| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-20页 |
| 1.1 蛋白质界面行为研究的实际意义 | 第10页 |
| 1.2 蛋白质界面行为研究的三类方法 | 第10-13页 |
| 1.2.1 蛋白质界面行为研究之实验方法 | 第10-11页 |
| 1.2.2 蛋白质界面行为研究之理论方法 | 第11页 |
| 1.2.3 蛋白质界面行为研究之分子模拟方法 | 第11页 |
| 1.2.4 采用分子动力学模拟方法进行研究的原因 | 第11-13页 |
| 1.3 蛋白质界面行为的分子动力学研究进展 | 第13-17页 |
| 1.3.1 蛋白质在生物膜上的研究进展 | 第13-14页 |
| 1.3.2 蛋白质在空气-水界面和油-水界面上的研究进展 | 第14-15页 |
| 1.3.3 蛋白质在水-无机界面上的研究进展 | 第15-16页 |
| 1.3.4 蛋白质在水-有机界面上的研究进展 | 第16-17页 |
| 1.4 选题意义及主要内容 | 第17-20页 |
| 第二章 分子动力学模拟的基本步骤及常用软件 | 第20-30页 |
| 2.1 系综 | 第20-21页 |
| 2.2 边界条件 | 第21-22页 |
| 2.3 力场 | 第22-26页 |
| 2.4 粒子位置和速度的初始化 | 第26页 |
| 2.5 求解牛顿运动方程的算法 | 第26-28页 |
| 2.6 生物分子模拟常用软件 | 第28-30页 |
| 第三章 疏水界面对多肽链无规聚集结构影响的分子动力学研究 | 第30-46页 |
| 3.1 引言 | 第30页 |
| 3.2 构建模型 | 第30-31页 |
| 3.3 模拟参数 | 第31-32页 |
| 3.4 模拟结果及分析 | 第32-45页 |
| 3.4.1 疏水界面对无规聚集体到 β 折叠转变顺序和速度的影响 | 第32-35页 |
| 3.4.2 疏水界面和温度对转变所得结构和构象的影响 | 第35-38页 |
| 3.4.3 二级结构分析 | 第38-41页 |
| 3.4.4 末端距分析 | 第41-43页 |
| 3.4.5 侧链取向的分析 | 第43-45页 |
| 3.5 本章小结 | 第45-46页 |
| 第四章 带电界面对短多肽自组装影响的分子动力学研究 | 第46-58页 |
| 4.1 引言 | 第46页 |
| 4.2 新型界面模型 | 第46-48页 |
| 4.3 力场的选择 | 第48-49页 |
| 4.4 模拟参数 | 第49-50页 |
| 4.5 模拟结果及分析 | 第50-57页 |
| 4.5.1 带电界面和温度对短多肽自组装过程和构象的影响 | 第50-52页 |
| 4.5.2 带电界面和温度对短多肽 β 结构生长的影响 | 第52-54页 |
| 4.5.3 短多肽在带电界面上的主要吸附构象 | 第54-57页 |
| 4.6 本章小结 | 第57-58页 |
| 结论与展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-71页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第71-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
| 附件 | 第73页 |
