| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 缩略语表 | 第10-11页 |
| 1 引言 | 第11-21页 |
| 1.1 育种方法的研究进展 | 第11-13页 |
| 1.1.1 根据性状来选育品种 | 第11-12页 |
| 1.1.2 根据分子标记来选育品种 | 第12页 |
| 1.1.3 基因组选择育种 | 第12-13页 |
| 1.2 SNP标记与动物分子育种 | 第13-15页 |
| 1.2.1 分子标记的研究进展 | 第14页 |
| 1.2.2 SNP标记 | 第14-15页 |
| 1.2.3 SNP的特点 | 第15页 |
| 1.3 基因组选择技术 | 第15-21页 |
| 1.3.1 基因组选择的基本概念和原理 | 第15-16页 |
| 1.3.2 基因组育种值的计算方法 | 第16-18页 |
| 1.3.3 基因组选择的影响因素 | 第18-19页 |
| 1.3.4 高密度芯片的优缺点 | 第19页 |
| 1.3.5 低密度芯片的基因组选择 | 第19-20页 |
| 1.3.6 本研究的目的意义 | 第20-21页 |
| 2 第一部分 全基因组选择在绒山羊育种中的研究 | 第21-33页 |
| 2.1 材料和方法 | 第21-25页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第21页 |
| 2.1.2 基因型数据的质控 | 第21页 |
| 2.1.3 性状表型记录的测定 | 第21页 |
| 2.1.4 基因组预测的统计方法 | 第21-22页 |
| 2.1.5 低密度芯片位点的筛选 | 第22-23页 |
| 2.1.6 基因组估计的评价指标 | 第23-24页 |
| 2.1.7 KASP的SNP引物 | 第24-25页 |
| 2.1.8 数据统计和分析 | 第25页 |
| 2.2 结果和分析 | 第25-33页 |
| 2.2.1 关键SNP位点的选择 | 第25-26页 |
| 2.2.2 关键SNP的杂合度检验 | 第26-27页 |
| 2.2.3 关键SNPs位点对估计育种值准确性的影响 | 第27页 |
| 2.2.4 随机选取的SNP位点和关键SNP位点的准确性比较 | 第27-28页 |
| 2.2.5 群体结构分析 | 第28-30页 |
| 2.2.6 SNP的染色体分布情况 | 第30-31页 |
| 2.2.7 部分SNP的验证 | 第31-33页 |
| 3 第二部分 全基因组研究揭示山羊品种间杂交引起羊绒质量改变的现象 | 第33-49页 |
| 3.1 引言 | 第33-34页 |
| 3.2 材料和方法 | 第34-38页 |
| 3.2.1 试验材料及数据来源 | 第34页 |
| 3.2.2 原始数据过滤 | 第34页 |
| 3.2.3 羊绒细度的测定 | 第34页 |
| 3.2.4 群体结构分析及固定指数计算(F_(ST)) | 第34-35页 |
| 3.2.5 候选基因的筛选 | 第35页 |
| 3.2.6 RNA-Seq文库构建和RNA-Seq分析 | 第35-38页 |
| 3.2.7 候选基因的共表达网络分析 | 第38页 |
| 3.3 实验结果 | 第38-49页 |
| 3.3.1 表型测定结果 | 第38页 |
| 3.3.2 主成分分析和候选SNP位点选择结果 | 第38-40页 |
| 3.3.3 候选基因的选择 | 第40-41页 |
| 3.3.4 候选基因的功能性富集分析 | 第41-43页 |
| 3.3.5 候选基因的共表达网络分析 | 第43-44页 |
| 3.3.6 CSN2基因的分析 | 第44-46页 |
| 3.3.7 不同方法找到SNP的整合分析 | 第46-49页 |
| 4 讨论 | 第49-54页 |
| 5 结论 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-64页 |
| 附录 | 第64-77页 |
| 作者简介 | 第77页 |
