| 摘要 | 第2-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 符号说明 | 第16-17页 |
| 第一部分 文献综述 | 第17-50页 |
| 综述一 禽类衣原体病的流行病学研究 | 第17-28页 |
| 综述二 衣原体基因组学研究进展 | 第28-34页 |
| 参考文献 | 第34-50页 |
| 第二部分 研究内容 | 第50-175页 |
| 第一章 检测11个衣原体种FRET-qPCR方法的建立 | 第50-63页 |
| 1 材料与方法 | 第52-58页 |
| 1.1 材料 | 第52-53页 |
| 1.2 方法 | 第53-58页 |
| 2 结果 | 第58-59页 |
| 2.1 FRET-qPCR方法特异性的判定结果 | 第58-59页 |
| 2.2 FRET-qPCR方法灵敏度的判定结果 | 第59页 |
| 3 讨论 | 第59-60页 |
| 4 参考文献 | 第60-63页 |
| 第二章 中国禽类衣原体多样性研究 | 第63-82页 |
| 1 材料与方法 | 第66-68页 |
| 1.1 材料 | 第66页 |
| 1.2 方法 | 第66-68页 |
| 2 结果 | 第68-79页 |
| 2.1 禽类衣原体阳性率的统计结果 | 第68页 |
| 2.2 衣原体在不同拭子中的流行率 | 第68-75页 |
| 2.3 禽类感染衣原体的多样性分析 | 第75-76页 |
| 2.4 禽类感染衣原体的进化树分析 | 第76-79页 |
| 3 讨论 | 第79-80页 |
| 4 参考文献 | 第80-82页 |
| 第三章 三黄鸡自然感染衣原体的动态监测 | 第82-92页 |
| 1 材料与方法 | 第85-86页 |
| 1.1 材料 | 第85页 |
| 1.2 方法 | 第85-86页 |
| 2 结果 | 第86-89页 |
| 2.1 三黄鸡自然感染衣原体的动态监测结果 | 第86-88页 |
| 2.2 自然感染鸡体内C.gallinacea的分布 | 第88-89页 |
| 3 讨论 | 第89-90页 |
| 4 参考文献 | 第90-92页 |
| 第四章 Chlamydia gallinacea的分离鉴定及ompA基因的多态性分析 | 第92-104页 |
| 1 材料与方法 | 第95-96页 |
| 1.1 材料 | 第95页 |
| 1.2 方法 | 第95-96页 |
| 2 结果 | 第96-100页 |
| 2.1 C. gallinacea的分离结果 | 第96页 |
| 2.2 C. gallinacea的ompA基因多态性分析 | 第96-100页 |
| 3 讨论 | 第100-101页 |
| 4 参考文献 | 第101-104页 |
| 第五章 Chlamydia gallinacea对鸡胚致病性和肉鸡增重的影响 | 第104-114页 |
| 1 材料与方法 | 第106-108页 |
| 1.1 材料 | 第106-107页 |
| 1.2 方法 | 第107-108页 |
| 2 结果 | 第108-110页 |
| 2.1 C.gallinacea感染鸡胚试验结果 | 第108-109页 |
| 2.2 C.gallinacea对肉鸡增重的影响 | 第109-110页 |
| 3 讨论 | 第110-111页 |
| 4 参考文献 | 第111-114页 |
| 第六章 Chlamydia gallinacea JX-1株的全基因组测序及比较基因组学分析 | 第114-175页 |
| 1 材料与方法 | 第117-123页 |
| 1.1 材料 | 第117页 |
| 1.2 方法 | 第117-123页 |
| 2 结果 | 第123-168页 |
| 2.1 全基因组测序结果 | 第123-127页 |
| 2.2 基因功能分析结果 | 第127-139页 |
| 2.3 比较基因组学分析 | 第139-168页 |
| 3 讨论 | 第168-169页 |
| 3.1 基因组结构分析 | 第168页 |
| 3.2 基因组功能分析 | 第168-169页 |
| 3.3 比较基因组学分析 | 第169页 |
| 4 参考文献 | 第169-175页 |
| 全文总结 | 第175-176页 |
| 创新点 | 第176-177页 |
| 致谢 | 第177-178页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文及发明专利目录 | 第178-179页 |
