| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 前言 | 第12-15页 |
| 文献综述 | 第15-37页 |
| 1 基因芯片(微阵列)技术 | 第15-26页 |
| ·基因芯片概念及原理 | 第15-16页 |
| ·基因芯片的分类 | 第16页 |
| ·基因芯片的特点 | 第16-17页 |
| ·基因芯片技术的工作程序 | 第17-21页 |
| ·基因芯片数据的预处理 | 第21-23页 |
| ·基因芯片的应用 | 第23-26页 |
| 2 基因芯片数据的生物信息学分析 | 第26-37页 |
| ·基因表达矩阵 | 第27页 |
| ·基因芯片数据的统计分析 | 第27-29页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第29-30页 |
| ·微阵列显著性分析(Significance Analysis of Microarrays,SAM)软件 | 第30-32页 |
| ·基因芯片数据的统合分析(Meta-analysis) | 第32-37页 |
| 第一章 SAM方法应用于统合分析的可行性研究 | 第37-58页 |
| ·前言 | 第37-38页 |
| ·材料与方法 | 第38-42页 |
| ·原始数据 | 第38-40页 |
| ·数据的预处理 | 第40页 |
| ·DEG的筛选 | 第40-41页 |
| ·Gene Ontology(GO)分析 | 第41页 |
| ·启动子区调控元件基序(motif)分析 | 第41-42页 |
| ·结果与分析 | 第42-53页 |
| ·DEG的筛选 | 第42-45页 |
| ·DEG的GO富集分析 | 第45-50页 |
| ·DEG启动子区的调控元件基序分析 | 第50-53页 |
| ·讨论 | 第53-58页 |
| ·数据过滤 | 第53-54页 |
| ·DEG的统合分析 | 第54-58页 |
| 第二章 相反生理过程芯片实验数据的统合分析 | 第58-79页 |
| ·前言 | 第58-59页 |
| ·材料与方法 | 第59-61页 |
| ·数据准备 | 第59-60页 |
| ·DEG的筛选 | 第60页 |
| ·基因本体论(GO)分析 | 第60-61页 |
| ·启动子区调控元件基序(motif)分析 | 第61页 |
| ·结果与分析 | 第61-73页 |
| ·干旱和复水处理的DEG | 第61-62页 |
| ·DEG的统合分析 | 第62-65页 |
| ·DEG的GO分析 | 第65-70页 |
| ·DEG启动子区的调控元件基序分析 | 第70-73页 |
| ·讨论 | 第73-79页 |
| ·干旱胁迫与复水是一对相对的生理过程 | 第73-74页 |
| ·DEG的统合分析 | 第74-79页 |
| 第三章 多个相关生理过程无重复基因芯片实验数据的统合分析 | 第79-91页 |
| ·前言 | 第79-80页 |
| ·材料与方法 | 第80-82页 |
| ·原始数据 | 第80-81页 |
| ·数据预处理 | 第81页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第81-82页 |
| ·差异表达基因的GO分析 | 第82页 |
| ·结果与分析 | 第82-89页 |
| ·单芯片的差异表达分析 | 第82-85页 |
| ·差异表达基因的统合分析 | 第85页 |
| ·差异表达基因的GO分析 | 第85-89页 |
| ·讨论 | 第89-91页 |
| 结论 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-113页 |
| 致谢 | 第113页 |
