| 摘 要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第14-24页 |
| 1.1 蛋白质结构的从头设计 | 第14-16页 |
| 1.2 基于计算分析的蛋白质分子改造 | 第16-18页 |
| 1.3 冷冻电镜技术和电镜结构图像处理 | 第18-21页 |
| 1.4 分子动力学模拟与路径采样 | 第21-24页 |
| 第2章 蛋白质主链骨架堆积的统计能量函数 | 第24-44页 |
| 2.1 背景介绍 | 第24-26页 |
| 2.2 tetraBASE统计能量函数 | 第26-30页 |
| 2.3 tetraBASE统计能量函数的验证 | 第30-42页 |
| 2.3.1 tetraBASE能量极小值结构与天然蛋白骨架的比对 | 第30-38页 |
| 2.3.2 天然蛋白骨架在tetraBASE能量下的稳定性 | 第38-42页 |
| 2.4 讨论 | 第42-44页 |
| 第3章 基于活性中心统计分析的NADPH探针的设计 | 第44-58页 |
| 3.1 背景介绍 | 第44-46页 |
| 3.2 利用CPASS软件和数据库搜索相关结合蛋白 | 第46-47页 |
| 3.3 结合位点的结构比对 | 第47-49页 |
| 3.3.1 腺嘌呤口袋的比对 | 第48-49页 |
| 3.3.2 2~'羟基附近的比对 | 第49页 |
| 3.4 对结合位点进行分析提出突变位点 | 第49-51页 |
| 3.5 相关位点的实验分析 | 第51-55页 |
| 3.6 讨论 | 第55-58页 |
| 第4章 ATM冷冻电镜结构原子水平模型的搭建 | 第58-74页 |
| 4.1 背景介绍 | 第58-60页 |
| 4.2 ATM冷冻电镜结构的解析 | 第60-61页 |
| 4.3 全原子模型的搭建 | 第61-67页 |
| 4.3.1 C端进行同源建模 | 第62-65页 |
| 4.3.2 缺失部分从头预测结构 | 第65-67页 |
| 4.4 应用MDFF进行结构与密度图拟合 | 第67-71页 |
| 4.4.1 MDFF基本原理 | 第67-69页 |
| 4.4.2 MDFF的具体应用 | 第69-71页 |
| 4.5 讨论 | 第71-74页 |
| 第5章 应用FTS方法和EDS方法对别构蛋白转化路径进行分析 | 第74-89页 |
| 5.1 背景介绍 | 第74-75页 |
| 5.2 应用FTS方法获得蛋白转化路径 | 第75-79页 |
| 5.2.1 模拟体系的构建 | 第75-77页 |
| 5.2.2 FTS方法的实现 | 第77-79页 |
| 5.3 对路径的PMF进行刻画 | 第79-81页 |
| 5.4 应用EDS方法分析路径 | 第81页 |
| 5.5 结果和讨论 | 第81-89页 |
| 5.5.1 很难准确的获得采样的平均值 | 第81-82页 |
| 5.5.2 不平滑的路径不能收敛 | 第82-84页 |
| 5.5.3 对路径进行平滑化 | 第84页 |
| 5.5.4 路径迭代的收敛 | 第84页 |
| 5.5.5 自由能计算 | 第84-87页 |
| 5.5.6 高维空间中的连续性 | 第87-89页 |
| 第6章 总结 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-105页 |
| 附录A NADPH探针设计过程中分析的蛋白质PDB ID | 第105-107页 |
| 致谢 | 第107-109页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第109页 |
