| 摘要 | 第9-13页 |
| Abstract | 第13-17页 |
| 符号说明及缩写词 | 第18-19页 |
| 第一章 研究背景和立题依据 | 第19-41页 |
| 1.1 假交替单胞菌属 | 第19-28页 |
| 1.1.1 分类 | 第19-21页 |
| 1.1.2 全球地理分布 | 第21-22页 |
| 1.1.3 生理特点 | 第22-26页 |
| 1.1.4 应用潜力 | 第26-27页 |
| 1.1.5 基因组学研究现状 | 第27-28页 |
| 1.2 细菌染色体复制 | 第28-37页 |
| 1.2.1 经典的双向复制机制 | 第28-30页 |
| 1.2.2 染色体复制的相关体系及组分 | 第30-32页 |
| 1.2.3 假交替单胞菌属的染色体复制 | 第32-33页 |
| 1.2.4 多染色体细菌的研究概况 | 第33-34页 |
| 1.2.5 染色体复制与染色体结构的相互作用 | 第34-36页 |
| 1.2.6 DNA复制方式的预测方法 | 第36-37页 |
| 1.3 立题依据及研究内容 | 第37-41页 |
| 1.3.1 立题依据 | 第37-39页 |
| 1.3.2 研究内容 | 第39-41页 |
| 第二章 假交替单胞菌属模式菌株的全基因组测序与拼接 | 第41-63页 |
| 2.1 引言 | 第41页 |
| 2.2 实验材料、试剂和仪器 | 第41-44页 |
| 2.2.1 菌株 | 第41页 |
| 2.2.2 参考基因组序列 | 第41页 |
| 2.2.3 培养基 | 第41-42页 |
| 2.2.4 主要试剂和试剂盒 | 第42-43页 |
| 2.2.5 主要仪器设备 | 第43页 |
| 2.2.6 数据库和分析软件 | 第43-44页 |
| 2.3 实验方法 | 第44-48页 |
| 2.3.1 菌株的获取、鉴定与保藏 | 第44-45页 |
| 2.3.2 基因组DNA提取 | 第45页 |
| 2.3.3 Solexa基因组测序 | 第45页 |
| 2.3.4 Solexa测序原始数据拼接 | 第45-46页 |
| 2.3.5 基因组Inter-scaffold Gaps补缺 | 第46-47页 |
| 2.3.6 基因组Intra-scaffold Gaps补缺 | 第47-48页 |
| 2.3.7 基因组质量检测 | 第48页 |
| 2.4 结果与分析 | 第48-60页 |
| 2.4.1 Solexa文库构建及初步拼接的基因组概况 | 第48-51页 |
| 2.4.2 基因组完成图绘制 | 第51-57页 |
| 2.4.3 基因组概况 | 第57-60页 |
| 2.4.4 产色素与不产色素两大类群的基因组比较 | 第60页 |
| 2.5 讨论 | 第60-63页 |
| 第三章 全基因组功能注释与比较分析 | 第63-81页 |
| 3.1 引言 | 第63页 |
| 3.2 实验材料和仪器 | 第63-65页 |
| 3.2.1 实验对象 | 第63-64页 |
| 3.2.2 主要仪器设备 | 第64页 |
| 3.2.3 数据库和分析软件 | 第64-65页 |
| 3.3 实验方法 | 第65-67页 |
| 3.3.1 蛋白编码基因的预测 | 第65页 |
| 3.3.2 非编码RNA预测 | 第65页 |
| 3.3.3 直系同源基因家族分析 | 第65-66页 |
| 3.3.4 系统发育分析 | 第66页 |
| 3.3.5 COG基因功能分类分析 | 第66页 |
| 3.3.6 其他基因组功能注释 | 第66-67页 |
| 3.3.7 基因组网上提交 | 第67页 |
| 3.4 结果与分析 | 第67-79页 |
| 3.4.1 全基因组功能注释概况 | 第67-73页 |
| 3.4.2 系统发育分析 | 第73-74页 |
| 3.4.3 两大类群的COG基因功能分类的比较分析 | 第74-77页 |
| 3.4.4 大小染色体的COG基因功能分类的比较分析 | 第77-79页 |
| 3.5 讨论 | 第79-81页 |
| 第四章 全基因组代谢通路重建与比较分析 | 第81-101页 |
| 4.1 引言 | 第81页 |
| 4.2 实验材料和仪器 | 第81-82页 |
