| 缩略语表 | 第1-8页 |
| 论文摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 1 文献综述 | 第12-34页 |
| ·基因组概况 | 第12-13页 |
| ·基因组作图 | 第13页 |
| ·遗传图谱 | 第13-15页 |
| ·遗传图谱的构建 | 第13-15页 |
| ·遗传图谱的应用 | 第15页 |
| ·物理图谱 | 第15-22页 |
| ·物理图谱的构建 | 第16-19页 |
| ·物理图谱的评估 | 第19-20页 |
| ·物理图谱的应用 | 第20-22页 |
| ·序列图谱 | 第22-32页 |
| ·第一代测序技术 | 第23页 |
| ·第二代测序技术 | 第23-27页 |
| ·第三代测序技术 | 第27-29页 |
| ·基因组序列的拼接 | 第29-32页 |
| ·生物信息学的应用 | 第32-34页 |
| 2. 中花11物理图谱 | 第34-80页 |
| ·引言 | 第34-35页 |
| ·材料与方法 | 第35-40页 |
| ·BAC文库的构建、指纹分析及末端测序 | 第35-36页 |
| ·末端序列中的细胞器DNA分析 | 第36页 |
| ·SSR分析 | 第36-37页 |
| ·重复序列分析 | 第37-38页 |
| ·中花11物理图谱的组装 | 第38-39页 |
| ·中花11 BAC克隆末端序列与其在日本晴、93-11基因组中的同源序列间的比较 | 第39页 |
| ·中花11 T-DNA插入突变体侧翼序列的整合 | 第39-40页 |
| ·结果与分析 | 第40-73页 |
| ·BAC文库、指纹分析和末端测序 | 第40-42页 |
| ·细胞器DNA分析 | 第42-44页 |
| ·末端序列中的SSR分析 | 第44-50页 |
| ·中花11 BAC克隆末端序列中的重复序列 | 第50-55页 |
| ·物理图谱的组装 | 第55页 |
| ·物理图谱的比较分析 | 第55-64页 |
| ·中花11 BAC克隆末端序列与其在日本晴基因组中同源序列间的替换、插入和缺失 | 第64-66页 |
| ·中花11、日本晴基因组在品种形成过程中发生变化的位点 | 第66-68页 |
| ·中花11、日本晴和93-11的分化时间 | 第68-70页 |
| ·中花11 T-DNA插入突变体的侧翼序列标签与物理图谱的整合 | 第70-73页 |
| ·讨论 | 第73-80页 |
| ·中花11相对于日本晴基因组序列的比较物理图谱 | 第73页 |
| ·中花11物理图谱与日本晴基因组序列间的差异 | 第73-76页 |
| ·粳稻品种中花11、日本晴和籼稻品种93-11的分化 | 第76-77页 |
| ·中花11物理图谱的利用 | 第77-80页 |
| 3. 93-11物理图谱 | 第80-98页 |
| ·引言 | 第80-81页 |
| ·材料与方法 | 第81-83页 |
| ·BAC文库的构建、指纹分析及末端测序 | 第81-82页 |
| ·93-11 物理图谱的组装 | 第82页 |
| ·93-11 WGS序列与物理图谱的比对 | 第82-83页 |
| ·结果与分析 | 第83-96页 |
| ·BAC文库、指纹分析和末端测序 | 第83-85页 |
| ·重复序列、细胞器DNA序列和简单重复序列 | 第85-86页 |
| ·物理图谱的组装 | 第86-87页 |
| ·物理图谱在日本晴和93-11基因组序列上的定位 | 第87-91页 |
| ·93-11物理图谱中在日本晴和93-11基因组序列上定位不一致的克隆重叠群 | 第91-96页 |
| ·讨论 | 第96-98页 |
| 4 相关网站及数据库 | 第98-102页 |
| ·本地化的序列分析工具 | 第99-100页 |
| ·网站管理工具 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-111页 |
| 参加过的会议及摘要 | 第111-112页 |
| 已发表论文 | 第112页 |
| 在整理论文 | 第112-113页 |
| 致谢 | 第113页 |
