| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略词表(Abbreviations) | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第12-21页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第12页 |
| 1.2 猪舍中氨的产生及危害 | 第12-13页 |
| 1.3 不同浓度氨气对呼吸道和肝脏的影响 | 第13-15页 |
| 1.4 转录组测序技术的发展及研究手段 | 第15-18页 |
| 1.5 转录组中非编码RNA的研究进展 | 第18-19页 |
| 1.6 转录组测序在氨气刺激模型中的应用 | 第19-20页 |
| 1.7 研究的目的和意义 | 第20-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-28页 |
| 2.1 材料 | 第21-22页 |
| 2.1.1 试验猪群及饲用饲料 | 第21页 |
| 2.1.2 试验仔猪组织样品 | 第21页 |
| 2.1.3 试剂及其它耗材 | 第21页 |
| 2.1.4 生物信息学软件、数据库 | 第21-22页 |
| 2.2 方法 | 第22-28页 |
| 2.2.1 本研究的技术路线 | 第22页 |
| 2.2.2 氨气刺激及组织样品采集 | 第22-23页 |
| 2.2.3 组织样总RNA抽提及质量检测 | 第23-24页 |
| 2.2.4 文库构建及转录组测序 | 第24-25页 |
| 2.2.5 测序数据处理与分析 | 第25-28页 |
| 3 结果 | 第28-57页 |
| 3.1 测序数据统计 | 第28-30页 |
| 3.1.1 测序数据产出及质量统计 | 第28-29页 |
| 3.1.2 读长比对统计 | 第29页 |
| 3.1.3 基因表达量统计 | 第29-30页 |
| 3.1.4 测序样品相关性检查 | 第30页 |
| 3.2 差异表达基因鉴定 | 第30-31页 |
| 3.3 肺和鼻黏膜差异基因功能分析 | 第31-41页 |
| 3.3.1 差异基因聚类 | 第31-33页 |
| 3.3.2 差异基因表达模式 | 第33-37页 |
| 3.3.3 KEGG和GO富集 | 第37-41页 |
| 3.4 肝脏差异基因功能分析 | 第41-49页 |
| 3.4.1 KEGG和GO富集 | 第41-46页 |
| 3.4.2 差异表达基因蛋白互作 | 第46-47页 |
| 3.4.3 Top 60 差异表达基因和差异TFs间的互作 | 第47-49页 |
| 3.5 WGCNA整合分析mRNA和lincRNA | 第49-55页 |
| 3.5.1 LincRNA鉴定及特征分析 | 第49-51页 |
| 3.5.2 LincRNA和mRNA定量及筛选 | 第51-52页 |
| 3.5.3 WGCNA构建模块 | 第52-53页 |
| 3.5.4 模块功能注释 | 第53-55页 |
| 3.6 差异可变剪接鉴定 | 第55-57页 |
| 4 讨论 | 第57-70页 |
| 4.1 呼吸道、肝脏转录谱变化 | 第57-66页 |
| 4.1.1 肺转录谱变化 | 第57-60页 |
| 4.1.2 鼻黏膜转录谱变化 | 第60-64页 |
| 4.1.3 肝脏转录谱变化 | 第64-66页 |
| 4.2 差异可变剪接功能分析 | 第66-68页 |
| 4.3 整合分析发现新的调控因子 | 第68-70页 |
| 5 小结 | 第70-71页 |
| 5.1 本研究的主要结论 | 第70页 |
| 5.2 本研究的创新点 | 第70页 |
| 5.3 本研究的不足之处与下一步工作计划 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-85页 |
| 附录 | 第85-89页 |
| 致谢 | 第89页 |