| 英文缩略词表 | 第7-9页 |
| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 第一章 绪论 | 第15-25页 |
| 1.1 甲型流感病毒概述 | 第15-18页 |
| 1.2 甲型流感病毒宿主限制性及其分子机制 | 第18-19页 |
| 1.3 甲型流感病毒进化动力与相关研究 | 第19-22页 |
| 1.3.1 抗原漂变 | 第19-20页 |
| 1.3.2 抗原转变与重配 | 第20-22页 |
| 1.4 论文的主要工作和创新点 | 第22-25页 |
| 1.4.1 本文相关研究方法与拟解决的科学问题 | 第22-23页 |
| 1.4.2 论文的主要结构 | 第23-25页 |
| 第二章 从甲型流感病毒进化全景到人流感H3N2病毒起源及其适应性变异 | 第25-45页 |
| 2.1 研究背景 | 第25-26页 |
| 2.2 材料与方法 | 第26-29页 |
| 2.2.1 数据准备及甲型流感病毒进化全景图构建 | 第26-28页 |
| 2.2.2 人流感H3N2病毒起源估计 | 第28-29页 |
| 2.2.3 H3N2跨宿主适应性变异推断 | 第29页 |
| 2.3 结果 | 第29-42页 |
| 2.3.1 甲型流感全景进化分析 | 第29-32页 |
| 2.3.2 H3N2起源分析 | 第32-39页 |
| 2.3.3 H3N2跨越宿主进化变异 | 第39-42页 |
| 2.4 讨论与结论 | 第42-45页 |
| 第三章 人流感H3N2病毒的协同进化研究 | 第45-66页 |
| 3.1 研究背景 | 第45-46页 |
| 3.2 材料与方法 | 第46-49页 |
| 3.2.1 人流感H3N2基因序列准备 | 第46页 |
| 3.2.2 H3N2蛋白正选择位点的计算 | 第46-47页 |
| 3.2.3 正选择位点的关联突变计算 | 第47-48页 |
| 3.2.4 蛋白间关联网络的构建 | 第48-49页 |
| 3.2.5 流感病毒蛋白同源模建 | 第49页 |
| 3.3 结果 | 第49-62页 |
| 3.3.1 H3N2流感病毒蛋白正选择位点筛选 | 第49-54页 |
| 3.3.2 流感病毒正选择位点之间的协同进化 | 第54-58页 |
| 3.3.3 推断正选择位点间协同突变的驱动力 | 第58-62页 |
| 3.4 讨论与结论 | 第62-66页 |
| 第四章 新发H7N9禽流感病毒溯源及进化分析 | 第66-81页 |
| 4.1 研究背景 | 第66-67页 |
| 4.2 材料与方法 | 第67-69页 |
| 4.2.1 H7N9基因组序列获取与多序列比对 | 第67-69页 |
| 4.2.2 系统发生学推断与分歧时间估计 | 第69页 |
| 4.3 结果 | 第69-78页 |
| 4.3.1 系统发生分析与分子进化推断 | 第69-74页 |
| 4.3.2 H7N9病毒基因的分子特征分析 | 第74-77页 |
| 4.3.3 新发禽流感H7N9病毒的起源过程推断 | 第77-78页 |
| 4.4 讨论与结论 | 第78-81页 |
| 第五章 中国禽流感H9N2病毒的系统发生地理学研究 | 第81-97页 |
| 5.1 研究背景 | 第81-82页 |
| 5.2 材料和方法 | 第82-85页 |
| 5.2.1 序列数据的收集与多序列比对 | 第82页 |
| 5.2.2 贝叶斯系统发生地理学重建与分析 | 第82-85页 |
| 5.2.3 禽流感H9N2病毒地理扩散的可视化 | 第85页 |
| 5.3 结果 | 第85-93页 |
| 5.3.1 中国禽流感H9N2病毒的系统发生地理学重建 | 第85-88页 |
| 5.3.2 禽流感H9N2病毒地理扩散的时空动态 | 第88-92页 |
| 5.3.3 禽流感H9N2病毒传播过程中的群体动力学 | 第92-93页 |
| 5.4 讨论与结论 | 第93-97页 |
| 第六章 全文总结 | 第97-101页 |
| 参考文献 | 第101-115页 |
| 文献综述 | 第115-123页 |
| 参考文献 | 第120-123页 |
| 致谢 | 第123-125页 |
| 个人简历 | 第125-129页 |
| 代表性论著 | 第129-165页 |
