| 中文摘要 | 第1-5页 |
| 英文摘要 | 第5-10页 |
| 1 绪论 | 第10-22页 |
| ·生物信息学概述 | 第10-14页 |
| ·生物信息学的产生和发展 | 第10-11页 |
| ·生物信息学的主要研究内容 | 第11-14页 |
| ·信号处理技术在生物信息学中的应用 | 第14-18页 |
| ·信号处理方法在生物信息学方面的应用 | 第15-17页 |
| ·纠错编码理论在生物信息方面应用 | 第17-18页 |
| ·本研究工作的意义及内容 | 第18-19页 |
| ·研究的理论意义 | 第18-19页 |
| ·研究的主要内容 | 第19页 |
| ·本文内容（章节）结构安排 | 第19-22页 |
| 2 分子生物学背景知识概述 | 第22-32页 |
| ·DNA 的组成与分子结构 | 第22-25页 |
| ·DNA 的分子结构 | 第22页 |
| ·DNA 的各级结构 | 第22-25页 |
| ·遗传密码及其性质 | 第25-27页 |
| ·遗传密码 | 第25-26页 |
| ·遗传密码主要性质 | 第26-27页 |
| ·生物信息传递过程 | 第27-28页 |
| ·中心法则(Genetic Central Dogma) | 第28-29页 |
| ·突变 | 第29-30页 |
| ·本章小结 | 第30-32页 |
| 3 通信编码理论背景知识概述 | 第32-42页 |
| ·数字通信系统的模型 | 第32-33页 |
| ·纠错编码（信道编码） | 第33-38页 |
| ·纠错编码基本原理 | 第33-35页 |
| ·纠错编码分类 | 第35页 |
| ·分组码 | 第35-37页 |
| ·卷积码 | 第37-38页 |
| ·信道编码定理 | 第38-39页 |
| ·本章小结 | 第39-42页 |
| 4 基于纠错编码理论的序列分析模型的设计 | 第42-58页 |
| ·用于分析的模型 | 第42-47页 |
| ·相关分析模型 | 第42-45页 |
| ·现阶段基于纠错编码理论的应用 | 第45-47页 |
| ·分析模型的设计 | 第47-55页 |
| ·序列的各种信号表达方法 | 第48-50页 |
| ·基本信息单元 | 第50页 |
| ·密码子上下文关联 | 第50-51页 |
| ·长程相关性与短程关联优势 | 第51-52页 |
| ·序列运算——分组码模型 | 第52-53页 |
| ·序列运算——卷积码模型 | 第53-55页 |
| ·本章小结 | 第55-58页 |
| 5 基于纠错编码理论的序列分析研究 | 第58-100页 |
| ·分析序列的选取与获得 | 第58-66页 |
| ·数据库 | 第58-59页 |
| ·选取分析对象——模式生物 | 第59-61页 |
| ·选取分析对象——分类学知识初步 | 第61-63页 |
| ·选取分析对象——GC 含量 | 第63-65页 |
| ·ORF 分析软件 | 第65页 |
| ·小结 | 第65-66页 |
| ·利用分组码模型分析 | 第66-73页 |
| ·分组码模型下序列分析的算法 | 第66-68页 |
| ·分组码模型下的序列分析 | 第68-72页 |
| ·分组码模型分析方法小结 | 第72-73页 |
| ·利用卷积码模型分析 | 第73-81页 |
| ·卷积码模型下序列分析的算法 | 第73-74页 |
| ·卷积码模型下的序列分析 | 第74-80页 |
| ·卷积码模型分析方法小结 | 第80-81页 |
| ·基于短程关联优势的卷积码模型分析 | 第81-87页 |
| ·算法 | 第81页 |
| ·基于短程关联优势的几种卷积码模型对比分析 | 第81-87页 |
| ·基于短程关联优势的卷积码模型分析小结 | 第87页 |
| ·利用卷积码模型进行相似性分析 | 第87-97页 |
| ·相似性分析的概述 | 第87-88页 |
| ·基于卷积码模型的遗传序列相似性分析 | 第88-96页 |
| ·基于卷积码模型的相似性分析小结 | 第96-97页 |
| ·本章小结 | 第97-100页 |
| 6 总结与展望 | 第100-104页 |
| ·主要研究内容与结论 | 第100页 |
| ·未来研究展望 | 第100-104页 |
| 致谢 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-116页 |
| 附录 | 第116-117页 |
| A. 作者在攻读学位期间发表的论文目录 | 第116-117页 |
| B. 作者在攻读学位期间参与的科研项目 | 第117页 |