| 致谢 | 第5-7页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 中英文对照及缩略词表 | 第23-24页 |
| 第一章 绪论 | 第24-72页 |
| 第一节 抗生素及其在畜禽养殖中的应用 | 第24-30页 |
| 一、抗生素种类、作用机制及其在畜禽养殖中的应用 | 第24-29页 |
| 二、抗生素在畜禽养殖环境中的分布和影响 | 第29-30页 |
| 第二节 抗生素耐药性 | 第30-57页 |
| 一、抗生素耐药机制和代表性耐药基因 | 第31-47页 |
| 二、耐药基因的迁移与传播扩散机制 | 第47-50页 |
| 三、耐药基因的研究方法 | 第50-57页 |
| 第三节 抗生素耐药基因在畜禽养殖环境中的污染特征 | 第57-70页 |
| 一、畜禽养殖废弃物的处理与资源化利用 | 第57-59页 |
| 二、畜禽养殖环境中抗生素耐药基因的污染水平 | 第59-70页 |
| 第四节 研究意义、思路和内容 | 第70-72页 |
| 一、研究意义 | 第70-71页 |
| 二、研究思路和内容 | 第71-72页 |
| 第二章 研究方法 | 第72-106页 |
| 第一节 研究区域 | 第72-78页 |
| 一、养鸡场 | 第72-74页 |
| 二、养猪场 | 第74-78页 |
| 第二节 样品采集 | 第78-85页 |
| 一、采样前期准备 | 第78页 |
| 二、样品采集与前处理方法 | 第78-79页 |
| 三、养鸡场样品采集 | 第79页 |
| 四、养猪场样品采集 | 第79-80页 |
| 五、土壤柱及其灌溉水样品采集 | 第80-83页 |
| 六、蔬菜样品采集与前处理 | 第83-85页 |
| 七、样品总清单 | 第85页 |
| 第三节 化学分析 | 第85-87页 |
| 一、常规环境质量参数 | 第85-86页 |
| 二、金属含量 | 第86页 |
| 三、抗生素 | 第86-87页 |
| 第四节 生物分析 | 第87-97页 |
| 一、样品总DNA提取 | 第87-89页 |
| 二、实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR） | 第89-92页 |
| 三、耐药基因荧光定量PCR检测（SYBR& | 第92-97页 |
| 第五节 数据处理与统计分析 | 第97-99页 |
| 一、描述性统计分析 | 第97页 |
| 二、香农多样性指数 | 第97页 |
| 三、基于生态学数据处理的双向聚类样品分级 | 第97-98页 |
| 四、基于生态学数据处理的多变量分析 | 第98-99页 |
| 第六节 16S rRNA基因测序与生物信息学分析 | 第99-103页 |
| 一、16S rRNA基因测序实验流程 | 第101页 |
| 二、基于 16S rRNA基因测序的微生物多样性分析 | 第101-103页 |
| 第七节 宏基因组测与及生物信息学分析 | 第103-106页 |
| 一、宏基因组测序实验流程 | 第103页 |
| 二、宏基因组测序生物信息学分析 | 第103-106页 |
| 第三章 抗生素耐药基因在肉鸡养殖环境中的污染特征 | 第106-134页 |
| 第一节 结果 | 第107-125页 |
| 一、肉鸡养殖环境中耐药基因的污染特征 | 第107-114页 |
| 二、肉鸡养殖环境中的抗生素和金属的污染特征 | 第114-121页 |
| 三、肉鸡养殖环境中耐药基因与金属、抗生素及环境质量参数的相关性分析 | 第121-124页 |
| 四、耐药基因含量分布与环境因子的多变量分析 | 第124-125页 |
| 第二节 讨论 | 第125-132页 |
| 一、两种养殖模式下耐药基因的分布特征和分子传播机制 | 第125-127页 |
| 二、养殖环境中耐药基因污染指示基因的筛查 | 第127-132页 |
| 三、环境因子对耐药基因时空分布的影响 | 第132页 |
| 第三节 小结 | 第132-134页 |
| 第四章 抗生素耐药基因在生猪养殖环境中的污染特征 | 第134-174页 |
| 第一节 结果 | 第135-151页 |
| 一、水样、土壤样品常规质量指标与金属含量 | 第135-139页 |
| 二、耐药基因在养猪场及其受纳环境中的分布特征 | 第139-145页 |
| 三、耐药基因在蔬菜中的分布特征 | 第145-148页 |
| 四、抗生素在养猪场环境中的分布特征 | 第148-151页 |
| 第二节 讨论 | 第151-157页 |
| 一、耐药基因从养猪场到受纳环境的传输和扩散过程 | 第151-155页 |
| 二、养猪场对受纳环境中抗生素和耐药基因的输入与影响 | 第155-157页 |
| 第三节 不同养殖类型对受纳环境中耐药基因输入的影响差异 | 第157-173页 |
| 第四节 小结 | 第173-174页 |
| 第五章 养殖废水处理与灌溉过程中耐药基因和微生物种群结构的演变过程 | 第174-240页 |
| 第一节 16S rRNA测序结果与讨论 | 第175-203页 |
| 一、各样本测序数据统计 | 第175-180页 |
| 二、OTU聚类与微生物组成分析 | 第180-187页 |
| 三、多样本相似度分析 | 第187-191页 |
| 四、群落结构与耐药基因的关联性分析（考虑是否去掉） | 第191-192页 |
| 五、微生物群落LefSe差异统计分析 | 第192-203页 |
| 第二节 宏基因组测序结果与讨论 | 第203-239页 |
| 一、环境质量参数、ARGs及抗生素含量水平 | 第203-211页 |
| 二、宏基因组测序基础数据统计 | 第211-213页 |
| 三、微生物群落组成结构特征 | 第213-218页 |
| 四、潜在病原菌组成结构特征 | 第218-222页 |
| 五、潜在耐药菌组成结构特征 | 第222-225页 |
| 六、COG功能注释 | 第225-228页 |
| 七、耐药基因注释 | 第228-235页 |
| 八、耐药基因与耐药菌在土壤柱中的分布格局 | 第235-239页 |
| 第三节 小结 | 第239-240页 |
| 第六章 全文结论及创新之处 | 第240-244页 |
| 第一节 主要结论 | 第240-241页 |
| 第二节 主要创新之处 | 第241页 |
| 第三节 不足之处 | 第241-242页 |
| 第四节 研究展望 | 第242-244页 |
| 参考文献 | 第244-282页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第282-285页 |
