| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-31页 |
| 1.1 瘿椒树的雄全异株繁育系统 | 第13-17页 |
| 1.1.1 瘿椒树繁育系统研究背景 | 第13-14页 |
| 1.1.2 雄全异株繁育系统的概述 | 第14-15页 |
| 1.1.3 雄全异株的起源与维持 | 第15-17页 |
| 1.2 高通量测序技术的进展及应用 | 第17-22页 |
| 1.2.1 高通量测序技术与平台 | 第17-19页 |
| 1.2.2 转录组测序在濒危植物研究中的应用 | 第19-22页 |
| 1.3 微卫星（SSR）分子标记在植物亲缘关系研究中的应用 | 第22-28页 |
| 1.3.1 SSR分子标记简介 | 第22-23页 |
| 1.3.2 亲子关系分析的利器,Cervus软件简介 | 第23-24页 |
| 1.3.3 SSR在植物亲缘关系分析中的应用 | 第24-28页 |
| 1.4 本研究的目的意义与主要内容 | 第28-31页 |
| 1.4.1 研究的目的意义 | 第28页 |
| 1.4.2 研究思路及方法 | 第28-29页 |
| 1.4.3 研究的主要内容 | 第29-30页 |
| 1.4.4 研究的特色和创新 | 第30-31页 |
| 第二章 基于Illumina测序的瘿椒树花转录组特征 | 第31-51页 |
| 2.1 材料与方法 | 第31-34页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第31页 |
| 2.1.2 两个样本RNA的提取和测序 | 第31-32页 |
| 2.1.3 瘿椒树花转录组序列组装及注释 | 第32-34页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第34-51页 |
| 2.2.1 转录组测序与denovo组装 | 第34-37页 |
| 2.2.2 Unigenes的注释与分类 | 第37-47页 |
| 2.2.3 预测编码蛋白框（CDS） | 第47-48页 |
| 2.2.4 假定与瘿椒树花发育相关的基因 | 第48-51页 |
| 第三章 基于转录组测序的瘿椒树SSR分子标记的开发与验证 | 第51-70页 |
| 3.1 材料与方法 | 第51-62页 |
| 3.1.1 SSR位点的查找和引物的设计 | 第51页 |
| 3.1.2 SSR引物的验证和评估 | 第51-62页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第62-70页 |
| 3.2.1 SSR位点的搜索与引物设计 | 第62-63页 |
| 3.2.2 一对可用于鉴别瘿椒树性别的SSR引物 | 第63-64页 |
| 3.2.3 SSR的评估与应用 | 第64-70页 |
| 第四章 瘿椒树父本分析与功能性雄全异株繁育系统的鉴定 | 第70-87页 |
| 4.1 瘿椒树野外调查及实验样品采集 | 第70-72页 |
| 4.1.1 陕西省宁陕县秦岭中段南麓 | 第70-71页 |
| 4.1.2 湖南省永顺县小溪国家自然保护区 | 第71页 |
| 4.1.3 湖南省炎陵县大院农场 | 第71页 |
| 4.1.4 湖北省神农架林区 | 第71-72页 |
| 4.1.5 父本分析实验样本组成 | 第72页 |
| 4.2 实验方法 | 第72-74页 |
| 4.2.1 实验样本全基因组DNA的提取 | 第72-73页 |
| 4.2.2 SSR-PCR扩增引物的筛选 | 第73页 |
| 4.2.3 SSR-PCR扩增与产物检测 | 第73页 |
| 4.2.4 数据处理与软件分析 | 第73-74页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第74-87页 |
| 4.3.1 父本分析结果 | 第74-83页 |
| 4.3.2 瘿椒树雄全异株种群是如何维持的? | 第83-84页 |
| 4.3.3 雄全异株植物种群中的性别比例 | 第84-85页 |
| 4.3.4 瘿椒树雄全异株是从两性祖先进化而来? | 第85-87页 |
| 第五章 基于SSR分子标记的瘿椒树居群遗传多样性分析 | 第87-94页 |
| 5.1 材料和方法 | 第87-89页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第87-88页 |
| 5.1.2 DNA提取，SSR-PCR扩增和基因分型 | 第88页 |
| 5.1.3 数据处理与统计分析 | 第88-89页 |
| 5.2 结果与分析 | 第89-92页 |
| 5.2.1 瘿椒树EST-SSR扩增结果 | 第89页 |
| 5.2.2 瘿椒树居群内的遗传多样性与遗传分化 | 第89-90页 |
| 5.2.3 瘿椒树5个居群的遗传关系 | 第90-91页 |
| 5.2.4 瘿椒树居群的遗传结构 | 第91-92页 |
| 5.3 讨论 | 第92-94页 |
| 5.3.1 瘿椒树居群遗传多样性与分化 | 第92-93页 |
| 5.3.2 瘿椒树保护策略 | 第93-94页 |
| 结论 | 第94-96页 |
| 1. 瘿椒树转录组测序与SSR分子标记开发 | 第94页 |
| 2. 瘿椒树功能性雄全异株鉴定、维持与进化 | 第94-95页 |
| 3. 瘿椒树遗传多样性分析与保护策略 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-108页 |
| 附录 | 第108-117页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第117-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 作者简介 | 第119页 |
