| 中文摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第13-44页 |
| 1 液相色谱-质谱联用仪(LC-MS)发展现状 | 第13-22页 |
| 1.1 液相色谱-质谱联用仪结构概述 | 第13页 |
| 1.2 离子源 | 第13-14页 |
| 1.3 质量分析器 | 第14-18页 |
| 1.4 三种常见质量分析器的比较 | 第18页 |
| 1.5 串联质谱 | 第18-20页 |
| 1.6 新型主流液质联用仪的比较 | 第20-22页 |
| 2 蛋白质组学研究现状 | 第22-31页 |
| 2.1 蛋白质组学概述 | 第22-23页 |
| 2.2 蛋白质组学样品的富集与分离 | 第23-25页 |
| 2.3 基于稳定同位素标记的定量蛋白质组学 | 第25-27页 |
| 2.4 质谱数据的解析 | 第27-29页 |
| 2.5 生物信息学分析 | 第29-31页 |
| 3 病毒与宿主相互作用的蛋白质组学研究 | 第31-44页 |
| 3.1 病毒感染引起的宿主全蛋白质组和亚蛋白质组学改变 | 第34-36页 |
| 3.2 病毒蛋白与宿主的相互作用组学研究 | 第36-44页 |
| 第二章 EV71入侵RD细胞的定量蛋白质组学研究 | 第44-74页 |
| 1 引言 | 第44-45页 |
| 2 材料和方法 | 第45-54页 |
| 2.1 病毒及宿主细胞系 | 第45页 |
| 2.2 SILAC培养基的配制 | 第45-46页 |
| 2.3 稳定同位素标记RD细胞 | 第46页 |
| 2.4 EV71病毒感染RD细胞 | 第46-47页 |
| 2.5 质谱样品制备 | 第47页 |
| 2.6 C18 SepPak脱盐柱脱盐 | 第47-48页 |
| 2.7 强阳离子交换色谱分离肽段 | 第48-49页 |
| 2.8 C18 Ziptip脱盐 | 第49页 |
| 2.9 LC-MS/MS分析 | 第49-50页 |
| 2.10 质谱数据搜库 | 第50页 |
| 2.11 生物信息学分析 | 第50-51页 |
| 2.12 蛋白免疫印迹(Western blot) | 第51-52页 |
| 2.13 质粒构建及转染 | 第52页 |
| 2.14 SiRNA转染 | 第52-53页 |
| 2.15 实时定量PCR检测 | 第53-54页 |
| 2.16 细胞活力检测 | 第54页 |
| 2.17 流式细胞检测 | 第54页 |
| 3 实验结果 | 第54-70页 |
| 3.1 病毒感染剂量和时间的确定 | 第54-55页 |
| 3.2 SILAC定量实验 | 第55-58页 |
| 3.3 生物信息学分析 | 第58-64页 |
| 3.4 宿主蛋白对EV71复制的影响 | 第64-66页 |
| 3.5 CHCH2对于EV71基因组复制的影响 | 第66-69页 |
| 3.6 CHCH2是天然免疫反应的负调控因子 | 第69-70页 |
| 4 讨论 | 第70-73页 |
| 4.1 著改变的蛋白家族和蛋白聚类 | 第70-71页 |
| 4.2 泛素化和SUMO化修饰蛋白 | 第71-72页 |
| 4.3 线粒体蛋白在EV71感染过程中的作用 | 第72-73页 |
| 4.4 CHCH2对EV71病毒的影响 | 第73页 |
| 5 小结 | 第73-74页 |
| 第三章 Huh7.37细胞系的定量蛋白质组学研究 | 第74-100页 |
| 1 引言 | 第74-75页 |
| 2 材料和方法 | 第75-81页 |
| 2.1 细胞系 | 第75-76页 |
| 2.2 细胞核分离 | 第76页 |
| 2.3 线粒体分离 | 第76-77页 |
| 2.4 质谱样品制备 | 第77页 |
| 2.5 三重双甲基化标记 | 第77-78页 |
| 2.6 LC-MS/MS分析 | 第78-79页 |
| 2.7 质谱数据搜库 | 第79页 |
| 2.8 生物信息学分析 | 第79-80页 |
| 2.9 SiRNA转染 | 第80-81页 |
| 2.10 ELISA检测 | 第81页 |
| 3 实验结果 | 第81-96页 |
| 3.1 甲基化标记 | 第81页 |
| 3.2 细胞结构分离效率检测 | 第81-84页 |
| 3.3 归一化处理及变化阈值选择 | 第84-86页 |
| 3.4 全细胞蛋白质组变化数据分析 | 第86页 |
| 3.5 细胞核组分变化数据分析 | 第86-87页 |
| 3.6 线粒体组分变化数据分析 | 第87-88页 |
| 3.7 蛋白的细胞内定位改变 | 第88-89页 |
| 3.8 定位改变的蛋白的生物信息学分析 | 第89-95页 |
| 3.9 宿主蛋白对HBV复制的影响 | 第95-96页 |
| 4 讨论 | 第96-98页 |
| 4.1 线粒体与过氧化物酶体的相互联系 | 第97页 |
| 4.2 核蛋白和线粒体蛋白的细胞定位 | 第97-98页 |
| 4.3 归一化和阈值选择 | 第98页 |
| 5 小结 | 第98-100页 |
| 第四章 总结与展望 | 第100-103页 |
| 1 更多感染条件下宿主蛋白质组学的定量研究 | 第100-101页 |
| 2 宿主亚蛋白质组学的定量研究 | 第101页 |
| 3 病毒粒子的翻译后修饰研究 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-120页 |
| 中英文对照表 | 第120-122页 |
| 攻博期间发表的科研成果 | 第122-123页 |
| 后记 | 第123页 |