| 致谢 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-22页 |
| 1.1 基因组测序概述 | 第11-18页 |
| 1.1.1 DNA测序技术 | 第11-16页 |
| 1.1.2 第二代测序技术在植物中的应用 | 第16-17页 |
| 1.1.3 测序平台的选择 | 第17-18页 |
| 1.2 柳树研究进展 | 第18-21页 |
| 1.2.1 柳树遗传图谱的构建 | 第18-19页 |
| 1.2.2 柳树QTL定位研究 | 第19-20页 |
| 1.2.3 柳树转录组测序 | 第20页 |
| 1.2.4 柳树的遗传转化 | 第20-21页 |
| 1.3 本研究的目的和意义 | 第21-22页 |
| 第二章 簸箕柳全基因组测序与组装 | 第22-44页 |
| 2.1 材料和方法 | 第22-26页 |
| 2.1.1 实验材料及DNA提取 | 第22页 |
| 2.1.2 测序文库构建 | 第22-23页 |
| 2.1.3 基因组测序 | 第23页 |
| 2.1.4 测序数据过滤 | 第23-24页 |
| 2.1.5 基因组组装 | 第24页 |
| 2.1.6 基因组大小估测 | 第24页 |
| 2.1.7 基因组组装质量评估 | 第24页 |
| 2.1.8 基因组重复序列注释 | 第24-25页 |
| 2.1.9 基因注释 | 第25页 |
| 2.1.10 基因功能注释 | 第25页 |
| 2.1.11 非编码RNA注释 | 第25-26页 |
| 2.2 结果与分析 | 第26-41页 |
| 2.2.1 基因组DNA提取及测序文库构建 | 第26-29页 |
| 2.2.2 测序数据统计分析 | 第29-31页 |
| 2.2.3 簸箕柳基因组大小与杂合度估测 | 第31-33页 |
| 2.2.4 基因组序列组装 | 第33页 |
| 2.2.5 测序序列及基因组GC含量分析 | 第33-34页 |
| 2.2.6 簸箕柳基因组拼接质量评估 | 第34-36页 |
| 2.2.7 簸箕柳基因组重复序列注释 | 第36-37页 |
| 2.2.8 簸箕柳基因组基因注释 | 第37-41页 |
| 2.3 讨论 | 第41-44页 |
| 2.3.1 基因组测序策略 | 第41-42页 |
| 2.3.2 簸箕柳基因组大小 | 第42页 |
| 2.3.3 簸箕柳基因数量 | 第42-44页 |
| 第三章 簸箕柳基因组进化分析 | 第44-59页 |
| 3.1 材料和方法 | 第44-46页 |
| 3.1.1 基因家族分析 | 第44页 |
| 3.1.2 基因复制方式分析 | 第44-45页 |
| 3.1.3 全基因组复制事件分析 | 第45页 |
| 3.1.4 基因组共线性分析 | 第45页 |
| 3.1.5 基因组进化速率分析 | 第45-46页 |
| 3.1.6 系统发育树及分化时间 | 第46页 |
| 3.2 结果与分析 | 第46-56页 |
| 3.2.1 簸箕柳基因家族分析 | 第46-48页 |
| 3.2.2 簸箕柳基因保留方式 | 第48页 |
| 3.2.3 簸箕柳基因GO富集分析 | 第48-52页 |
| 3.2.4 簸箕柳全基因组复制事件 | 第52页 |
| 3.2.5 基因组共线性分析 | 第52-55页 |
| 3.2.6 簸箕柳基因组进化速率 | 第55页 |
| 3.2.7 系统发育树及分化时间 | 第55-56页 |
| 3.3 讨论 | 第56-59页 |
| 3.3.1 全基因组复制和杨柳科植物分化 | 第56-57页 |
| 3.3.2 杨树和柳树基因复制保留方式 | 第57-58页 |
| 3.3.3 木本植物基因组进化速率 | 第58-59页 |
| 第四章 簸箕柳授粉花序转录组分析 | 第59-71页 |
| 4.1 材料和方法 | 第59-61页 |
| 4.1.1 簸箕柳授粉及雌花序收集 | 第59页 |
| 4.1.2 RNA提取及mRNA纯化 | 第59-60页 |
| 4.1.3 测序文库构建及转录组测序 | 第60页 |
| 4.1.4 不同授粉时间差异表达基因分析 | 第60页 |
| 4.1.5 差异表达基因GO富集分析 | 第60页 |
| 4.1.6 拼接序列微卫星查找及分析 | 第60页 |
| 4.1.7 微卫星引物设计及实验验证 | 第60-61页 |
| 4.2 结果与分析 | 第61-69页 |
| 4.2.1 RNA提取及mRNA纯化 | 第61页 |
| 4.2.2 不同授粉时间花芽转录组测序及组装 | 第61-62页 |
| 4.2.3 簸箕柳转录组基因功能注释 | 第62-63页 |
| 4.2.4 不同授粉时间差异表达基因分析 | 第63-64页 |
| 4.2.5 不同授粉时间差异表达基因GO富集 | 第64-67页 |
| 4.2.6 转录组序列微卫星分析 | 第67页 |
| 4.2.7 转录组序列微卫星引物设计及验证 | 第67-69页 |
| 4.3 讨论 | 第69-71页 |
| 4.3.1 转录组测序及组装 | 第69页 |
| 4.3.2 柳絮形成相关基因分析 | 第69-70页 |
| 4.3.3 簸箕柳转录组SSR数据库 | 第70-71页 |
| 第五章 簸箕柳AP2/ERF基因家族分析 | 第71-85页 |
| 5.1 材料和方法 | 第71-72页 |
| 5.1.1 AP2/ERF转录因子查找 | 第71页 |
| 5.1.2 AP2/ERF转录因子进化树、保守模体和基因结构分析 | 第71-72页 |
| 5.1.3 簸箕柳和毛果杨AP2/ERF转录因子共线性分析 | 第72页 |
| 5.1.4 AP2/ERF转录因子基因分布及扩增方式分析 | 第72页 |
| 5.1.5 AP2/ERF转录因子不同组织表达及抗性相关基因分析 | 第72页 |
| 5.2 结果与分析 | 第72-82页 |
| 5.2.1 簸箕柳AP2/ERF转录因子数量及分类 | 第72-73页 |
| 5.2.2 簸箕柳AP2/ERF转录因子进化分析 | 第73-75页 |
| 5.2.3 簸箕柳AP2/ERF转录因子基因结构分析 | 第75-76页 |
| 5.2.4 簸箕柳AP2/ERF在染色体上的分布 | 第76-78页 |
| 5.2.5 簸箕柳和毛果杨染色体AP2/ERF共线性分析 | 第78页 |
| 5.2.6 簸箕柳AP2/ERF基因表达分析 | 第78-81页 |
| 5.2.7 簸箕柳AP2/ERF基因miR172候选靶基因分析 | 第81页 |
| 5.2.8 柳树AP2/ERF抗旱相关基因鉴定 | 第81-82页 |
| 5.3 讨论 | 第82-85页 |
| 5.3.1 AP2/ERF转录因子 | 第82页 |
| 5.3.2 杨柳科植物染色体共线性 | 第82-83页 |
| 5.3.3 木本植物开花调控 | 第83-84页 |
| 5.3.4 柳树抗旱相关的AP2/ERF转录因子 | 第84-85页 |
| 第六章 结论与展望 | 第85-87页 |
| 6.1 主要研究结论 | 第85页 |
| 6.2 进一步研究展望 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-97页 |
| 附录：作者攻读博士学位期间研究成果 | 第97-98页 |
