| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 缩略词 | 第14-16页 |
| 引言 | 第16-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-40页 |
| 1 植物转座子研究进展 | 第18-22页 |
| ·转座子的基本特性 | 第18-21页 |
| ·转座子的分类和结构 | 第18-20页 |
| ·转座子的转座机制 | 第20-21页 |
| ·影响转座子表达的因素 | 第21-22页 |
| ·转座子的应用 | 第22页 |
| ·构建突变体库 | 第22页 |
| ·利用转座子标签法分离基因 | 第22页 |
| 2 植物逆转座子研究进展 | 第22-39页 |
| ·逆转座子的分类 | 第23-24页 |
| ·逆转座子的分布 | 第24-25页 |
| ·逆转座子在植物界的分布 | 第24页 |
| ·逆转座子在植物基因组中的分布 | 第24-25页 |
| ·逆转座子的特性 | 第25-28页 |
| ·逆转座子的异质性 | 第25页 |
| ·逆转座子的高拷贝性 | 第25-27页 |
| ·逆转座子的传递 | 第27-28页 |
| ·逆转座子的转座活性 | 第28-30页 |
| ·逆转座子的转座机制 | 第30-32页 |
| ·LTR类逆转座子的转座机制 | 第30-31页 |
| ·non-LTR类逆转座子的转座机制 | 第31-32页 |
| ·逆转座子与基因变异 | 第32-33页 |
| ·基于逆转座子的分子标记及其原理 | 第33-37页 |
| ·基于逆转座子的分子标记的应用 | 第37-38页 |
| ·生物多样性与系统进化分析 | 第37-38页 |
| ·构建遗传图谱与基因连锁 | 第38页 |
| ·品种鉴定 | 第38页 |
| ·逆转座子在基因标签及基因功能分析中的应用 | 第38-39页 |
| 3 展望 | 第39-40页 |
| 第二章 果梅休眠枝韧皮部基因组DNA的提取 | 第40-48页 |
| 1 材料与方法 | 第40-43页 |
| ·材料 | 第40-41页 |
| ·主要试剂及仪器 | 第41页 |
| ·提取方法及步骤 | 第41-42页 |
| ·休眠枝韧皮部DNA提取方法 | 第41-42页 |
| ·幼叶DNA提取方法 | 第42页 |
| ·DNA检测 | 第42-43页 |
| ·DNA纯度和产率检测 | 第42页 |
| ·DNA的完整性检测 | 第42-43页 |
| ·SSAP验证 | 第43页 |
| 2 结果与分析 | 第43-45页 |
| ·样品DNA纯度及产率 | 第43页 |
| ·韧皮组织与相应幼叶DNA的电泳检测 | 第43-45页 |
| 3 讨论 | 第45-48页 |
| 第三章 果梅中Ty1-copia和Ty3-gypsy类逆转座子RT克隆与分析 | 第48-82页 |
| 1 材料与方法 | 第49-57页 |
| ·植物材料和核酸的提取 | 第49-50页 |
| ·植物材料的准备和DNA提取 | 第49页 |
| ·植物材料的准备和RNA提取 | 第49-50页 |
| ·cDNA第一链的合成 | 第50页 |
| ·PCR反应 | 第50-52页 |
| ·PCR产物的检测与回收 | 第51-52页 |
| ·回收片段的检测及与PGEM-T-Easy载体(Promega)的连接 | 第52页 |
| ·转化克隆 | 第52页 |
| ·LTR类逆转座子逆转录酶保守序列的测序 | 第52页 |
| ·序列分析 | 第52-54页 |
| ·Southern点杂交分析 | 第54-57页 |
| ·DNA斑点印记 | 第54页 |
| ·DNA交联 | 第54页 |
| ·杂交探针的制备及灵敏度检测 | 第54-56页 |
| ·杂交显影 | 第56-57页 |
| 2 结果与分析 | 第57-78页 |
| ·RNA与DNA检测 | 第57-58页 |
| ·果梅LTR类逆转座子RT序列的克隆 | 第58-59页 |
| ·果梅基因组中LTR类逆转座子RT片段PCR检测 | 第58页 |
| ·果梅叶片中有活性的LTR类逆转座子的诱导 | 第58-59页 |
| ·LTR类逆转座子逆转录酶保守序列分析 | 第59-76页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子逆转录酶保守序列分析 | 第59-67页 |
| ·Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶保守序列分析 | 第67-76页 |
| ·同义突变率和非同义突变率分析 | 第76页 |
| ·果梅基因中LTR类逆转座子的拷贝数鉴定 | 第76-78页 |
| ·用于标记探针的PCR特异片段的浓度和完整性检测 | 第76-77页 |
