短额负蝗、日本蚤蝼和中华寰螽线粒体基因组序列测定与分析
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-11页 |
| 第一部分 前言 | 第11-30页 |
| 1 线粒体 | 第11-13页 |
| ·线粒体的发现 | 第11页 |
| ·线粒体形态及分布 | 第11-12页 |
| ·线粒体的起源及进化 | 第12-13页 |
| 2 动物线粒体基因组 | 第13-17页 |
| ·动物线粒体基因组成 | 第13-14页 |
| ·动物线粒体基因组结构 | 第14页 |
| ·动物线粒体DNA的遗传特点 | 第14-15页 |
| ·动物线粒体基因组的复制 | 第15-17页 |
| 3 线粒体基因组测序 | 第17-20页 |
| ·线粒体基因组的分离方法 | 第17页 |
| ·线粒体基因组测序策略 | 第17-20页 |
| ·线粒体基因组测序现状 | 第20页 |
| 4 线粒体基因组的分析及应用 | 第20-27页 |
| ·各部分基因的分析及应用 | 第20-26页 |
| ·全线粒体基因组的应用 | 第26-27页 |
| 5 直翅目昆虫系统进化研究现状 | 第27页 |
| 6 本课题研究的目的和意义 | 第27-30页 |
| ·物种介绍 | 第27-28页 |
| ·研究目的及意义 | 第28-30页 |
| 第二部分 实验材料与方法 | 第30-45页 |
| 1 实验材料 | 第30-33页 |
| ·实验标本的采集、鉴定与保存 | 第30页 |
| ·实验仪器和试剂 | 第30-33页 |
| 2 实验方法 | 第33-41页 |
| ·总DNA的提取与检测 | 第33-34页 |
| ·PCR扩增与纯化 | 第34-39页 |
| ·测序 | 第39-41页 |
| 3 数据处理和分析 | 第41-45页 |
| ·测序数据的拼接和处理 | 第41页 |
| ·线粒体基因组注释及分析 | 第41页 |
| ·系统发育分析 | 第41-45页 |
| 第三部分 实验结果 | 第45-50页 |
| 1 总DNA的提取 | 第45页 |
| 2 长PCR(Long-PCR)扩增及产物纯化 | 第45-46页 |
| 3 短PCR(Sub-PCR)扩增及产物纯化 | 第46-47页 |
| 4 序列测定 | 第47页 |
| 5 序列拼接 | 第47-49页 |
| 6 删除冗余序列及序列调零 | 第49-50页 |
| 第四部分 短额负蝗线粒体基因组 | 第50-61页 |
| 1 短额负蝗线粒体基因组的基因组成及基本特征 | 第50-53页 |
| ·短额负蝗线粒体基因组的基因组成与顺序 | 第50-52页 |
| ·基因重叠区和基因间隔序列 | 第52页 |
| ·核苷酸组成 | 第52-53页 |
| 2 蛋白质基因 | 第53-55页 |
| ·蛋白质基因密码子的使用 | 第53-55页 |
| ·蛋白质基因碱基组成偏向性 | 第55页 |
| 3 tRNA基因 | 第55-57页 |
| 4 rRNA基因 | 第57-59页 |
| 5 A+T富集区 | 第59-61页 |
| 第五部分 日本蚤蝼线粒体基因组 | 第61-71页 |
| 1 日本蚤蝼线粒体基因组的基因组成及基本特征 | 第61-64页 |
| ·日本蚤蝼线粒体基因组的基因组成与顺序 | 第61-63页 |
| ·基因重叠区和基因间隔序列 | 第63页 |
| ·核苷酸组成 | 第63-64页 |
| 2 蛋白质基因 | 第64-66页 |
| ·蛋白质基因密码子的使用 | 第64-66页 |
| ·蛋白质基因碱基组成偏向性 | 第66页 |
| 3 tRNA基因 | 第66-68页 |
| 4 rRNA基因 | 第68-70页 |
| 5 A+T富集区 | 第70-71页 |
| 第六部分 中华寰螽线粒体基因组 | 第71-81页 |
| 1 中华寰螽线粒体基因组的基因组成及基本特征 | 第71-74页 |
| ·中华寰螽线粒体基因组的基因组成与顺序 | 第71-73页 |
| ·基因重叠区和基因间隔序列 | 第73页 |
| ·核苷酸组成 | 第73-74页 |
| 2 蛋白质基因 | 第74-76页 |
| ·蛋白质基因密码子的使用 | 第74-76页 |
| ·蛋白质基因碱基组成偏向性 | 第76页 |
| 3 tRNA基因 | 第76-78页 |
| 4 rRNA基因 | 第78-80页 |
| 5 A+T富集区 | 第80-81页 |
| 第七部分 比较与讨论 | 第81-85页 |
| 1 线粒体基因组大小、基因组成及顺序比较 | 第81-82页 |
| 2 CO Ⅰ起始密码子 | 第82页 |
| 3 rRNA二级结构比较 | 第82-85页 |
| 第八部分 直翅目昆虫系统发育重建 | 第85-101页 |
| 1 序列组成分析 | 第85-86页 |
| 2 系统发育信号分析 | 第86-89页 |
| ·碱基替换饱和性分析 | 第86-88页 |
| ·g1检验 | 第88-89页 |
| 3 系统发育关系重建 | 第89-96页 |
| ·距离法建树(NJ法) | 第89-93页 |
| ·简约法建树(MP法) | 第93页 |
| ·极似然法建树(ML法) | 第93页 |
| ·贝叶斯法建树(MrBayes法) | 第93-96页 |
| 4 直翅目昆虫系统发育重建结果 | 第96-97页 |
| 5 直翅目昆虫系统发育关系讨论 | 第97-101页 |
| 第九部分 结论 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第119页 |
