| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 英文缩略词或符号表 | 第8-14页 |
| 第1章 前言 | 第14-24页 |
| 1.1 研究背景 | 第14-22页 |
| 1.1.1 普通野生稻遗传多样性及核心种质构建研究 | 第15-18页 |
| 1.1.1.1 普通野生稻表型遗传多样性的研究 | 第16-17页 |
| 1.1.1.2 普通野生稻分子遗传多样性的研究 | 第17-18页 |
| 1.1.1.3 核心种质构建 | 第18页 |
| 1.1.2 全基因组重测序及抗性基因研究概况 | 第18-22页 |
| 1.1.2.1 全基因组重测序研究概况 | 第18-19页 |
| 1.1.2.2 普通野生稻耐性和抗性基因研究进展 | 第19-21页 |
| 1.1.2.3 植物抗性相关转录因子及抗性基因分布研究 | 第21-22页 |
| 1.2 本研究的目的和意义 | 第22-23页 |
| 1.3 研究技术路线 | 第23-24页 |
| 第2章 普通野生稻遗传多样性研究 | 第24-45页 |
| 2.1 引言 | 第24页 |
| 2.2 材料和方法 | 第24-29页 |
| 2.2.1 材料 | 第24-26页 |
| 2.2.2 方法 | 第26-29页 |
| 2.2.2.1 表型数据统计 | 第26页 |
| 2.2.2.2 DNA的提取 | 第26页 |
| 2.2.2.3 分子标记的选择 | 第26页 |
| 2.2.2.4 PCR扩增 | 第26页 |
| 2.2.2.5 电泳检测 | 第26-27页 |
| 2.2.2.6 SSR数据统计分析 | 第27-29页 |
| 2.3 结果 | 第29-43页 |
| 2.3.1 普通野生稻表型遗传多样性 | 第29-36页 |
| 2.3.1.1 数量性状遗传多样性性分析 | 第29-33页 |
| 2.3.1.2 质量性状遗传多样性性分析 | 第33页 |
| 2.3.1.3 表型多样性方差（ANOVA）分析 | 第33-36页 |
| 2.3.2 普通野生稻SSR遗传多样性 | 第36-40页 |
| 2.3.2.1 SSR标记选择和鉴定 | 第36页 |
| 2.3.2.2 SSR位点及居群遗传多样性分析 | 第36-40页 |
| 2.3.2.3 SSR遗传多样性分子方差（AMOVA）分析 | 第40页 |
| 2.3.3 居群间遗传多样性比较 | 第40-43页 |
| 2.3.3.1 居群遗传关系分析 | 第40-41页 |
| 2.3.3.2 居群间主成分关系分析 | 第41-42页 |
| 2.3.3.3 居群基因流及分化 | 第42-43页 |
| 2.4 小结 | 第43-45页 |
| 第3章 普通野生稻核心种质构建及遗传多样性检验 | 第45-59页 |
| 3.1 引言 | 第45页 |
| 3.2 材料和方法 | 第45-47页 |
| 3.2.1 材料 | 第45页 |
| 3.2.2 方法 | 第45-47页 |
| 3.2.2.1 样品的采集、电泳和条带统计 | 第45-46页 |
| 3.2.2.2 核心种质构建方法 | 第46页 |
| 3.2.2.3 核心种质保留率检验方法 | 第46-47页 |
| 3.3 结果 | 第47-58页 |
| 3.3.1 核心种质构建 | 第47-51页 |
| 3.3.1.1 基于遗传距离和软件构建核心种质的比较 | 第47页 |
| 3.1.1.2 核心种质库的构建 | 第47-51页 |
| 3.3.2 核心种质表型差异和保留率检验 | 第51-54页 |
| 3.3.2.1 核心种质数量性状差异检验 | 第51页 |
| 3.3.2.2 核心种质质量性状保留率检验 | 第51-54页 |
| 3.3.3 核心种质分子遗传多样性检验 | 第54-58页 |
| 3.3.3.1 居群间核心种质基因型重复性检验 | 第54页 |
| 3.3.3.2 核心种质遗传多样性保留率检验 | 第54页 |
| 3.3.3.3 核心种质分子主成分分析检验 | 第54-58页 |
| 3.4 小结 | 第58-59页 |
| 第4章 普通野生稻全基因组重测序分析 | 第59-78页 |
