| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 背景 | 第10-12页 |
| 1.2 研究现状及发展态势 | 第12-15页 |
| 1.3 结论 | 第15页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第15-16页 |
| 第二章 双序列联配 | 第16-34页 |
| 2.1 双序列联研究现状、定义及基本问题 | 第16-18页 |
| 2.1.1 双序列联研究现状 | 第16-17页 |
| 2.1.2 双序列联配定义 | 第17页 |
| 2.1.3 双序列联配基本问题 | 第17-18页 |
| 2.2 Needleman和Wunsch的全局联配算法 | 第18-19页 |
| 2.3 Hirschberg的线性空间算法 | 第19-23页 |
| 2.3.1 Hirschberg算法基本思想 | 第19-21页 |
| 2.3.2 Hirschberg算法 | 第21-23页 |
| 2.4 双序列仿射空位罚分联配算法 | 第23-24页 |
| 2.5 在插入空格数k约束条件下的动态规划算法 | 第24-26页 |
| 2.5.1 算法思想 | 第24-25页 |
| 2.5.2 算法 | 第25-26页 |
| 2.6 在插入空格数k约束条件下的线性空间算法 | 第26-28页 |
| 2.7 在插缺数k限制下的双序列仿射空位罚分联配算法 | 第28-29页 |
| 2.8 实验结果 | 第29-32页 |
| 2.9 本章小结 | 第32-34页 |
| 第三章 三条序列联配 | 第34-49页 |
| 3.1 三条序列联研究现状、定义及基本问题 | 第34-36页 |
| 3.1.1 三条序列联研究现状 | 第34-35页 |
| 3.1.2 三条序列联配定义 | 第35页 |
| 3.1.3 三条序列联配基本问题 | 第35-36页 |
| 3.2 三条序列联配经典动态规划算法 | 第36-37页 |
| 3.3 三条序列仿射罚分联配动态规划算法 | 第37-39页 |
| 3.4 在插入空格数k约束条件下的三条序列联配动态规划算法 | 第39-44页 |
| 3.4.1 算法思想 | 第39-42页 |
| 3.4.2 算法 | 第42-44页 |
| 3.5 在插入空格数k约束条件下三条序列仿射空位罚分联配算法 | 第44-47页 |
| 3.6 本章小结 | 第47-49页 |
| 第四章 基于双序列联配的快速多序列联配算法研究 | 第49-61页 |
| 4.1 多序列联配问题启发式算法研究现状 | 第49-50页 |
| 4.2 基于双序列联配的算法思想 | 第50-52页 |
| 4.3 随机联配算法及结果 | 第52-54页 |
| 4.3.1 随机联配算法 | 第52-53页 |
| 4.3.2 随机联配结果 | 第53-54页 |
| 4.4 星联配算法 | 第54-55页 |
| 4.5 一种贪心策略的多序列联配算法 | 第55-58页 |
| 4.5.1 一种贪心策略的多序列联配算法思想 | 第56-57页 |
| 4.5.2 一种贪心策略的多序列联配算法 | 第57-58页 |
| 4.6 实验结果 | 第58-59页 |
| 4.7 本章小结 | 第59-61页 |
| 第五章 序列二级结构联配 | 第61-71页 |
| 5.1 序列二级结构联配研究现状、定义及基本问题 | 第61-65页 |
| 5.1.1 序列二级结构联配研究现状 | 第61页 |
| 5.1.2 序列二级结构联配定义 | 第61-64页 |
| 5.1.3 序列二级结构联配基本问题 | 第64-65页 |
| 5.2 序列二级结构联配算法 | 第65-67页 |
| 5.3 在约束条件下的序列二级结构联配算法 | 第67-70页 |
| 5.4 本章小结 | 第70-71页 |
| 第六章 全文总结与展望 | 第71-74页 |
| 6.1 全文总结 | 第71-73页 |
| 6.2 后续工作展望 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-79页 |
