| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-11页 |
| 第一部分 前言 | 第11-27页 |
| 1 线粒体DNA及其进化 | 第11-13页 |
| ·线粒体的半自主性 | 第11页 |
| ·线粒体的结构特征 | 第11-13页 |
| ·线粒体的进化 | 第13页 |
| 2 昆虫线粒体基因组的研究进展概况 | 第13-21页 |
| ·基因组学的相关概念简介 | 第13-14页 |
| ·节肢动物线粒体基因组的研究进展 | 第14页 |
| ·直翅目及其线粒体基因组概况 | 第14-21页 |
| 3.分子系统学研究方法 | 第21-23页 |
| ·DNA序列比对 | 第21页 |
| ·建树方法简介与比较 | 第21-22页 |
| ·数据组总体系统发育信号的检验 | 第22页 |
| ·进化树分支可靠性和置信度的检验 | 第22-23页 |
| 4 蟋蟀总科简介 | 第23-26页 |
| ·蟋蟀总科简介 | 第23页 |
| ·蟋蟀科简介 | 第23-24页 |
| ·本研究使用的标本介绍 | 第24-26页 |
| 5 研究的目的和意义 | 第26-27页 |
| 第二部分 材料与方法 | 第27-41页 |
| 1 实验材料 | 第27-30页 |
| ·标本的采集、保存与鉴定 | 第27页 |
| ·实验仪器和试剂 | 第27-30页 |
| 2 实验方法 | 第30-36页 |
| ·总DNA提取 | 第30-31页 |
| ·总DNA检测 | 第31页 |
| ·PCR引物设计及PCR扩增 | 第31-35页 |
| ·Sub-PCR扩增产物测序 | 第35-36页 |
| 3 序列编辑及校正 | 第36-38页 |
| ·测序结果的片段拼接 | 第37页 |
| ·线粒体基因组序列的基因定位与注释 | 第37页 |
| ·线粒体基因组基因组成情况的分析 | 第37页 |
| ·RNA的二级结构的预测 | 第37-38页 |
| 4 直翅目昆虫的线粒体系统发育分析 | 第38-41页 |
| ·序列数据来源 | 第38页 |
| ·序列比对 | 第38页 |
| ·序列组成分析 | 第38页 |
| ·数据组系统发育信号检验 | 第38-40页 |
| ·建树方法 | 第40-41页 |
| 第三部分 实验结果 | 第41-46页 |
| 1 基因组总DNA提纯 | 第41页 |
| 2 长PCR(L-PCR)扩增和纯化 | 第41-42页 |
| 3 二次PCR扩增和纯化 | 第42-43页 |
| 4 二次PCR产物测序 | 第43页 |
| 5 序列拼接 | 第43-46页 |
| 第四部分 银川油葫芦线粒体基因组 | 第46-58页 |
| 1 粒体基因组的结构组成及基本特征 | 第46-49页 |
| ·基因组结构化与基因顺序 | 第46-49页 |
| ·基因重叠区和基因间隔序列 | 第49页 |
| ·线粒体基因组核苷酸组成特征 | 第49页 |
| 2 线粒体基因组蛋白质基因 | 第49-53页 |
| ·蛋白质基因碱基组成偏向性 | 第49-51页 |
| ·蛋白质基因密码子的使用 | 第51-52页 |
| ·蛋白质基因氨基酸组成 | 第52-53页 |
| 3 tRNA基因 | 第53页 |
| 4 rRNA基因 | 第53-57页 |
| 5 控制区 | 第57-58页 |
| 第五部分 多伊棺头蟋线粒体基因组 | 第58-70页 |
| 1 粒体基因组的结构组成及基本特征 | 第58-61页 |
| ·基因组结构化与基因顺序 | 第58-61页 |
| ·基因重叠区和基因间隔序列 | 第61页 |
| ·线粒体基因组核苷酸组成特征 | 第61页 |
| 2 线粒体基因组蛋白质基因 | 第61-64页 |
| ·蛋白质基因碱基组成偏向性 | 第61-63页 |
| ·蛋白质基因密码子的使用 | 第63-64页 |
| ·蛋白质基因氨基酸组成 | 第64页 |
| 3 tRNA基因 | 第64-65页 |
| 4 rRNA基因 | 第65-69页 |
| 5 控制区 | 第69-70页 |
| 第六部分 系统发育构建结果分析和讨论 | 第70-103页 |
| 1 昆虫纲100种CO Ⅰ基因序列比对结果数据集组成分析 | 第70-75页 |
| ·100种昆虫CO Ⅰ基因数据的特征 | 第70页 |
| ·昆虫纲100种CO Ⅰ基因全序列组成及变异 | 第70-71页 |
| ·100种昆虫之间CO Ⅰ基因的遗传距离 | 第71-72页 |
| ·碱基替换饱和性分析 | 第72-75页 |
| ·100种昆虫数据集系统发育信号PTP检验 | 第75页 |
| ·g1检验 | 第75页 |
| 2 直翅目31种昆虫CO Ⅰ、CO Ⅱ、CO Ⅲ基因序列比对结果数据集组成分析 | 第75-81页 |
| ·CO Ⅰ、CO Ⅱ、CO Ⅲ基因实验数据的处理及序列比对 | 第75-76页 |
| ·CO Ⅰ、CO Ⅱ、CO Ⅲ基因全序列组成及变异 | 第76-77页 |
| ·CO Ⅰ、CO Ⅱ、CO Ⅲ遗传距离 | 第77页 |
| ·CO Ⅰ、CO Ⅱ、CO Ⅲ密码子使用情况 | 第77-78页 |
| ·CO Ⅰ、CO Ⅱ、CO Ⅲ以及联合数据集系统发育信号检验 | 第78-81页 |
| 3 构建系统发育树 | 第81-84页 |
| ·简约法建树 | 第81-82页 |
| ·极似然法建树 | 第82-83页 |
| ·贝叶斯系统发育推论法建树 | 第83-84页 |
| 4 构建系统发育树结果 | 第84-98页 |
| ·简约法建树 | 第84-89页 |
| ·贝叶斯法建树 | 第89-92页 |
| ·极似然法建树 | 第92-98页 |
| 5 系统树构建结果分析 | 第98-103页 |
| ·直翅目31种昆虫CO Ⅰ、CO Ⅱ、CO Ⅲ基因序列数据集系统发育结果分析 | 第98-99页 |
| ·100种昆虫CO Ⅰ基因序列数据集系统发育结果分析 | 第99-103页 |
| 第七部分 总结 | 第103-106页 |
| 参考文献 | 第106-114页 |
| 致谢 | 第114-115页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第115-116页 |
| 附件 | 第116-117页 |
