| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-17页 |
| ·引言 | 第10-11页 |
| ·HIV 的生命周期 | 第11-12页 |
| ·HIV-1 蛋白酶的结构和功能 | 第12-13页 |
| ·HIV-1 蛋白酶的抑制剂研究进展 | 第13-17页 |
| 第二章 理论与方法 | 第17-29页 |
| ·分子动力学模拟 | 第17-23页 |
| ·分子动力学的基本原理与势函数 | 第17-19页 |
| ·分子动力学的积分算法 | 第19-21页 |
| ·时间步长 | 第21-22页 |
| ·分子动力学模拟能量优化 | 第22-23页 |
| ·自由能计算方法 | 第23-26页 |
| ·MM-PBSA 方法 | 第23-26页 |
| ·分子动力学模拟常用软件介绍 | 第26-28页 |
| ·GROMACS | 第26页 |
| ·CHARMM | 第26-27页 |
| ·NAMD | 第27页 |
| ·AMBER | 第27-28页 |
| ·小分子处理 | 第28-29页 |
| 第三章 TMC-126 与 HIV-1 蛋白酶作用机理以及能量分解和计算丙氨酸扫描的比较 | 第29-47页 |
| ·背景与意义 | 第29-31页 |
| ·模型与计算 | 第31-32页 |
| ·初始化 | 第31页 |
| ·MD | 第31-32页 |
| ·结果与讨论 | 第32-46页 |
| ·动力学特征结果 | 第32-34页 |
| ·结合自由能 | 第34-35页 |
| ·自由能计算与能量分解 | 第35-36页 |
| ·计算丙氨酸扫描 | 第36-46页 |
| ·结论 | 第46-47页 |
| 第四章 突变残基 G86 对 TMC-126 与 HIV-1 蛋白酶复合物的影响 | 第47-68页 |
| ·背景与意义 | 第47-48页 |
| ·模型与计算 | 第48-49页 |
| ·初始化 | 第48-49页 |
| ·MD | 第49页 |
| ·结果与讨论 | 第49-65页 |
| ·复合物的稳定性与柔韧性以及分子动力学中的结构特征 | 第49-52页 |
| ·结合自由能 | 第52-53页 |
| ·自由能分解 | 第53-61页 |
| ·WT 和突变体的结构和氢键分析 | 第61-65页 |
| ·结论 | 第65-68页 |
| 第五章 总结与展望 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-80页 |
| 附录 | 第80-82页 |
| 致谢 | 第82-83页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第83页 |
