| 中文摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第12-21页 |
| 1.1 嗜水气单胞菌的致病性 | 第12-13页 |
| 1.2 细菌分泌系统 | 第13-18页 |
| 1.3 生物信息学 | 第18-20页 |
| 1.3.1 序列比对预测法 | 第19页 |
| 1.3.2 结构对比预测法 | 第19页 |
| 1.3.3 功能比对预测法 | 第19-20页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第20-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-26页 |
| 2.1 材料 | 第21页 |
| 2.1.1 试验用载体、菌株及试剂 | 第21页 |
| 2.1.2 试验用器材 | 第21页 |
| 2.2 方法 | 第21-26页 |
| 2.2.1 菌株培养 | 第21-22页 |
| 2.2.2 ClpV基因的PCR扩增 | 第22-26页 |
| 2.2.2.1 DNA模板的制备 | 第22页 |
| 2.2.2.2 引物设计 | 第22页 |
| 2.2.2.3 PCR扩增 | 第22-23页 |
| 2.2.2.4 PCR扩增产物胶回收 | 第23-24页 |
| 2.2.2.5 转化 | 第24页 |
| 2.2.2.6 质粒的提取 | 第24-25页 |
| 2.2.2.7 ClpV序列特征分析 | 第25-26页 |
| 3 结果与分析 | 第26-50页 |
| 3.1 CLPV的克隆与序列特征分析 | 第26-38页 |
| 3.1.1 ClpV基因扩增 | 第26页 |
| 3.1.2 ClpV基因全序列及编码蛋白序列 | 第26-27页 |
| 3.1.3 ClpV基因氨基酸多序列比对 | 第27-30页 |
| 3.1.4 二硫键分析 | 第30-31页 |
| 3.1.5 ClpV基因编码蛋白的氨基酸组成 | 第31页 |
| 3.1.6 ClpV蛋白的理化性质 | 第31-32页 |
| 3.1.7 蛋白的可溶性分析 | 第32页 |
| 3.1.8 信号肽分析 | 第32-33页 |
| 3.1.9 ClpV跨膜结构预测 | 第33-34页 |
| 3.1.9.1 利用TMpred程序分析序列的跨膜螺旋区 | 第33页 |
| 3.1.9.2 利用TMHMM程序来分析ClpV氨基酸序列的跨膜结构域 | 第33-34页 |
| 3.1.10 GPI(糖基磷脂酰肌醇)修饰位点 | 第34-35页 |
| 3.1.11 磷酸化位点预测 | 第35页 |
| 3.1.12 糖基化修饰位点预测 | 第35-37页 |
| 3.1.12.1 N-糖基化修饰位点预测 | 第35-36页 |
| 3.1.12.2 O-糖基化修饰位点预测 | 第36-37页 |
| 3.1.13 亲/疏水性分析 | 第37-38页 |
| 3.1.14 蛋白质的亚细胞定位预测分析 | 第38页 |
| 3.1.14.1 ClpV的亚细胞定位预测 | 第38页 |
| 3.1.14.2 ClpV核定位信号分析 | 第38页 |
| 3.2 CLPV结构特征 | 第38-44页 |
| 3.2.1 一级结构中包含的结构和功能域特征序列： | 第38-40页 |
| 3.2.2 蛋白质的二级结构 | 第40-43页 |
| 3.2.2.1 ClpV蛋白二级结构预测(DNAStarLasergene7软件)： | 第40-41页 |
| 3.2.2.2 应用EXPASY服务器(SOPMA方法和GOR4法)预测ClpV二级结构 | 第41-43页 |
| 3.2.3 ClpV的三维结构预测 | 第43-44页 |
| 3.3 CLPV功能预测 | 第44-50页 |
| 3.3.1 ClpV信号通路分析 | 第44-46页 |
| 3.3.2 基于STRING数据库(STRING-KnownandPredictedProtein-ProteinInteractions)搜索ClpV蛋白的互作网络 | 第46-48页 |
| 3.3.3 ClpV的GO注释(Annotation)分析 | 第48-50页 |
| 4 讨论 | 第50-52页 |
| 5 结论 | 第52-53页 |
| 6 参考文献 | 第53-62页 |
| 7 致谢 | 第62-63页 |
| 8 攻读学位期间发表论文情况 | 第63页 |
