| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 1 文献综述 | 第12-23页 |
| 1.1 比较基因组学 | 第12-23页 |
| 1.1.1 比较基因组学发展历史 | 第12-14页 |
| 1.1.2 比较基因组学应用领域 | 第14-18页 |
| 1.1.2.1 进化与系统发育分析 | 第14-16页 |
| 1.1.2.2 基因组注释 | 第16页 |
| 1.1.2.3 基因组序列拼装 | 第16-17页 |
| 1.1.2.4 农业生产 | 第17页 |
| 1.1.2.5 医药卫生 | 第17-18页 |
| 1.1.3 比较基因组学常用序列比对方法与工具 | 第18-19页 |
| 1.1.3.1 ClustalW | 第18页 |
| 1.1.3.2 Blast | 第18页 |
| 1.1.3.3 Blat | 第18-19页 |
| 1.1.3.4 MUMmer | 第19页 |
| 1.1.3.5 SyMAP | 第19页 |
| 1.1.4 基因组文库及在比较基因组学上的应用 | 第19-21页 |
| 1.1.5 细菌比较基因组学 | 第21-23页 |
| 1.1.5.1 基因水平转移与细菌比较基因组学 | 第21页 |
| 1.1.5.2 细菌泛基因组与核心基因组 | 第21-23页 |
| 2 睾丸酮丛毛单胞菌Comamonas testosteroni基因组序列及比较基因组学分析 | 第23-58页 |
| 2.1 研究背景 | 第23-25页 |
| 2.2 材料和方法 | 第25-31页 |
| 2.2.1 C. testosteroni及相关菌株的基因组分析 | 第25-27页 |
| 2.2.2 全基因组比对 | 第27-28页 |
| 2.2.3 同源聚类分析 | 第28页 |
| 2.2.4 菌株全基因组及特有基因COG注释 | 第28页 |
| 2.2.5 系统进化分析 | 第28-29页 |
| 2.2.6 十一个C. testosteroni菌株主要生理生化特征分析 | 第29页 |
| 2.2.7 基于基因组序列的代谢通路分析 | 第29-30页 |
| 2.2.8 重金属及药物抗性相关基因识别及分析 | 第30页 |
| 2.2.9 硝酸还原，睾丸酮降解及芳香族化合物降解相关基因识别及分析 | 第30-31页 |
| 2.2.10 致病因子识别 | 第31页 |
| 2.3 结果 | 第31-54页 |
| 2.3.1 基因组测序结果及C. testosteroni菌株的序列特征 | 第31-33页 |
| 2.3.2 C. testosteroni基因组序列同线性 | 第33-34页 |
| 2.3.3 C. testosteroni同源蛋白家族 | 第34-35页 |
| 2.3.4 C. testosteroni泛基因组变化趋势 | 第35-36页 |
| 2.3.5 C. testosteroni全基因组及特有基因COG功能分布 | 第36-38页 |
| 2.3.6 系统发育 | 第38-40页 |
| 2.3.7 基因组与环境因素间关系 | 第40-43页 |
| 2.3.8 C. testosteroni菌株表型与基因型间关联性 | 第43-44页 |
| 2.3.9 C. testosteroni的重要基因型 | 第44-53页 |
| 2.3.9.1 在C. testosteroni菌株以及其他Comamonadacea科菌株基因组中发现高度保守的硝酸/亚硝酸还原基因簇 | 第44-45页 |
| 2.3.9.2 在C. testosteroni基因组中己糖磷酸化关键基因缺失 | 第45-47页 |
| 2.3.9.3 C. testosteroni的类固醇及芳香族化合物利用的分子基础 | 第47-49页 |
| 2.3.9.4 药物及重金属抗性相关基因 | 第49-53页 |
| 2.3.9.5 C. testosteroni重点基因型与核心基因组的进化关系 | 第53页 |
| 2.3.10 致病因子 | 第53-54页 |
| 2.4 讨论 | 第54-58页 |
| 3 溶杆菌属基因组比较分析 | 第58-67页 |
| 3.1 研究背景 | 第58-59页 |
| 3.2 材料方法 | 第59-60页 |
| 3.2.1 Lysobacter菌株基因组序列获得与注释 | 第59页 |
| 3.2.2 全基因组序列比对 | 第59页 |
| 3.2.3 同源蛋白聚类分析 | 第59-60页 |
| 3.2.4 Lysobacter菌株全基因组及特有基因COG注释 | 第60页 |
| 3.2.5 系统进化分析 | 第60页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第60-66页 |
| 3.3.1 Lysobacter基因组基本信息及注释结果 | 第60-61页 |
| 3.3.2 基因组序列同线性 | 第61页 |
| 3.3.3 同源蛋白家族 | 第61-63页 |
| 3.3.4 Lysobacter属各菌株全基因组及特有基因COG注释 | 第63-65页 |
| 3.3.5 系统发育 | 第65-66页 |
| 3.4 总结 | 第66-67页 |
| 4 玉米B73 BIBAC文库克隆末端测序及其在参考序列上定位方法探索 | 第67-76页 |
| 4.1 前言 | 第67-68页 |
| 4.2 材料和方法 | 第68-70页 |
| 4.2.1 文库材料 | 第68页 |
| 4.2.2 末端测序 | 第68页 |
| 4.2.3 利用末端序列对玉米B73 BIBAC克隆在参考序列上的定位 | 第68-69页 |
| 4.2.4 BIBAC指纹分析 | 第69页 |
| 4.2.5 利用指纹图谱信息对定位在多位点的克隆进一步精确定位 | 第69-70页 |
| 4.3 结果 | 第70-74页 |
| 4.3.1 BIBAC末端序列 | 第70-72页 |
| 4.3.2 BIBAC末端序列与B73 参考序列比对及定位 | 第72-73页 |
| 4.3.3 利用指纹图谱对BIBAC克隆定位结果进行筛选结果 | 第73-74页 |
| 4.4 讨论 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-90页 |
| 附录 | 第90-103页 |
| 作者简介 | 第103-104页 |
| 致谢 | 第104-105页 |
