| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 注释说明清单 | 第12-14页 |
| 1 药物发现及计算机辅助药物分子设计 | 第14-28页 |
| 1.1 引言 | 第14页 |
| 1.2 药物发现与计算机辅助药物设计 | 第14-17页 |
| 1.2.1 后基因组时代药物创新的新模式 | 第14-15页 |
| 1.2.2 分子生物学、高通量筛选、组合化学及计算机辅助药物设计的整合 | 第15-17页 |
| 1.3 计算机辅助药物分子设计 | 第17-20页 |
| 1.3.1 基于小分子的药物设计方法 | 第18页 |
| 1.3.2 基于受体结构的药物设计方法 | 第18-20页 |
| 1.4 基于分子对接方法的虚拟筛选 | 第20-25页 |
| 1.4.1 虚拟筛选与分子对接 | 第20-21页 |
| 1.4.2 虚拟筛选的意义 | 第21-22页 |
| 1.4.3 国际上虚拟筛选的近期进展 | 第22-23页 |
| 1.4.4 我国虚拟筛选的研究状况 | 第23-25页 |
| 1.5 主要研究内容和工作 | 第25-27页 |
| 1.6 本章小结 | 第27-28页 |
| 2 分子对接中的最优化方法与打分函数 | 第28-48页 |
| 2.1 基于分子对接方法的虚拟筛选流程 | 第28-29页 |
| 2.2 分子对接的理论基础 | 第29-30页 |
| 2.3 常用分子对接方法及其分类 | 第30-40页 |
| 2.3.1 对接中的分子表达 | 第30-31页 |
| 2.3.2 分子对接优化方法 | 第31-40页 |
| 2.4 打分函数及其分类 | 第40-44页 |
| 2.4.1 基于力场方法 | 第41-42页 |
| 2.4.2 经验打分函数 | 第42-43页 |
| 2.4.3 基于知识打分函数 | 第43-44页 |
| 2.5 一致性打分 | 第44-46页 |
| 2.6 本章小结 | 第46-48页 |
| 3 GAsDock | 第48-90页 |
| 3.1 分子对接优化模型的建立 | 第48-54页 |
| 3.1.1 分子对接问题的数学优化模型 | 第48-49页 |
| 3.1.2 无约束最大化模型的转化 | 第49-54页 |
| 3.2 GAsDock的设计与实现 | 第54-61页 |
| 3.2.1 遗传算法 | 第54-56页 |
| 3.2.2 基于信息熵进行空间收缩的多种群遗传算法 | 第56-60页 |
| 3.2.3 GAsDock程序设计 | 第60-61页 |
| 3.3 GAsDock程序测试及应用 | 第61-89页 |
| 3.3.1 测试集的准备 | 第62-64页 |
| 3.3.2 GAsDock分子对接 | 第64页 |
| 3.3.3 结果与讨论 | 第64-81页 |
| 3.3.4 虚拟筛选测试 | 第81-88页 |
| 3.3.5 GAsDock的实际应用 | 第88-89页 |
| 3.4 本章小结 | 第89-90页 |
| 4 基于多目标优化方法的药物虚拟筛选 | 第90-112页 |
| 4.1 多目标优化方法概述 | 第90-92页 |
| 4.1.1 多目标优化算法 | 第90-92页 |
| 4.1.2 基于多目标优化方法的药物虚拟筛选思想 | 第92页 |
| 4.2 基于多目标优化的虚拟筛选优化模型 | 第92-93页 |
| 4.2.1 分子对接多目标优化模型 | 第92-93页 |
| 4.2.2 多个打分函数的选择 | 第93页 |
| 4.3 ε-MOEA算法设计 | 第93-96页 |
| 4.4 EFMOGA算法设计 | 第96-98页 |
| 4.5 ε-MOEA、EFMOGA的测试与应用 | 第98-111页 |
| 4.5.1 应用MOOD对胸苷激酶(TK)复合物的晶体结构复原 | 第98-100页 |
| 4.5.2 虚拟筛选数据的准备 | 第100-101页 |
| 4.5.3 评判标准 | 第101-102页 |
| 4.5.4 结果 | 第102-107页 |
| 4.5.5 讨论 | 第107-110页 |
| 4.5.6 结论 | 第110-111页 |
| 4.6 本章小结 | 第111-112页 |
| 5 药物靶向虚拟筛选程序设计 | 第112-150页 |
| 5.1 反向对接概述 | 第112-114页 |
| 5.2 药物靶标蛋白的选择与数据库的建立 | 第114-129页 |
| 5.2.1 药物靶标的归类分析 | 第116-121页 |
| 5.2.2 药物靶标蛋白质的选择及确定 | 第121-123页 |
| 5.2.3 药物靶标蛋白库的分析 | 第123-129页 |
| 5.2.4 发展及展望 | 第129页 |
| 5.3 药物靶向虚拟筛选程序设计与实现 | 第129-132页 |
| 5.3.1 MDTScreening程序总体流程 | 第130-131页 |
| 5.3.2 程序实现 | 第131-132页 |
| 5.4 靶向虚拟筛选的测试、验证与应用 | 第132-149页 |
| 5.4.1 天然配体的晶体结构复原及MDTScreening靶向虚拟筛选 | 第132-140页 |
| 5.4.2 4H-Tamoxifen及其它已知药物的功能及一些潜在药物的功能预测 | 第140-148页 |
| 5.4.3 结论 | 第148-149页 |
| 5.5 本章小结 | 第149-150页 |
| 6 结论与展望 | 第150-152页 |
| 6.1 结论 | 第150-151页 |
| 6.2 展望 | 第151-152页 |
| 参考文献 | 第152-169页 |
| 创新点摘要 | 第169-170页 |
| 攻读博士学位期间发表学术论文情况 | 第170-171页 |
| 致谢 | 第171-173页 |
| 大连理工大学学位论文版权使用授权书 | 第173页 |
