| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 前言 | 第11-27页 |
| 1 微生物多样性 | 第11-12页 |
| 2 海洋微生物生态学 | 第12-17页 |
| 2.1 海洋微生物参与碳循环 | 第13-15页 |
| 2.2 海洋微生物参与氮循环 | 第15页 |
| 2.3 海洋微生物参与硫循环 | 第15-17页 |
| 3 海洋微生物群落多样性研究方法 | 第17-23页 |
| 3.1 传统富集培养方法 | 第17页 |
| 3.2 分子生物学方法 | 第17-23页 |
| 3.2.1 分子生态学 | 第17-19页 |
| 3.2.2 核糖体RNA基因和功能基因分析 | 第19-22页 |
| 3.2.3 高通量测序技术 | 第22-23页 |
| 4 热带西太平洋海区及马鲁古海峡生态特征 | 第23-26页 |
| 5 本论文的研究意义及目的 | 第26-27页 |
| 第二章 热带西太平洋海区中上层海水微生物群落多样性的研究 | 第27-47页 |
| 1 材料与方法 | 第28-32页 |
| 1.1 实验材料 | 第28-29页 |
| 1.1.1 样品来源 | 第28-29页 |
| 1.1.2 试剂及仪器设备 | 第29页 |
| 1.2 实验方法 | 第29-32页 |
| 1.2.1 环境基因组的提取 | 第29-30页 |
| 1.2.2 PCR扩增及条件优化 | 第30-31页 |
| 1.2.3 高通量测序 | 第31页 |
| 1.2.4 数据分析 | 第31-32页 |
| 2 结果与讨论 | 第32-46页 |
| 2.1 OUT分析及物种注释 | 第32-38页 |
| 2.1.1 OUT分析 | 第32-34页 |
| 2.1.2 物种注释 | 第34-35页 |
| 2.1.3 物种丰度聚类 | 第35-38页 |
| 2.2 样品复杂度分析---Alpha多样性 | 第38-40页 |
| 2.3 多样品比较分析---Beta多样性 | 第40-46页 |
| 2.3.1 Beta多样性指数 | 第40-42页 |
| 2.3.2 PCoA分析 | 第42-43页 |
| 2.3.3 样品聚类分析 | 第43-46页 |
| 3 小结与展望 | 第46-47页 |
| 第三章 马鲁古海峡深海柱状沉积物微生物群落多样性研究 | 第47-62页 |
| 1 材料与方法 | 第48-54页 |
| 1.1 实验材料 | 第48页 |
| 1.2 实验试剂、设备及软件 | 第48-49页 |
| 1.2.1 试剂 | 第48-49页 |
| 1.2.2 设备 | 第49页 |
| 1.2.3 软件 | 第49页 |
| 1.3 实验方法 | 第49-54页 |
| 1.3.1 环境基因组DNA提取 | 第49-50页 |
| 1.3.2 PCR扩增 | 第50-51页 |
| 1.3.3 克隆库构建 | 第51-53页 |
| 1.3.4 多样性指数计算 | 第53页 |
| 1.3.5 系统发育分析 | 第53-54页 |
| 1.3.6 元素含量测定 | 第54页 |
| 2 结果与讨论 | 第54-61页 |
| 2.1 元素含量 | 第54-55页 |
| 2.2 克隆库建立与多样性分析 | 第55-56页 |
| 2.2.1 古菌与细菌16S rDNA克隆库 | 第55页 |
| 2.2.2 多样性指数分析 | 第55-56页 |
| 2.3 古菌系统进化分析及其多样性 | 第56-57页 |
| 2.4 细菌系统进化分析 | 第57-59页 |
| 2.5 表层及2m深处沉积样品古菌与细菌群落结构对比 | 第59-61页 |
| 3 小结与展望 | 第61-62页 |
| 结论 | 第62页 |
| 创新性 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-71页 |
| 附录1 | 第71-72页 |
| 附录2 | 第72-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 个人简历 | 第74-75页 |
| 在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第75页 |
