页 |
| ·组合能量(combined energy) | 第57-58页 |
| ·模型评估 | 第58页 |
| ·本章小结 | 第58-59页 |
| 第四章 柔性环能量最小化对接 | 第59-72页 |
| ·测试集Ⅰ | 第59页 |
| ·对接协议 | 第59-60页 |
| ·实验结果与比较 | 第60-67页 |
| ·基于界面能量的选择结果 | 第63-66页 |
| ·基于组合能量的选择结果 | 第66-67页 |
| ·实验方法比较 | 第67-68页 |
| ·本章小结 | 第68-72页 |
| 第五章 基于结构域装配的蛋白质-蛋白质骨架柔性对接 | 第72-85页 |
| ·测试集Ⅱ | 第72-73页 |
| ·对接协议 | 第73-75页 |
| ·结构域装配对接折叠树 | 第73-74页 |
| ·柔性铰链对接协议 | 第74-75页 |
| ·骨架搜索空间 | 第75-76页 |
| ·片段库构造 | 第75-76页 |
| ·柔性铰链骨架自由度 | 第76页 |
| ·能量函数 | 第76-77页 |
| ·实验结果 | 第77-84页 |
| ·1FAK实验结果 | 第77-79页 |
| ·1Y64实验结果 | 第79-80页 |
| ·219B实验结果 | 第80-81页 |
| ·1IRA实验结果 | 第81-84页 |
| ·本章小结 | 第84-85页 |
| 第六章 结果分析与讨论 | 第85-92页 |
| ·引言 | 第85页 |
| ·柔性区域识别精度 | 第85-87页 |
| ·柔性区域识别的扩展 | 第86-87页 |
| ·识别方法的改进 | 第87页 |
| ·柔性区域扰动 | 第87-90页 |
| ·扰动方式的选择 | 第88-89页 |
| ·骨架扰动难点 | 第89-90页 |
| ·扰动方式的改进 | 第90页 |
| ·模型选择 | 第90-91页 |
| ·能量函数的优化 | 第90-91页 |
| ·模型选择方法的改进 | 第91页 |
| ·本章小结 | 第91-92页 |
| 第七章 总结与展望 | 第92-95页 |
| ·工作总结 | 第92-93页 |
| ·研究展望 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-113页 |
| 发表文章目录及科研项目 | 第113-114页 |
| 致谢 | 第114页 |
