| 论文创新点 | 第5-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| ABSTRACT | 第11-12页 |
| 第一章 前言 | 第13-29页 |
| 1.1 表观遗传学概述 | 第13页 |
| 1.2 染色质的结构 | 第13-15页 |
| 1.3 癌症的发生 | 第15-16页 |
| 1.4 癌症的表观遗传学 | 第16页 |
| 1.5 DNA甲基化修饰与癌症发生 | 第16-19页 |
| 1.6 组蛋白乙酰化修饰与癌症发生 | 第19-21页 |
| 1.7 组蛋白甲基化修饰与癌症发生 | 第21-24页 |
| 1.8 非编码RNA与癌症发生 | 第24-25页 |
| 1.9 高通量测序技术 | 第25-27页 |
| 1.10 本课题研究的意义 | 第27-28页 |
| 1.11 本研究的思路 | 第28-29页 |
| 第二章 实验材料和方法 | 第29-42页 |
| 2.1 实验材料 | 第29-31页 |
| 2.1.1 无机试剂 | 第29页 |
| 2.1.2 有机试剂 | 第29页 |
| 2.1.3 实验耗材 | 第29页 |
| 2.1.4 仪器设备 | 第29-30页 |
| 2.1.5 试剂盒 | 第30页 |
| 2.1.6 溶液和培养基 | 第30-31页 |
| 2.2 实验方法 | 第31-39页 |
| 2.2.1 总RNA的提取 | 第31-32页 |
| 2.2.2 逆转录合成cDNA | 第32页 |
| 2.2.3 mRNA的纯化和双链cDNA合成 | 第32-34页 |
| 2.2.4 RNA-Seq文库构建 | 第34-36页 |
| 2.2.5 酶切法ChIP实验操作步骤 | 第36-37页 |
| 2.2.6 超声法ChIP实验操作步骤 | 第37页 |
| 2.2.7 ChIP-Seq文库构建 | 第37-39页 |
| 2.3 数据分析流程 | 第39-42页 |
| 2.3.1 硬件和操作系统 | 第39-40页 |
| 2.3.2 RNA-Seq数据分析 | 第40页 |
| 2.3.3 ChIP-Seq数据分析 | 第40-42页 |
| 第三章 乳腺癌发生过程中表观遗传修饰的动态变化 | 第42-70页 |
| 3.1. 研究背景 | 第42-48页 |
| 3.1.1 乳腺癌概述 | 第42-44页 |
| 3.1.2 DNA甲基化与乳腺癌 | 第44页 |
| 3.1.3 组蛋白乙酰化修饰与乳腺癌 | 第44-46页 |
| 3.1.4 组蛋白甲基化修饰与乳腺癌 | 第46-47页 |
| 3.1.5 乳腺癌转化的细胞模型 | 第47-48页 |
| 3.2. 材料和方法 | 第48-50页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第48-49页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第49-50页 |
| 3.3. 结果与讨论 | 第50-69页 |
| 3.3.1 乳腺癌转化模型的构建 | 第50-51页 |
| 3.3.2 RNA-Seq差异基因分析 | 第51-52页 |
| 3.3.3 RNA-Seq差异表达基因功能分析 | 第52-53页 |
| 3.3.4 差异表达的癌基因和抑癌基因 | 第53-54页 |
| 3.3.5 细胞模型与TCGA数据库乳腺癌样本比较 | 第54-57页 |
| 3.3.6 乳腺癌转化过程中表观修饰筛选 | 第57-58页 |
| 3.3.7 H3K9me2全基因水平的分布 | 第58-59页 |
| 3.3.8 全基因水平H3K9me2降低 | 第59-60页 |
| 3.3.9 H3K9me2 LOCKs区域的变化 | 第60-62页 |
| 3.3.10 H3K9me3全基因组分布 | 第62-63页 |
| 3.3.11 H3K9me3呈现降低的趋势 | 第63-65页 |
| 3.3.12 去甲基化酶KDM3A在乳腺癌中高表达 | 第65页 |
| 3.3.13 KDM3A调控了癌症相关基因上H3K9me2的修饰 | 第65-67页 |
| 3.3.14 KDM3A调控了癌症相关基因的表达 | 第67-69页 |
| 3.4. 本章小结 | 第69-70页 |
| 第四章 肾癌发生过程中表观遗传修饰的改变 | 第70-85页 |
| 4.1. 研究背景 | 第70-72页 |
| 4.1.1 mRNA的可变剪接 | 第70-71页 |
| 4.1.2 H3K36me3与mRNA的可变剪接 | 第71页 |
| 4.1.3 SETD2与肾癌发生 | 第71-72页 |
| 4.2. 材料与方法 | 第72-73页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第72-73页 |
| 4.2.2 实验方法 | 第73页 |
| 4.3. 结果与讨论 | 第73-84页 |
| 4.3.1 SPOP可以调控SETD2的稳定性 | 第74页 |
| 4.3.2 H3K36me3 ChIP-Seq结果质控和比对 | 第74页 |
| 4.3.3 ChIP-Seq两次测序相关性分析 | 第74-76页 |
| 4.3.4 H3K36me3在基因组上的分布 | 第76-77页 |
| 4.3.5 H3K36me3靶基因分析 | 第77-78页 |
| 4.3.6 SPOP和SETD2敲低之后H3K36me3改变的靶基因 | 第78-79页 |
| 4.3.7 SPOP特异性调控靶基因分析 | 第79-81页 |
| 4.3.8 RNA-Seq测序数据质控和比对 | 第81页 |
| 4.3.9 RNA-Seq差异基因数目 | 第81-82页 |
| 4.3.10 RNA-Seq差异表达基因功能分析 | 第82-83页 |
| 4.3.11 RNA-Seq可变剪接分析 | 第83-84页 |
| 4.4. 本章小结 | 第84-85页 |
| 第五章 总结与讨论 | 第85-89页 |
| 参考文献 | 第89-97页 |
| 攻读博士期间发表的科研成果目录 | 第97-98页 |
| 致谢 | 第98页 |