| ·探针标记的灵敏度检测 | 第77页 |
| ·Southern斑点杂交结果与拷贝数计算 | 第77-78页 |
| ·果梅LTR类逆转座子逆转录酶保守片段核苷酸序列登录号 | 第78页 |
| 3 讨论 | 第78-82页 |
| 第四章 果梅Ty1-copia类逆转座子RNase H-LTR序列的克隆与分析 | 第82-98页 |
| 1 材料与方法 | 第82-87页 |
| ·植物材料 | 第82-83页 |
| ·主要的试剂及仪器 | 第83页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子LTR克隆 | 第83-86页 |
| ·接头及引物序列 | 第83页 |
| ·PCR模板制备 | 第83-84页 |
| ·DNA提取 | 第83页 |
| ·果梅和桃基因组酶切 | 第83-84页 |
| ·接头制备 | 第84页 |
| ·酶切产物连接 | 第84页 |
| ·RNase-LTR序列PCR扩增 | 第84-86页 |
| ·RNase H-LTR克隆方法的验证分析 | 第86-87页 |
| ·桃基因组DNA提取、浓度及完整性检测 | 第86页 |
| ·桃基因RNase H-LTR克隆 | 第86-87页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子LTR的序列分析 | 第87页 |
| 2 结果与分析 | 第87-92页 |
| ·模板的制备及克隆 | 第87-88页 |
| ·模板制备 | 第87页 |
| ·克隆 | 第87-88页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子RNase H-LTR序列分析 | 第88-91页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子RNase H 3'端氨基酸序列分析 | 第88-90页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子RNase H 3'端氨基酸序列聚类分析 | 第90页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子PPT和3'端LTR起始位点特性分析 | 第90-91页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子LTR序列中的启动子结构与调控元件 | 第91-92页 |
| 3 讨论 | 第92-98页 |
| ·LTR克隆方法的改进 | 第92-93页 |
| ·果梅及桃中RNase H及LTR序列的异质性 | 第93页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子的转座活性与基因组的可塑性 | 第93-94页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子LTRs内的启动子结构与调控元件 | 第94-98页 |
| 第五章 果梅品种遗传多样性的SSAP分析 | 第98-120页 |
| 1 材料与方法 | 第99-106页 |
| ·植物材料 | 第99-100页 |
| ·实验方法 | 第100-106页 |
| ·模板DNA的制备 | 第100-101页 |
| ·DNA的检测与定量 | 第101页 |
| ·基因组DNA酶切 | 第101页 |
| ·接头制备 | 第101-102页 |
| ·连接反应 | 第102页 |
| ·预扩增 | 第102-103页 |
| ·选择性扩增 | 第103-104页 |
| ·扩增产物的检测 | 第104-106页 |
| ·统计分析 | 第106页 |
| 2 结果与分析 | 第106-117页 |
| ·基因组DNA的制备 | 第106页 |
| ·基因组酶切 | 第106-107页 |
| ·预扩增 | 第107页 |
| ·引物退火温度确定 | 第107-108页 |
| ·不同引物组合对PCR扩增的影响 | 第108-109页 |
| ·LTR引物选择性碱基个数的确定 | 第109-110页 |
| ·品种群体遗传多样性 | 第110-113页 |
| ·SSAP用于果梅遗传多样性分析 | 第113-114页 |
| ·不同来源地果梅群体间的遗传距离、遗传一致性和聚类分析 | 第114-116页 |
| ·SSAP标记所反映的果梅群体遗传结构 | 第116-117页 |
| 3 讨论 | 第117-120页 |
| 全文结论 | 第120-122页 |
| 创新点 | 第122-124页 |
| 参考文献 | 第124-140页 |
| 附录 | 第140-170页 |
| 攻读博士期间发表论文 | 第170-172页 |
| 致谢 | 第172页 |