| 4.2.1 实验对象 | 第81页 |
| 4.2.2 主要试剂和试剂盒 | 第81-82页 |
| 4.2.3 主要仪器设备 | 第82页 |
| 4.2.4 数据库和分析软件 | 第82页 |
| 4.3 实验方法 | 第82-84页 |
| 4.3.1 全基因组代谢通路重建 | 第82-83页 |
| 4.3.2 同源基因分析 | 第83页 |
| 4.3.3 生理生化实验 | 第83-84页 |
| 4.4 结果与分析 | 第84-98页 |
| 4.4.1 葡萄糖基本代谢途径分析 | 第84-89页 |
| 4.4.2 其他糖类物质代谢途径分析 | 第89-90页 |
| 4.4.3 脂类代谢分析 | 第90-92页 |
| 4.4.4 氨基酸代谢分析 | 第92-93页 |
| 4.4.5 氮源与硫源代谢分析 | 第93-94页 |
| 4.4.6 全基因组代谢通路重建 | 第94-96页 |
| 4.4.7 生理生化实验 | 第96-98页 |
| 4.5 讨论 | 第98-101页 |
| 第五章 染色体复制与染色体结构分析 | 第101-139页 |
| 5.1 引言 | 第101页 |
| 5.2 实验材料和仪器 | 第101-103页 |
| 5.2.1 实验对象 | 第101-102页 |
| 5.2.2 主要仪器设备 | 第102页 |
| 5.2.3 数据库和分析软件 | 第102-103页 |
| 5.3 实验方法 | 第103-106页 |
| 5.3.1 碱基组成分析 | 第103页 |
| 5.3.2 复制起始位点与终止位点分析 | 第103-104页 |
| 5.3.3 多染色体细菌的复制方式分析 | 第104-105页 |
| 5.3.4 直系同源基因家族分析与系统发育分析 | 第105页 |
| 5.3.5 共线性分析 | 第105-106页 |
| 5.4 结果与分析 | 第106-134页 |
| 5.4.1 复制体系 | 第106-111页 |
| 5.4.2 小染色体普遍为单向复制 | 第111-117页 |
| 5.4.3 种P.spongiae小染色体为双向复制 | 第117-119页 |
| 5.4.4 复制方向的实验验证 | 第119-122页 |
| 5.4.5 染色体同源性分析 | 第122-129页 |
| 5.4.6 同源区段分析 | 第129-131页 |
| 5.4.7 非同源区段和重组热点分析 | 第131-133页 |
| 5.4.8 大小染色体的协同复制 | 第133-134页 |
| 5.5 讨论 | 第134-139页 |
| 5.5.1 小染色体复制方向的多样性 | 第134-135页 |
| 5.5.2 假交替单胞菌属的进化历程的推测 | 第135-139页 |
| 第六章 菌株Neptunomonas antarctica S3-22~T适应南极海洋沉积物环境的遗传机制 | 第139-147页 |
| 6.1 引言 | 第139页 |
| 6.2 实验材料和仪器 | 第139-140页 |
| 6.2.1 实验对象 | 第139页 |
| 6.2.2 主要仪器设备 | 第139页 |
| 6.2.3 数据库和分析软件 | 第139-140页 |
| 6.3 实验方法 | 第140-141页 |
| 6.3.1 菌株的培养、鉴定与基因组DNA提取 | 第140页 |
| 6.3.2 基因组测序与拼接 | 第140-141页 |
| 6.3.3 全基因组功能注释 | 第141页 |
| 6.4 结果与分析 | 第141-144页 |
| 6.4.1 基因组概况 | 第141-142页 |
| 6.4.2 适应南极海洋沉积物环境的遗传机制 | 第142-144页 |
| 6.5 讨论 | 第144-147页 |
| 全文总结与展望 | 第147-149页 |
| 一、本论文取得的创新性结果 | 第147页 |
| 二、展望 | 第147-149页 |
| 附录 | 第149-163页 |
| 参考文献 | 第163-173页 |
| 在读期间发表的论文和专利 | 第173-175页 |
| 致谢 | 第175-176页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第176页 |
