| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 1 绪论 | 第11-21页 |
| 1.1 课题背景 | 第11-12页 |
| 1.2 基因表达数据挖掘 | 第12页 |
| 1.3 基因表达数据挖掘研究现状 | 第12-18页 |
| 1.3.1 基于定量测度的双聚类 | 第13-15页 |
| 1.3.2 基于定性测度的双聚类 | 第15-17页 |
| 1.3.3 基于查询的双聚类 | 第17页 |
| 1.3.4 约束型双聚类 | 第17页 |
| 1.3.5 存在的问题 | 第17-18页 |
| 1.4 论文的主要工作 | 第18-19页 |
| 1.5 论文的组织结构 | 第19-21页 |
| 2 基于蝶形网络的基因表达数据并行分割与挖掘方法 | 第21-39页 |
| 2.1 引言 | 第21-23页 |
| 2.2 问题定义与分析 | 第23-27页 |
| 2.2.1 问题定义 | 第23-24页 |
| 2.2.2 优缺点分析 | 第24-27页 |
| 2.3 并行分割方法 | 第27-34页 |
| 2.3.1 基于蝶形网络的Hama BSP框架 | 第27-30页 |
| 2.3.2 基于分布式哈希表的去冗余方法 | 第30-33页 |
| 2.3.3 结果完整性的证明 | 第33-34页 |
| 2.4 实验评估 | 第34-38页 |
| 2.4.1 分布式并行方法与单机实现的比较 | 第35页 |
| 2.4.2 分布式并行框架的比较 | 第35-38页 |
| 2.5 相关工作 | 第38页 |
| 2.6 小结 | 第38-39页 |
| 3 保序子矩阵的索引与查询 | 第39-65页 |
| 3.1 引言 | 第39-41页 |
| 3.2 问题定义 | 第41-43页 |
| 3.3 基本方法PFTREE | 第43-45页 |
| 3.4 改进的索引方法PINDEX | 第45-48页 |
| 3.5 改进的查询方法 | 第48-54页 |
| 3.5.1 正相关OPSM查询 | 第48-52页 |
| 3.5.2 多类型OPSM查询 | 第52-54页 |
| 3.6 实验评估 | 第54-62页 |
| 3.6.1 单机性能 | 第55-61页 |
| 3.6.2 并行性能 | 第61-62页 |
| 3.7 相关工作 | 第62-63页 |
| 3.8 小结 | 第63-65页 |
| 4 OMEGA: 保序子矩阵的挖掘、索引与查询工具 | 第65-77页 |
| 4.1 引言 | 第65-66页 |
| 4.2 系统架构 | 第66页 |
| 4.3 关键技术 | 第66-69页 |
| 4.3.1 列标签排列 | 第66-67页 |
| 4.3.2 OPSM的分布式并行挖掘 | 第67页 |
| 4.3.3 创建索引 | 第67-68页 |
| 4.3.4 OPSM查询 | 第68-69页 |
| 4.4 系统演示 | 第69-75页 |
| 4.5 小结 | 第75-77页 |
| 5 基因表达数据中保序子矩阵的约束查询 | 第77-97页 |
| 5.1 引言 | 第77-79页 |
| 5.2 问题描述 | 第79-81页 |
| 5.3 蛮力搜索法 | 第81-82页 |
| 5.4 基于枚举序列索引的查询 | 第82-84页 |
| 5.5 多维联合查询方法 | 第84-89页 |
| 5.5.1 联合索引cIndex | 第85-87页 |
| 5.5.2 多维查询方法 | 第87-89页 |
| 5.6 实验评估 | 第89-94页 |
| 5.6.1 单机性能 | 第89-93页 |
| 5.6.2 并行性能 | 第93-94页 |
| 5.7 相关工作 | 第94-95页 |
| 5.8 小结 | 第95-97页 |
| 6 基于数字签名与TRIE的保序子矩阵约束查询 | 第97-121页 |
| 6.1 引言 | 第97-99页 |
| 6.2 问题描述 | 第99-101页 |
| 6.3 索引方法 | 第101-105页 |
| 6.3.1 基于数字签名与Trie的索引(sTrie) | 第101-102页 |
| 6.3.2 基于数字签名与Trie的压缩索引(cTrie) | 第102-104页 |
| 6.3.3 基于序列的索引(tTrie) | 第104-105页 |
| 6.3.4 代价分析 | 第105页 |
| 6.4 查询方法 | 第105-111页 |
| 6.4.1 自顶向下的查询 | 第106-108页 |
| 6.4.1.1 基于sTrie的自顶向下OPSM约束查询 | 第106页 |
| 6.4.1.2 基于cTrie索引的自顶向下OPSM约束查询 | 第106-107页 |
| 6.4.1.3 基于tTrie索引的自顶向下OPSM约束查询 | 第107-108页 |
| 6.4.2 自底向上的查询 | 第108-110页 |
| 6.4.2.1 基于sTrie的自底向上OPSM约束查询 | 第108-109页 |
| 6.4.2.2 基于cTrie的自底向上OPSM约束查询 | 第109-110页 |
| 6.4.2.3 基于tTrie的自底向上OPSM约束查询 | 第110页 |
| 6.4.3 性能优化 | 第110-111页 |
| 6.4.4 代价分析 | 第111页 |
| 6.5 实验评估 | 第111-117页 |
| 6.5.1 单机性能 | 第112-115页 |
| 6.5.2 并行性能 | 第115-117页 |
| 6.6 相关工作 | 第117-119页 |
| 6.7 小结 | 第119-121页 |
| 7 总结与展望 | 第121-123页 |
| 7.1 工作总结 | 第121-122页 |
| 7.2 工作展望 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-133页 |
| 致谢 | 第133-135页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文和参加科研情况 | 第135-137页 |
