| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 符号对照表 | 第11-12页 |
| 缩略语对照表 | 第12-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-21页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第15-16页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第16-18页 |
| 1.3 课题的主要工作 | 第18-19页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第19-21页 |
| 第二章 研究背景 | 第21-35页 |
| 2.1 生物学背景知识 | 第21-22页 |
| 2.1.1 表观遗传 | 第21页 |
| 2.1.2 甲基化相关概念以及与肿瘤的关系 | 第21-22页 |
| 2.2 差异甲基化位点筛选以及特异基因选择 | 第22-27页 |
| 2.2.1 差异分析方法 | 第23-26页 |
| 2.2.2 SAM方法筛选差异甲基化位点及特异性表达基因 | 第26-27页 |
| 2.3 聚类分析算法 | 第27-33页 |
| 2.4 小结 | 第33-35页 |
| 第三章 基于SAM及AP聚类的泛癌症甲基化模式分析 | 第35-51页 |
| 3.1 泛癌症全基因组DNA甲基化数据预处理 | 第35-37页 |
| 3.2 基于SAM方法筛选差异甲基化位点 | 第37-42页 |
| 3.2.1 SAM方法差异分析过程 | 第37-39页 |
| 3.2.2 SAM方法差异分析结果分析 | 第39-40页 |
| 3.2.3 分析差异甲基化位点的甲基化模式 | 第40-42页 |
| 3.3 基于AP聚类的泛癌症DNA甲基化模式的分析 | 第42-49页 |
| 3.4 本章小结 | 第49-51页 |
| 第四章 调控位点识别及甲基化簇生物意义解释 | 第51-65页 |
| 4.1 癌症DNA甲基化调控位点识别 | 第51-54页 |
| 4.2 生物通路富集分析 | 第54-64页 |
| 4.2.1 GO注释及pathway富集结果 | 第55-62页 |
| 4.2.2 pathway富集结果分析 | 第62-64页 |
| 4.3 本章小结 | 第64-65页 |
| 第五章 总结与展望 | 第65-67页 |
| 5.1 研究总结 | 第65页 |
| 5.2 研究展望 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-71页 |
| 致谢 | 第71-73页 |
| 作者简介 | 第73-74页 |
