基于退火算法的蛋白质定量研究
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-18页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第13-14页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第14-16页 |
| 1.2.1 谱图计数法 | 第14-15页 |
| 1.2.2 信号强度法 | 第15页 |
| 1.2.3 无标定量软件 | 第15-16页 |
| 1.3 本文的主要工作 | 第16-17页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第17-18页 |
| 第二章 退火算法概述 | 第18-30页 |
| 2.1 模拟退火算法 | 第18-24页 |
| 2.1.1 模拟退火算法概念 | 第18-20页 |
| 2.1.2 模拟退火算法流程 | 第20-21页 |
| 2.1.3 模拟退火算法实现策略 | 第21-23页 |
| 2.1.4 模拟退火算法的特点 | 第23-24页 |
| 2.2 遗传退火算法 | 第24-29页 |
| 2.2.1 遗传算法 | 第24-28页 |
| 2.2.2 遗传退火算法概念 | 第28页 |
| 2.2.3 遗传退火算法的流程 | 第28-29页 |
| 2.3 两种算法的比较 | 第29页 |
| 2.4 本章小结 | 第29-30页 |
| 第三章 肽段定量信息提取 | 第30-43页 |
| 3.1 肽段的鉴定 | 第30-32页 |
| 3.1.1 肽段鉴定策略 | 第30-31页 |
| 3.1.2 肽段鉴定流程 | 第31-32页 |
| 3.2 数据预处理及谱峰检测 | 第32-34页 |
| 3.2.1 数据预处理 | 第33页 |
| 3.2.2 肽段信号峰识别 | 第33-34页 |
| 3.3 定性肽段定量信息提取 | 第34-38页 |
| 3.3.1 单张谱图肽段定量信息提取 | 第34-36页 |
| 3.3.2 肽段总定量信息的提取 | 第36-37页 |
| 3.3.3 提取离子流色谱图信息计算 | 第37-38页 |
| 3.4 肽段定量工具开发与评估 | 第38-42页 |
| 3.4.1 肽段定量工具开发 | 第38页 |
| 3.4.2 肽段定量工具评估 | 第38-42页 |
| 3.5 本章小结 | 第42-43页 |
| 第四章 基于退火算法的蛋白质定量 | 第43-60页 |
| 4.1 蛋白质定量算法流程 | 第43-45页 |
| 4.1.1 算法的流程 | 第44页 |
| 4.1.2 流程各部分主要功能 | 第44-45页 |
| 4.2 肽段序列数据库生成 | 第45-48页 |
| 4.2.1 肽段酶切概率 | 第46-47页 |
| 4.2.2 生成肽段序列数据库 | 第47-48页 |
| 4.3 肽段鉴定指标 | 第48-50页 |
| 4.3.1 同位素峰簇匹配指标 | 第48-49页 |
| 4.3.2 肽段保留时间预测 | 第49-50页 |
| 4.4 肽段定量信息提取 | 第50-52页 |
| 4.5 肽段匹配定性模型 | 第52-53页 |
| 4.6 基于退火算法定性肽段 | 第53-55页 |
| 4.6.1 基于模拟退火算法的肽段定性 | 第53-54页 |
| 4.6.2 基于遗传退火算法的肽段定性 | 第54-55页 |
| 4.7 肽段匹配定量工具开发 | 第55-56页 |
| 4.8 蛋白质定量 | 第56-59页 |
| 4.8.1 蛋白质组装 | 第56-57页 |
| 4.8.2 蛋白质丰度计算 | 第57-58页 |
| 4.8.3 蛋白质定量工具开发 | 第58-59页 |
| 4.9 本章小结 | 第59-60页 |
| 第五章 基于退火算法的蛋白质定量策略评估 | 第60-67页 |
| 5.1 实验数据集 | 第60页 |
| 5.2 实验软硬件环境 | 第60-61页 |
| 5.3 实验结果与分析 | 第61-66页 |
| 5.3.1 肽段层面的定量评估 | 第61-64页 |
| 5.3.2 蛋白质层面的定量评估 | 第64-65页 |
| 5.3.3 退火算法的选择对定量结果的影响 | 第65-66页 |
| 5.4 本章小结 | 第66-67页 |
| 第六章 总结与展望 | 第67-69页 |
| 6.1 本文工作总结 | 第67-68页 |
| 6.2 下一步工作和展望 | 第68-69页 |
| 附录一 作者攻读硕士学位期间发表的论文 | 第69页 |
| 附录二 作者攻读硕士学位期间申请的专利 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-77页 |
| 后记 | 第77页 |
