| Content | 第6-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| Chapter 1:Introduction | 第12-16页 |
| Chapter 2:Genome-wide Analysis of U2AF Functions in pre-mRNA Splicing | 第16-80页 |
| 2.1 Introduction | 第16-32页 |
| 2.1.1 RNA splicing | 第16-22页 |
| 2.1.2 Alternative splicing | 第22-24页 |
| 2.1.3 Splicing regulation | 第24-27页 |
| 2.1.4 Splicing and disease | 第27-29页 |
| 2.1.5 Motivation | 第29-32页 |
| 2.2 Methods | 第32-49页 |
| 2.2.1 High throughput sequencing | 第32-38页 |
| 2.2.2 Bioinformatics analysis | 第38-49页 |
| 2.3 Results | 第49-77页 |
| 2.3.1 Genome-wide mapping of U2AF-RNA interactions | 第49-55页 |
| 2.3.2 U2AF recognition of ～88% functional 3' splice sites in the human genome | 第55-58页 |
| 2.3.3 Additinal U2AF binding events beyond functional 3'splice sites | 第58-60页 |
| 2.3.4 Critical roles of U2AF in regulated splicing | 第60-63页 |
| 2.3.5 Multiple mechanisms underlying U2AF-regulated alternative splicing | 第63-67页 |
| 2.3.6 Polar effect of U2AF65 binding on downstream 3'splice site recognition | 第67-70页 |
| 2.3.7 Coordinated action of U2AF65 and U2AF35 in regulated splicing | 第70-74页 |
| 2.3.8 U2AF65 binding scores | 第74-77页 |
| 2.4 Discussion | 第77-80页 |
| Chapter 3:Consistent-Pivot:A New effective Pivot Algorithms for Ranking AggregationProblem | 第80-117页 |
| 3.1 Introduction | 第80-84页 |
| 3.2 Notations | 第84-89页 |
| 3.2.1 Ranking with ties | 第84页 |
| 3.2.2 Unifying a set of partial rankings | 第84-85页 |
| 3.2.3 Distance measures | 第85-87页 |
| 3.2.4 Kemeny optimal aggregations | 第87-89页 |
| 3.3 Previous algorithms | 第89-102页 |
| 3.3.1 Some heuristics and approximation algorithms | 第89-93页 |
| 3.3.2 Other algorithms | 第93页 |
| 3.3.3 Pivot Algorithms | 第93-102页 |
| 3.4 Methods | 第102-109页 |
| 3.4.1 Consistent-Pivot algorithm | 第102-105页 |
| 3.4.2 Experiments on the algorithms | 第105-109页 |
| 3.5 Results | 第109-116页 |
| 3.5.1 Results on real biological data | 第109-111页 |
| 3.5.2 Results on WebSearch data | 第111-114页 |
| 3.5.3 Results on synthetic data | 第114-116页 |
| 3.6 Discussion | 第116-117页 |
| Reference | 第117-131页 |
| Appendix:List of the publications | 第131-132页 |
| Acknowledgement | 第132页 |
