| 中文摘要 | 第1-9页 |
| 英文摘要 | 第9-12页 |
| 前言 | 第12-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-34页 |
| 1 基因组时代的生物信息学分析 | 第14-17页 |
| ·生物信息学的产生与发展 | 第14-15页 |
| ·生物信息学在基因组研究中的应用 | 第15-17页 |
| 2 玉米基因组研究概况 | 第17-21页 |
| ·玉米基因组组成及基因组测序 | 第18-19页 |
| ·玉米基因功能研究 | 第19-20页 |
| ·比较基因组分析 | 第20-21页 |
| 3 同义密码子使用模式 | 第21-27页 |
| ·遗传密码及其破译 | 第21-23页 |
| ·同义密码子使用模式 | 第23-24页 |
| ·同义密码子使用偏性的生物学基础 | 第24-26页 |
| ·同义密码子使用研究的意义 | 第26-27页 |
| 4 同义密码子使用的研究方法 | 第27-34页 |
| ·衡量同义密码子使用偏好的指标 | 第27-29页 |
| ·分析同义密码子使用模式的统计学方法 | 第29-30页 |
| ·分析同义密码子使用模式的生物信息学资源 | 第30-34页 |
| 第二章 部分西南糯玉米waxy基因的序列突变和密码子用法特征分析 | 第34-57页 |
| 摘要 | 第34页 |
| 引言 | 第34-36页 |
| 1 材料和方法 | 第36-41页 |
| ·材料 | 第36-37页 |
| ·方法 | 第37-41页 |
| 2 结果与分析 | 第41-52页 |
| ·waxy基因克隆和序列分析 | 第41-45页 |
| ·玉米waxy尹基因的密码子用法特征分析 | 第45-47页 |
| ·玉米waxy基因与其它植物waxy基因的密码子用法比较 | 第47-50页 |
| ·waxy基因与大肠杆菌、酵母表达系统的密码子用法比较 | 第50-52页 |
| 3 讨论 | 第52-57页 |
| ·部分西南糯玉米waxy基因的序列变异 | 第52-55页 |
| ·waxy基因的密码子用法特征 | 第55-57页 |
| 第三章 玉米核基因密码子使用模式研究 | 第57-76页 |
| 摘要 | 第57页 |
| 引言 | 第57-58页 |
| 1 材料和方法 | 第58-61页 |
| ·序列数据 | 第58-59页 |
| ·方法 | 第59-61页 |
| 2 结果与分析 | 第61-71页 |
| ·基因的碱基组成 | 第61-62页 |
| ·玉米基因同义密码子相对使用度 | 第62-63页 |
| ·影响核基因密码子偏好性使用的因素 | 第63-66页 |
| ·最优密码子的确定 | 第66-68页 |
| ·玉米与其他生物密码子偏爱性比较 | 第68-71页 |
| 3 讨论 | 第71-76页 |
| ·高GC含量基因的形成 | 第71-72页 |
| ·影响玉米基因密码子使用偏好性的因素 | 第72-74页 |
| ·玉米与其他生物密码子偏爱性的比较 | 第74页 |
| ·最优密码子的确定 | 第74-76页 |
| 第四章 玉米线粒体和叶绿体基因组密码子使用模式研究 | 第76-89页 |
| 摘要 | 第76页 |
| 引言 | 第76-77页 |
| 1 材料和方法 | 第77-78页 |
| ·序列数据 | 第77-78页 |
| ·方法 | 第78页 |
| 2 结果与分析 | 第78-86页 |
| ·基因的碱基组成 | 第78页 |
| ·线粒体和叶绿体基因同义密码子相对使用度 | 第78-80页 |
| ·影响线粒体和叶绿体基因密码子使用的因素 | 第80-84页 |
| ·最优密码子的确定 | 第84-86页 |
| 3 讨论 | 第86-89页 |
| ·玉米线粒体和叶绿体基因组密码子使用模式 | 第86-87页 |
| ·玉米三个基因组密码子用法比较 | 第87-89页 |
| 结论 | 第89-92页 |
| 参考文献 | 第92-100页 |
| 附录 | 第100-107页 |
| 致谢 | 第107-108页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第108页 |
