| 中文摘要 | 第1-7页 |
| 英文摘要 | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-15页 |
| 1．1 引言 | 第8-9页 |
| 1．2 蛋白质分子中能量传递的研究现状 | 第9-13页 |
| 1．3 本人的主要工作 | 第13-14页 |
| 1．4 本人工作的创新之处 | 第14页 |
| 1．5 本论文的安排 | 第14-15页 |
| 第二章 蛋白质中能量传递的理论 | 第15-23页 |
| 2．1 蛋白质中能量传递的DAVYDOV理论 | 第15-17页 |
| 2．2 改进的DAVYDOV理论 | 第17-22页 |
| 2．2．1 Davydov理论的缺陷 | 第17-18页 |
| 2．2．2 改进的Davydov理论 | 第18-20页 |
| 2．2．3 改进Davydov理论的孤立子运动方程 | 第20-22页 |
| 2．3 小结 | 第22-23页 |
| 第三章 模拟方法 | 第23-40页 |
| 3．1 量子力学（QM）方法 | 第23-24页 |
| 3．2 模拟中的约束条件 | 第24-25页 |
| 3．3 数值计算方法 | 第25-26页 |
| 3．4 模拟方案 | 第26-33页 |
| 3．5 蛋白质分子中能量传递的影响因素及在模拟中实现 | 第33-39页 |
| 3．5．1 孤立子在蛋白质分子中的碰撞 | 第34-35页 |
| 3．5．2 蛋白质分子结构无序性的研究 | 第35页 |
| 3．5．3 温度效应 | 第35-38页 |
| 3．5．4 侧链和杂质的影响 | 第38-39页 |
| 3．5．5 各种因素的综合考虑 | 第39页 |
| 3．6 小结 | 第39-40页 |
| 第四章 模拟结果与讨论 | 第40-97页 |
| 4．1 自由状态下孤立子的运动 | 第40-42页 |
| 4．2 蛋白质分子结构无序性的研究 | 第42-89页 |
| 4．2．1 氨基酸残基质量的无规则变化 | 第42-50页 |
| 4．2．2 蛋白质分子弹性常数的变化 | 第50-55页 |
| 4．2．3 偶极矩相互作用能的变化 | 第55-58页 |
| 4．2．4 耦合常数（非线性系数）变化 | 第58-61页 |
| 4．2．5 基态振动能的变化 | 第61-66页 |
| 4．2．6 氨基酸残基质量无序和弹性常数的同时无规则变化 | 第66-69页 |
| 4．2．7 氨基酸残基质量无序和偶极矩相互作用能变化 | 第69-71页 |
| 4．2．8 氨基酸残基质量和耦合常数变化 | 第71-74页 |
| 4．2．9 氨基酸残基质量、弹性系数和相互作用能变化 | 第74-79页 |
| 4．2．10 氨基酸残基质量、耦合系数和弹性系数变化 | 第79-81页 |
| 4．2．11 氨基酸残基质量、弹性常数、相互作用能和耦合常数同时变化 | 第81-86页 |
| 4．2．12 氨基酸残基质量、耦合常数、弹性系数、相互作用能以及杂质引起的基态能量的变化 | 第86-89页 |
| 4．3 在生理温度下孤立子的运动 | 第89-94页 |
| 4．3．1 生理温度条件下孤立子的运动 | 第89-91页 |
| 4．3．2 温度变化和蛋白质分子结构无序性条件下孤立子的运动情况 | 第91-94页 |
| 4．3．3 在300K下孤立子长时间的运动情况 | 第94页 |
| 4．4 小结 | 第94-97页 |
| 参考文献 | 第97-99页 |
| 致 谢 | 第99页 |