| 4.1 引言 | 第59页 |
| 4.2 材料与方法 | 第59-61页 |
| 4.2.1 材料 | 第59-60页 |
| 4.2.2 方法 | 第60-61页 |
| 4.2.2.1 全基因组DNA提取 | 第60页 |
| 4.2.2.2 全基因组重测序实验方法 | 第60页 |
| 4.2.2.3 全基因组重测序分析流程 | 第60-61页 |
| 4.3 结果 | 第61-77页 |
| 4.3.1 全基因组重测序质量检测及基本数据分析 | 第61-67页 |
| 4.3.1.1 基因组DNA质量检测及测序数据质量控制 | 第61-64页 |
| 4.3.1.2 基因组测序基本数据分析 | 第64页 |
| 4.3.1.3 参考基因组Reads分布及覆盖度 | 第64-67页 |
| 4.3.2 SNP、In Del变异检测 | 第67-71页 |
| 4.3.2.1 SNP和In Del变异分析 | 第67-70页 |
| 4.3.2.2 SNP、In Del杂合度分析 | 第70页 |
| 4.3.2.3 SNP碱基替换频率 | 第70-71页 |
| 4.3.3 GO基因注释分析 | 第71-77页 |
| 4.3.3.1 SNP、In Del注释 | 第71-74页 |
| 4.3.3.2 普通野生稻变异基因功能注释 | 第74-76页 |
| 4.3.3.3 两份野生稻变异基因差异性分析 | 第76-77页 |
| 4.4 小结 | 第77-78页 |
| 第5章 普通野生稻NBS-LRR抗性基因的发掘 | 第78-96页 |
| 5.1 引言 | 第78-79页 |
| 5.2 材料与方法 | 第79-82页 |
| 5.2.1 材料 | 第79页 |
| 5.2.2 方法 | 第79-82页 |
| 5.2.2.1 抗性相关基因和NBS-LRR类基因的获得 | 第79页 |
| 5.2.2.2 NBS-LRR抗病基因的验证和染色体定位 | 第79-80页 |
| 5.2.2.3 NBS-LRR类基因系统发生学分析和基因互作分析 | 第80-82页 |
| 5.3 结果 | 第82-94页 |
| 5.3.1 抗性基因的发掘 | 第82-84页 |
| 5.3.1.1 抗性候选基因的GO注释分析 | 第82页 |
| 5.3.1.2 NBS-LRR抗病基因结构的分类 | 第82-84页 |
| 5.3.2 NBS-LRR类基因的验证和染色体定位 | 第84-87页 |
| 5.3.2.1 NBS结构基因的验证 | 第84页 |
| 5.3.2.2 NBS-LRR抗病基因的染色体定位 | 第84-87页 |
| 5.3.3 NBS-LRR抗病基因同源性分析和基因的蛋白互作分析 | 第87-94页 |
| 5.3.3.1 NBS-LRR抗病基因的系统发育关系分析 | 第87-89页 |
| 5.3.3.2 NBS序列进化分歧分析 | 第89页 |
| 5.3.3.3 NBS序列中性检验 | 第89-92页 |
| 5.3.3.4 NBS类基因的蛋白互作分析 | 第92-94页 |
| 5.4 小结 | 第94-96页 |
| 第6章 全文讨论和结论 | 第96-101页 |
| 6.1 讨论 | 第96-100页 |
| 6.1.1 普通野生稻遗传多样性评价和核心种质构建 | 第96-97页 |
| 6.1.2 普通野生稻迁地保护 | 第97-98页 |
| 6.1.3 NBS抗性基因的发掘 | 第98-100页 |
| 6.2 结论 | 第100-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-114页 |
| 附录A 学位论文相关成果 | 第114-115页 |
| 附录B 普通野生稻种质资源迁地保护 | 第115-116页 |
| 附录C 基于表型和SSR数据构建野生稻居群系统树 | 第116-123页 |
| 附录D 全基因组重测序质量检测 | 第123-127页 |
| 附录E 各类型变异在参考基因组染色体上的分布 | 第127-130页 |
| 附录F 变异基因在参考基因组上的COG和GO注释 | 第130-133页 |
| 附录G 野生稻NBS-LRR抗病基因染色体定位 | 第133-135页 |
