| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 引言 | 第15-17页 |
| 第一篇 文献综述 | 第17-35页 |
| 1 成年单胃动物正常消化道微生物区系及影响因素 | 第17-21页 |
| 1.1 成年动物正常消化道微生物区系及肠道菌型(Enterotypes) | 第17-19页 |
| 1.2 影响肠道微生物区系的因素 | 第19-21页 |
| 2 肠道微生物区系的益生作用 | 第21-23页 |
| 3 幼龄动物微生物区系的发育过程及其影响因素 | 第23-29页 |
| 3.1 肠道微生物区系的正常发育过程 | 第23-25页 |
| 3.2 影响新生动物微生物区系发育的因素 | 第25-29页 |
| 4 消化道微生物研究方法 | 第29-33页 |
| 5 本研究的目的和意义 | 第33-35页 |
| 第二篇 试验研究 | 第35-127页 |
| 第一章 品种和哺乳母猪对哺乳后期和断奶后仔猪生长发育的影响 | 第35-59页 |
| 1 材料与方法 | 第36-40页 |
| 1.1 试验动物及交互寄养设计 | 第36-38页 |
| 1.2 数据记录和样品采集 | 第38页 |
| 1.3 指标测定 | 第38-40页 |
| 1.4 数据分析 | 第40页 |
| 2 结果与分析 | 第40-55页 |
| 2.1 交互寄养模型的建立 | 第40-41页 |
| 2.2 两品种母猪乳中乳蛋白和乳糖的含量 | 第41-42页 |
| 2.2 体增重 | 第42页 |
| 2.3 器官指数 | 第42-44页 |
| 2.4 血液生化指标 | 第44页 |
| 2.5 肠道形态学指标 | 第44-48页 |
| 2.6 胰腺及空肠消化酶活性 | 第48页 |
| 2.7 肠道短链脂肪酸含量 | 第48-53页 |
| 2.8 盲肠内生物胺的浓度 | 第53-55页 |
| 3 讨论 | 第55-57页 |
| 4 小结 | 第57-59页 |
| 第二章 高通量测序技术研究交互寄养模型中仔猪肠道微生物区系的发育 | 第59-93页 |
| 第一节 梅山母猪和大约克母猪粪样中细菌区系的高通量分析 | 第61-68页 |
| 1 材料与方法 | 第61-62页 |
| 1.1 试验动物及采样 | 第61页 |
| 1.2 粪样DNA提取与高通量测序 | 第61-62页 |
| 1.3 高通量数据分析方法 | 第62页 |
| 2 结果与分析 | 第62-68页 |
| 2.1 原始数据整理 | 第62-63页 |
| 2.2 两品种母猪粪便菌群区系 | 第63-65页 |
| 2.3 母猪细菌区系的核心菌群 | 第65-67页 |
| 2.4 基于UniFrac距离的分析 | 第67-68页 |
| 第二节 新生仔猪菌群区系的发育过程及宿主品种与哺乳母猪的影响 | 第68-79页 |
| 1 材料方法 | 第68页 |
| 1.1 试验动物及取样 | 第68页 |
| 1.2 样品DNA的提取及高通量测序及分析 | 第68页 |
| 1.3 统计方法 | 第68页 |
| 2 结果与分析 | 第68-79页 |
| 2.1 原始数据整理 | 第68页 |
| 2.2 仔猪粪样菌群区系多样性 | 第68-71页 |
| 2.3 仔猪粪样菌群分类学信息 | 第71-74页 |
| 2.4 交互寄养对细菌菌属的影响 | 第74-75页 |
| 2.5 仔猪细菌区系的核心菌群 | 第75-77页 |
| 2.6 基于UniFrac距离的分析 | 第77-79页 |
| 第三节 仔猪粪样中古菌区系的发育过程及宿主品种与哺乳母猪的影响 | 第79-93页 |
| 1 材料与方法 | 第79-80页 |
| 1.1 试验动物及取样 | 第79页 |
