| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-21页 |
| ·群体遗传学研究的问题 | 第11-12页 |
| ·研究背景和回顾 | 第12-17页 |
| ·马氏过程在癌症遗传学中的应用 | 第12-14页 |
| ·马氏过程在贝叶斯系统发育分析中的应用 | 第14-15页 |
| ·马氏链在群体遗传中的应用 | 第15-17页 |
| ·群体遗传学中的常用软件 | 第17-18页 |
| ·本文的结构安排 | 第18-21页 |
| 第二章 预备知识 | 第21-39页 |
| ·马氏过程 | 第21-24页 |
| ·马氏过程和Q过程 | 第21-23页 |
| ·不变分布与收敛速度 | 第23-24页 |
| ·核苷酸替代的马氏模型 | 第24-28页 |
| ·JC 69模型 | 第25-26页 |
| ·K80模型 | 第26-27页 |
| ·位点间可变替换率的模型 | 第27-28页 |
| ·Wright-Fisher模型,Moran模型和Kingman溯祖 | 第28-32页 |
| ·Wright-Fisher模型 | 第28-29页 |
| ·Moran模型 | 第29-30页 |
| ·溯祖理论 | 第30-32页 |
| ·贝叶斯方法 | 第32-34页 |
| ·贝叶斯范式 | 第32-33页 |
| ·贝叶斯系统发育分析 | 第33-34页 |
| ·极大似然方法 | 第34-35页 |
| ·马尔科夫链蒙特卡洛方法 | 第35-39页 |
| 第三章 细胞群体癌症等待时间 | 第39-53页 |
| ·背景及问题 | 第39-40页 |
| ·细胞群体的化学反应系统近似 | 第40-42页 |
| ·算法 | 第42-47页 |
| ·精确算法 | 第42-43页 |
| ·τ-leaping算法 | 第43页 |
| ·混合算法 | 第43-45页 |
| ·精度比较 | 第45-47页 |
| ·效率比较 | 第47页 |
| ·模型改进：可变群体大小的Moran模型 | 第47-49页 |
| ·基因层进 | 第49-53页 |
| 第四章 尾部悖论,部分可识别性和贝叶斯枝长推断中的先验影响 | 第53-74页 |
| ·背景及问题 | 第53-54页 |
| ·尾部悖论 | 第54-59页 |
| ·重尾,轻尾,胖尾和几何收敛 | 第54-56页 |
| ·轻尾和重尾后验及MCMC收敛 | 第56-59页 |
| ·枝长的先验及其对树长的影响 | 第59-64页 |
| ·组合狄利克雷先验 | 第64-67页 |
| ·模型的部分可识别性和位点间可变速率 | 第67-69页 |
| 讨论 | 第69-74页 |
| 第五章 三个物种的Isolation-with-Mingration模型的基因流的测试 | 第74-95页 |
| ·背景及问题 | 第74-75页 |
| ·数学模型 | 第75-86页 |
| ·三个物种的一个IM模型和它的马氏链描述 | 第75-77页 |
| ·基因系谱的概率分布 | 第77-80页 |
| ·似然函数的计算 | 第80-82页 |
| ·SIM3s模型的不可识别性 | 第82-83页 |
| ·数值积分,极大似然估计和实施 | 第83-84页 |
| ·SIM3s模型的更多特征 | 第84-86页 |
| ·数据分析 | 第86-90页 |
| ·模拟数据的分析 | 第86-89页 |
| ·古猿数据的分析 | 第89-90页 |
| ·关于不可识别性的讨论 | 第90-95页 |
| 总结与展望 | 第95-99页 |
| 参考文献 | 第99-109页 |
| 个人简历、在学期间的研究成果 | 第109-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
