| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-24页 |
| 1 前言 | 第13页 |
| 2 非编码小RNA简介 | 第13-20页 |
| 2.1 小干扰RNA(small interfering RNAs,siRNAs) | 第13页 |
| 2.2 微小RNA(microRNAs,miRNAs) | 第13-14页 |
| 2.3 与Piwi蛋白互作小RNA(Piwi-interacting RNAs,piRNAs) | 第14-20页 |
| 2.3.1 piRNAs的发现与命名 | 第14页 |
| 2.3.2 piRNAs的特征 | 第14-15页 |
| 2.3.3 piRNAs的形成及调控机制 | 第15-18页 |
| 2.3.4 piRNAs的分离鉴定等研究现状 | 第18-20页 |
| 2.4 内源性小干扰RNA(endogenous small interfering RNAs,esiRNAs) | 第20页 |
| 2.4.1 反式作用小干扰RNA(trans-acting siRNAs,tasiRNAs) | 第20页 |
| 2.4.2 重复相关干扰小RNA(repeated-associated siRNAs,rasiRNAs) | 第20页 |
| 2.5 其他非编码RNA | 第20-21页 |
| 2.6 非编码Small RNA的研究方法 | 第21-24页 |
| 2.6.1 传统克隆技术 | 第21页 |
| 2.6.2 实时荧光定量PCR技术 | 第21-22页 |
| 2.6.3 微列阵芯片技术 | 第22页 |
| 2.6.4 Solexa深层测序技术 | 第22-23页 |
| 2.6.5 生物信息学分析 | 第23-24页 |
| 第二章 目的与意义 | 第24-25页 |
| 第三章 材料与方法 | 第25页 |
| 1 材料 | 第25-28页 |
| 1.1 试验样品 | 第25页 |
| 1.1.1 组织样品 | 第25页 |
| 1.1.2 DNA样品 | 第25页 |
| 1.1.3 载体和菌株 | 第25页 |
| 1.2 主要仪器 | 第25-26页 |
| 1.3 主要试剂及试剂盒 | 第26-27页 |
| 1.4 常用试剂及配制 | 第27-28页 |
| 1.5 应用到的生物信息学网站及分析软件 | 第28页 |
| 2 试验方法 | 第28-38页 |
| 2.1 猪睾丸组织的总RNA的提取及质量检测 | 第28-29页 |
| 2.1.1 猪睾丸组织的总RNA的提取 | 第28-29页 |
| 2.1.2 总RNA的质量检测 | 第29页 |
| 2.2 Solexa上样测序、数据的产生及生物信息学数据分析 | 第29-30页 |
| 2.3 候选piRNAs及miRNAs的序列验证 | 第30-35页 |
| 2.3.1 总RNA去除基因组污染 | 第30页 |
| 2.3.2 茎环引物反转录cDNA第一链的合成 | 第30-31页 |
| 2.3.3 cDNA检测 | 第31页 |
| 2.3.4 piRNAs及miRNAs成熟序列扩增引物及茎环反转录特异引物设计 | 第31-32页 |
| 2.3.5 piRNAs及miRNAs成熟序列的扩增 | 第32-33页 |
| 2.3.6 piRNAs及miRNAs成熟序列的克隆鉴定 | 第33-35页 |
| 2.4 实时定量法对piRNAs与miRNAs的表达验证 | 第35-36页 |
| 2.5 半定量法检测类piRNAs组织表达特异性 | 第36页 |
| 2.6 猪基因组DNA的提取 | 第36页 |
| 2.7 PIWIL1序列测定及多态性检测 | 第36-38页 |
| 2.7.1 PIWIIL1序列的测定 | 第36-37页 |
| 2.7.2 PIWIL1多态性检测 | 第37-38页 |
| 第四章 结果与分析 | 第38-56页 |
| 1 猪睾丸组织总RNA提取的质量检测及cDNA检测结果 | 第38-39页 |
| 1.1 总RNA浓度的测定 | 第38页 |
| 1.2 总RNA完整性的检测结果 | 第38-39页 |
| 2 Solexa测序及生物信息学分析结果 | 第39-48页 |
| 2.1 数据产生统计 | 第39-40页 |
| 2.2 18-30 nt的Small RNA的长度分布 | 第40页 |
| 2.3 Small RNA在基因组上的分布 | 第40-41页 |
| 2.4 Small RNAs与exon、intron、rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比对信息 | 第41页 |
| 2.5 预测的miRNAs的碱基分布特征 | 第41-42页 |
| 2.6 Small RNAs与重复序列的比对分布结果 | 第42页 |
| 2.7 小RNA按长度的分布的统计结果 | 第42-44页 |
| 2.8 piRNAs预测的统计结果 | 第44-45页 |
| 2.9 miRNAs的SNP统计结果 | 第45-48页 |
| 3 cDNA检测结果 | 第48页 |
| 4 piRNAs及miRNAs成熟序列的扩增结果 | 第48-50页 |
| 5 piRNAs与miRNAs的实时定量PCR结果 | 第50-52页 |
| 6 piRNAs的组织表达特异性表达的半定量验证 | 第52页 |
| 7 猪基因组DNA的提取结果 | 第52-53页 |
| 8 PIWIL1序列测定及多态性检测的结果 | 第53-56页 |
| 8.1 PIWIL1序列测定结果 | 第53-54页 |
| 8.2 PIWIL1的多态性检测结果 | 第54-56页 |
| 8.2.1 T64C位点AatⅡ-RFLP分型方法的建立 | 第54页 |
| 8.2.2 T64C位点在不同猪种中的基因型和基因频率的分布结果 | 第54-55页 |
| 8.2.3 T64C位点与猪繁殖性状的关联分析结果 | 第55-56页 |
| 第五章 讨论 | 第56-64页 |
| 1 关于Solexa deep sequencing数据分析 | 第56-59页 |
| 1.1 Solexa deep sequencing数据的整体统计 | 第56页 |
| 1.2 Small RNAs的染色体分布与基因组定位 | 第56-57页 |
| 1.3 rasiRNAs与重复序列 | 第57页 |
| 1.4 piRNAs的预测结果 | 第57-58页 |
| 1.5 新的miRNAs与靶基因预测 | 第58页 |
| 1.6 miRNAs与SNP位点 | 第58-59页 |
| 2 关于茎环引物的设计 | 第59-60页 |
| 3 关于小分子非编码RNA在不同发育阶段中表达情况 | 第60-61页 |
| 4 关于小分子非编码RNA组织表达 | 第61-62页 |
| 5 关于PIWIL1基因 | 第62页 |
| 6 不足之处及下一步计划 | 第62-64页 |
| 小结 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
| 附录 | 第72-86页 |