| 1.2 样品DNA的提取及高通量测序及分析 | 第79-80页 |
| 1.3 总古菌、Methanobrevibacter菌属与Mstadtmanae的定量分析 | 第80页 |
| 1.4 统计方法 | 第80页 |
| 2 结果与分析 | 第80-87页 |
| 2.1 原始数据整理 | 第80页 |
| 2.2 仔猪粪样古菌区系多样性 | 第80-81页 |
| 2.3 古菌的分类学信息分析 | 第81-83页 |
| 2.4 仔猪古菌区系的发育 | 第83-84页 |
| 2.5 仔猪古菌区系的核心菌群 | 第84-85页 |
| 2.6 基于UniFrac距离的分析 | 第85-86页 |
| 2.7 基于Real-time PCR的古菌定量分析 | 第86-87页 |
| 3 本章讨论 | 第87-91页 |
| 3.1 新生仔猪肠道细菌区系以及早期发育过程 | 第87-88页 |
| 3.2 哺乳母猪对新生仔猪细菌区系发育的影响 | 第88-89页 |
| 3.3 宿主遗传因素对新生仔猪细菌区系发育的影响 | 第89页 |
| 3.4 早期日粮对新生仔猪细菌区系发育的影响 | 第89-90页 |
| 3.5 新生仔猪肠道古菌区系的发育及影响因素 | 第90-91页 |
| 4 本章小结 | 第91-93页 |
| 第三章 品种和哺乳母猪对仔猪肠道内容物及肠黏膜中菌群区系的影响 | 第93-113页 |
| 1 材料与方法 | 第94-95页 |
| 1.1 试验动物及采样 | 第94页 |
| 1.2 DNA的提取及高通量分析 | 第94页 |
| 1.3 统计方法 | 第94-95页 |
| 2 结果与分析 | 第95-108页 |
| 2.1 原始数据整理 | 第95页 |
| 2.2 肠道内容物中菌群区系多样性 | 第95-96页 |
| 2.3 仔猪肠道样品中细菌区系的分类学信息 | 第96-101页 |
| 2.4 仔猪空盲肠内容物中细菌区系的核心菌群 | 第101-105页 |
| 2.5 基于UniFrac距离的分析 | 第105-108页 |
| 3 讨论 | 第108-111页 |
| 3.1 肠道菌群区系的形态 | 第108-110页 |
| 3.2 宿主遗传因素的影响 | 第110页 |
| 3.3 哺乳母猪的影响 | 第110-111页 |
| 4 小结 | 第111-113页 |
| 第四章 品种和哺乳母猪对哺乳早期仔猪生长发育及盲肠内代谢产物的影响 | 第113-127页 |
| 1 材料与方法 | 第114-116页 |
| 1.1 试验动物及交互寄养操作 | 第114-115页 |
| 1.2 数据记录和样品采集 | 第115页 |
| 1.3 指标测定 | 第115页 |
| 1.4 数据分析 | 第115-116页 |
| 2 结果与分析 | 第116-123页 |
| 2.1 试验用仔猪及交互寄养操作 | 第116页 |
| 2.2 器官指数及背部脂肪层厚度 | 第116-117页 |
| 2.3 血液生化指标 | 第117页 |
| 2.4 胃和空肠内容物及胰腺消化酶活性 | 第117-118页 |
| 2.5 仔猪盲肠内代谢产物的分析 | 第118-123页 |
| 3 讨论 | 第123-125页 |
| 4 小结 | 第125-127页 |
| 参考文献 | 第127-141页 |
| 总体讨论 | 第141-145页 |
| 1.新生仔猪消化道微生物区系的发育规律 | 第141-142页 |
| 2.新生仔猪早期生长发育与品种和哺乳母猪的关系 | 第142-143页 |
| 3.展望 | 第143-145页 |
| 全文结论 | 第145-147页 |
| 本论文创新点 | 第147-149页 |
| 致谢 | 第149-151页 |
| 攻读学位期间发表的论文 | 第151页 |
